[發(fā)明專利]針對單細胞的樣品索引

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201880037720.1
• 申請日: 2018-03-27
• 公開（公告）號: CN110719959B
• 公開（公告）日: 2021-08-06
• 發(fā)明（設計）人: 克里斯蒂娜·張;克里斯蒂娜·范;艾琳·夏姆;喬迪·馬丁;尼坦杰里·班薩爾;詹姆斯·賈迪亞里;凱瑟琳·拉扎魯克;格雷琴·因博恩·拉姆
• 申請（專利權）人: 貝克頓迪金森公司
• 主分類號: C12Q1/6804
• 分類號: C12Q1/6804;C12Q1/6869
• 代理公司: 北京安信方達知識產權代理有限公司 11262
• 代理人: 劉曉杰;武晶晶

1.一種方法，所述方法包括：

(a)使包含第一多個細胞的第一樣品和包含第二多個細胞的第二樣品分別與第一樣品索引寡核苷酸綴合的抗體和第二樣品索引寡核苷酸綴合的抗體接觸，以分別形成經第一樣品索引寡核苷酸條形碼編碼的第一樣品和經第二樣品索引寡核苷酸條形碼編碼的第二樣品，所述第一樣品和第二樣品各自分別包含與所述第一樣品索引寡核苷酸綴合的抗體關聯的細胞和與所述第二樣品索引寡核苷酸綴合的抗體關聯的細胞，

其中所述第一抗體能夠與所述第一多個細胞中的每一個細胞的蛋白質靶特異性結合，并且綴合有包含聚A尾和第一樣品索引序列的第一樣品索引寡核苷酸，

其中所述第二抗體能夠與所述第二多個細胞中的每一個細胞的蛋白質靶特異性結合，并且綴合有包含聚A尾和第二樣品索引序列的第二樣品索引寡核苷酸，

其中所述第一樣品索引序列和所述第二樣品索引序列包含不同的序列，并且

其中所述第一多個細胞中的每一個細胞的蛋白質靶和所述第二多個細胞中的每一個細胞的蛋白質靶是相同的；

(b)匯集經第一樣品索引寡核苷酸條形碼編碼的所述第一樣品和經第二樣品索引寡核苷酸條形編碼的所述第二樣品以形成組合的經條形碼編碼的樣品，所述組合的經條形碼編碼的樣品包含與所述第一樣品索引寡核苷酸綴合的抗體關聯的所述第一多個細胞和與所述第二樣品索引寡核苷酸綴合的抗體關聯的所述第二多個細胞；

(c)將所述組合的經條形碼編碼的樣品的與所述第一樣品索引寡核苷酸綴合的抗體關聯的所述第一多個細胞和與所述第二樣品索引寡核苷酸綴合的抗體關聯的所述第二多個細胞分配至多個分割，其中所述多個分割各自包含所述組合的經條形碼編碼的樣品的單細胞；

(d)在所述多個分割中的每一個分割中，使含條形碼的顆粒與所述第一樣品索引寡核苷酸或所述第二樣品索引寡核苷酸接觸，其中所述含條形碼的顆粒包含多個寡核苷酸探針，所述多個寡核苷酸探針各自包含聚T區(qū)和所述含條形碼的顆粒的多個寡核苷酸探針所共同的條形碼序列；

(e)經由所述第一樣品索引寡核苷酸或所述第二樣品索引寡核苷酸的所述聚A尾和所述寡核苷酸探針的所述聚T區(qū)之間的雜交延伸與所述第一樣品索引寡核苷酸或所述第二索引寡核苷酸雜交的每一個寡核苷酸探針以產生第一標記的核酸或第二標記的核酸，其中所述第一標記的核酸和所述第二標記的核酸分別包含第一樣品索引序列和第二樣品索引序列或其互補序列，以及所述條形碼序列；并且

(f)獲得包含所述第一樣品索引序列的所述第一標記的核酸或包含所述第二樣品索引序列的所述第二標記的核酸或其部分的序列信息；并且

(g)分別基于所述序列信息中的所述第一樣品索引序列或所述第二樣品索引序列或其互補序列或其部分，確定所述組合的經條形碼編碼的樣品的所述多個分割中的每個單細胞來自所述第一樣品還是所述第二樣品。

2.如權利要求1所述的方法，所述方法包括在步驟(a)后，去除分別不與所述第一多個細胞和所述第二多個細胞關聯的所述第一樣品索引寡核苷酸綴合的抗體和所述第二樣品索引寡核苷酸綴合的抗體。

3.如權利要求1所述的方法，其中能夠與所述第一多個細胞中的每一個細胞的所述蛋白質靶特異性結合的所述第一抗體和能夠與所述第二多個細胞中的每一個細胞的所述蛋白質靶特異性結合的所述第二抗體是相同的。

4.如權利要求1所述的方法，所述方法包括將所述第一樣品索引寡核苷酸和所述第二樣品索引寡核苷酸分別從所述第一樣品索引寡核苷酸綴合的抗體和所述第二樣品索引寡核苷酸綴合的抗體分離。

5.如權利要求1所述的方法，其中所述第一樣品索引序列和所述第二樣品索引序列中的至少一個的長度為6-60個核苷酸。

6.如權利要求1所述的方法，其中所述第一樣品索引寡核苷酸和所述第二樣品索引寡核苷酸中的至少一個的長度為50-500個核苷酸。

7.如權利要求1所述的方法，其中所述第一多個細胞中的每一個細胞的所述蛋白質靶和所述第二多個細胞中的每一個細胞的所述蛋白質靶中的至少一個是細胞表面蛋白質、細胞內蛋白質、細胞標志物、抗體、主要組織相容性復合體、腫瘤抗原、受體或其組合。