[發明專利]一種痕量cfDNA提取對接高通量測序文庫的優化方法

在審

• 申請號: 201910368793.5
• 申請日: 2019-05-05
• 公開（公告）號: CN110079869A
• 公開（公告）日: 2019-08-02
• 發明（設計）人: 玥江;戴俊程;何元林
• 申請（專利權）人: 南京億科人群健康研究院有限公司
• 主分類號: C40B50/06
• 分類號: C40B50/06
• 代理公司: 北京輕創知識產權代理有限公司 11212
• 代理人: 談杰

1.一種痕量cfDNA提取對接高通量測序文庫的優化方法，主要特征在于，溶液收集后加入等體積的酚氯仿，再加入100ng carrier DNA混合，并制備高效液相分離管，將消化后的液體轉移到高效液相分離管，高速離心進行液相分層，可回收98％以上的DNA溶液量。

2.根據權利1所述的進一步的一種痕量cfDNA提取對接高通量測序文庫的優化方法，主要特征在于，所述方法優化步驟包括如下：

(1).取200ul的血漿/血清樣品到1.5ml的離心管中；

(2).加入10μl的蛋白酶k工作液(20mg/ml),再加入20ul的裂解液；

(3).渦旋震蕩10sec混勻后，放入預熱至50-60℃的恒溫中過夜；

(4).溶液收集后加入等體積的酚氯仿，再加入100ng carrier DNA混合；

(5)制備高效液相分離管；

(6).將消化后的液體轉移到高效液相分離管，高速離心進行液相分層，可回收98％以上的DNA溶液量；

(7).加入1.3ml體積的無水乙醇，100ul3M醋酸鈉PH5.2，最大轉速4°離心60sec，棄上清；

(8).再加75％-80％酒精洗滌一次最大轉速4°離心60sec，棄上清。重復該步驟一次；

(9).晾干后水溶解；

(10).進入常規高通量測序文庫構建。

3.根據權利1所述的進一步的一種痕量cfDNA提取對接高通量測序文庫的優化方法，主要特征在于，進一步的，所述步驟(3)中恒溫方式為金屬浴，水浴，沙浴。

4.根據權利1所述的進一步的一種痕量cfDNA提取對接高通量測序文庫的優化方法，主要特征在于，所述步驟(4)中加入100ng carrier DNA混合，carrier DNA為提取的高純度的線粒體DNA，用于提高溶液復雜度，提高cfDNA得率。

5.根據權利1所述的進一步的一種痕量cfDNA提取對接高通量測序文庫的優化方法，主要特征在于，所述步驟(5)制備高效液相分離管主要制備流程如下：

(a)向2ml離心管中加入聚二甲基硅氧烷(終濃度10-50％)+SiO2溶液(終濃度1-10％)+200-300ul真空硅脂；

(b)混合均勻；

(c)并快速高速離心30秒。

6.根據權利1所述的進一步的一種痕量cfDNA提取對接高通量測序文庫的優化方法，主要特征在于，所述聚二甲基硅氧烷+SiO2溶液終濃度分別為10-50％和1-10％。