[發(fā)明專利]一種檢測和判定幽門螺旋桿菌耐藥性的試劑盒和方法有效
| 申請?zhí)枺?/td> | 201811570903.8 | 申請日： | 2018-12-21 |
| 公開（公告）號： | CN109593842B | 公開（公告）日： | 2021-01-01 |
| 發(fā)明（設(shè)計）人： | 郜恒駿;華友佳;陳傲君 | 申請（專利權(quán)）人： | 上海芯超生物科技有限公司 |
| 主分類號： | C12Q1/6883 | 分類號： | C12Q1/6883 |
| 代理公司： | 上海市匯業(yè)律師事務(wù)所 31325 | 代理人： | 王函 |
| 地址： | 201203 上海市*** | 國省代碼： | 上海;31 |
| 權(quán)利要求書： | 查看更多 | 說明書： | 查看更多 |
| 摘要： | |||
| 搜索關(guān)鍵詞： | 一種 檢測 判定 幽門 螺旋 桿菌 耐藥性 試劑盒 方法 | ||
本發(fā)明提供一種檢測和判定幽門螺旋桿菌耐藥性的試劑盒及方法，采用核苷酸序列如SEQ ID NO.1～18所示的9對引物用于檢測包括23sRNA、PBP1、PORD、OORD、16s rRNA、GYRA、rdxA六種基因型的共41個位點的突變，對目前主流的六種幽門螺旋桿菌耐藥基因的突變位點進(jìn)行全方位解析,根據(jù)位點找出對應(yīng)的基因型，從而判斷對克拉霉素、阿莫西林、呋喃唑酮、四環(huán)素、左氧氟沙星、甲硝唑的耐藥性，測序讀長可達(dá)1000bp，準(zhǔn)確性高達(dá)99.999％，對指導(dǎo)幽門螺旋桿菌患者的個性化治療有非常重大的意義。
技術(shù)領(lǐng)域
本發(fā)明屬于生物技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及一種檢測和判定幽門螺旋桿菌耐藥基因的試劑盒和方法。
背景技術(shù)
幽門螺旋桿菌(Helicobacter pylori,Hp)是一種革蘭氏陰性菌，主要分布在胃粘膜組織中，是目前所知能夠在人胃中生存的唯一微生物種類。據(jù)統(tǒng)計，全世界人群中幽門螺旋桿菌的感染率達(dá)50％，我國的感染率高達(dá)60％-90％。幽門螺旋桿菌感染可導(dǎo)致慢性胃炎、胃潰瘍、胃癌和和胃淋巴瘤等消化道疾病，因此眾多患者的幽門螺旋桿菌早期根除非常必要。目前若干種抗生素(克拉霉素、阿莫西林、左氧氟沙星、呋喃唑酮、四環(huán)素、甲硝唑等)作為根除Hp3-4聯(lián)治療的手段被廣泛應(yīng)用。但是幽門螺旋桿菌對抗生素會產(chǎn)生耐藥性，并且目前國際國內(nèi)的抗生素耐藥性普遍逐年升高，而根除率大幅度下降，從最初的95％降至65％，預(yù)計在未來耐藥性會越來越成為全面阻礙Hp根除的主要因素。因此，專家意見及最新共識均認(rèn)為，已有耐藥跡象的患者在治療前，應(yīng)先做耐藥性試驗，以便指導(dǎo)合適藥物的選擇。
目前已有針對個別抗生素(例如克拉霉素)耐藥基因的檢測方法及PCR試劑盒，但是尚缺乏對于所有主流抗生素的耐藥位點進(jìn)行全面檢測的檢測手段和試劑盒。本發(fā)明致力于從技術(shù)上填補這一空白。
發(fā)明內(nèi)容
本發(fā)明所要解決的技術(shù)問題在于，提供了一種檢測和判定幽門螺旋桿菌耐藥基因的方法和試劑盒，能夠全面地鑒定出針對克拉霉素、阿莫西林、左氧氟沙星、呋喃唑酮、四環(huán)素、甲硝唑目前常用的6種幽門螺旋桿菌感染治療藥物的耐藥基因的具體位點情況，解讀出該型菌株的耐藥性，從而指導(dǎo)幽門螺旋桿菌感染患者的個性化治療。且本方法可擴展性強，即隨著幽門螺桿菌耐藥基因組學(xué)研究的進(jìn)一步深入，未來若發(fā)現(xiàn)新的耐藥基因或耐藥位點，一旦生物學(xué)功能明確，可以隨時擴充到本發(fā)明的基因及位點列表中。
為解決上述技術(shù)問題，本發(fā)明提供一種檢測和判定幽門螺旋桿菌耐藥性的試劑盒，包括引物混合液和PCR擴增試劑；所述引物混合液包含：
檢測克拉霉素耐藥基因23sRNA的G1939A位點和/或T1942C位點突變的正向引物1和反向引物1，檢測克拉霉素耐藥基因23sRNA的A2142G位點、A2143G位點、A2144G位點、C2147G位點、C2182T位點、C2245T位點和/或C2289T位點突變的正向引物2和反向引物2，
檢測阿莫西林耐藥基因PBP1的320Ala/Val位點、366Leu/Phe位點、369Ala/Thr位點、374Leu/Val位點、414Arg/Ser位點和/或423Leu/Phe位點突變的正向引物3和反向引物3，檢測阿莫西林耐藥基因PBP1的556Ser/Thr位點、562Asn/Tyr位點、593Ala/Thr位點和/或595Gly/Ser位點突變的正向引物4和反向引物4；
檢測呋喃唑酮耐藥基因PORD的G353A位點、A356G位點和/或C357T位點突變的正向引物5和反向引物5，檢測呋喃唑酮耐藥基因OORD的A41G位點、A122G位點、A335G位點、C349A/G位點、C156T位點和/或C165T位點突變的正向引物6和反向引物6；
檢測四環(huán)素耐藥基因16s rRNA的AGA926-928TTC/AGC/TGC/GGA/CGA位點突變的正向引物7和反向引物7，
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