[發(fā)明專利]預(yù)測腫瘤新生抗原的方法、裝置及存儲(chǔ)介質(zhì)

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201811531729.6
• 申請日: 2018-12-14
• 公開（公告）號(hào): CN109584960B
• 公開（公告）日: 2021-07-30
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 葉浩;李祥永;戴珩
• 申請（專利權(quán)）人: 序康醫(yī)療科技（蘇州）有限公司
• 主分類號(hào): G16B20/50
• 分類號(hào): G16B20/50;G16B50/00
• 代理公司: 上海智信專利代理有限公司 31002
• 代理人: 王潔;豆欣欣

1.一種預(yù)測腫瘤新生抗原的方法，其特征在于，所述的方法包括步驟：

(1)根據(jù)腫瘤-胚系對照樣本進(jìn)行體細(xì)胞突變以及基因融合檢測；

(2)針對每一對融合基因生成融合肽及相應(yīng)野生肽；

(3)基于每個(gè)體細(xì)胞突變生成單突變肽及相應(yīng)野生肽；

(4)構(gòu)建腫瘤樣本特異的個(gè)人基因組并生成含有多個(gè)突變的多突變肽；

(5)通過突變間的順式反式關(guān)系，判斷單突變以及多突變的突變肽真?zhèn)危烧鎸?shí)存在的突變肽；

(6)去除與野生型蛋白其它位置序列完全一致的突變肽，構(gòu)建完整的新生多肽庫；

(7)基于胚系對照樣本的bam文件進(jìn)行HLA分子分型檢測，預(yù)測新生多肽與HLA分子的親和力，將親和力高的新生多肽作為候選腫瘤新生抗原；

在所述的步驟(2)中，融合斷點(diǎn)注釋，采用AGFusion工具根據(jù)5’端、3’端斷點(diǎn)在基因組上的坐標(biāo)信息，注釋融合斷點(diǎn)，并生成融合后的蛋白序列全長；截取長度為L且含有融合斷點(diǎn)的融合肽以及對應(yīng)的5’端、3’端野生肽，具體的截取規(guī)則為：

確定5’端融合斷點(diǎn)在長度為p5的5’端野生蛋白以及長度為g的融合蛋白上的坐標(biāo)索引：比對融合蛋白與5’端野生蛋白序列，得出最大的一致性片段序列seq1、以及seq1的5’端野生蛋白上的坐標(biāo)索引m、融合蛋白上的坐標(biāo)索引t，所述的seq1的長度為s1，則5’端斷點(diǎn)的坐標(biāo)索引在野生型蛋白上為m+s1，在融合蛋白上為t+s1；

確定3’端融合斷點(diǎn)在長度為p3的3’端野生蛋白上的坐標(biāo)索引：比對融合蛋白與3’端野生蛋白，得出最大一致性片段序列seq2以及seq2在3’端野生蛋白上的坐標(biāo)索引n，所述的seq2的長度為s2；

截取長度為L的融合肽以及相應(yīng)5’和3’端野生肽：

在3’端融合斷點(diǎn)不造成移碼框改變的情況下，每一條融合肽均有相對5’端以及3’端兩條野生肽生成，融合蛋白從最小坐標(biāo)索引t+s1-L到最大坐標(biāo)索引t，截取長度為L的融合肽；5’端野生蛋白從最小坐標(biāo)索引m+s1-L到最大坐索引m，3’端野生蛋白從n-L到最大坐標(biāo)索引n，截取長度為L的兩條相應(yīng)的野生肽；

當(dāng)3’端融合斷點(diǎn)造成移碼框改變時(shí)，每一條融合肽只有一條5’端野生肽生成，融合蛋白從最小坐標(biāo)索引t+s1-L到最大坐標(biāo)索引g-L，截取長度為L的融合肽，5’端野生蛋白從最小坐標(biāo)索引m+s1-L到最大坐標(biāo)索引p5-L，順序生成相應(yīng)長度為L的野生肽。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的預(yù)測腫瘤新生抗原的方法，其特征在于，所述的步驟(1)的中：

對于體細(xì)胞突變，在Mutect2工具的默認(rèn)參數(shù)下輸出體細(xì)胞突變結(jié)果之后，進(jìn)行進(jìn)一步質(zhì)控過濾，所述的質(zhì)控過濾包括：突變頻率大于2％；突變點(diǎn)的測序深度大于10；至少有2條reads指示有突變且該reads的平均堿基質(zhì)量20；

對于基因融合檢測，若輸入為全外顯子WES或全基因組WGS測序數(shù)據(jù)，則用FACTERA工具在默認(rèn)參數(shù)下檢測基因融合；若輸入為RNAseq數(shù)據(jù)，則用STAR-Fusion工具在默認(rèn)參數(shù)下檢測基因融合，然后通過junction reads數(shù)目≥1，做進(jìn)一步的質(zhì)控以減少假陽性，該junction reads指為直接覆蓋融合斷點(diǎn)的reads。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的預(yù)測腫瘤新生抗原的方法，其特征在于，所述的步驟(3)中，

使用SnpEff注釋，將每一個(gè)體細(xì)胞基因組上的堿基突變注釋到Ensembel數(shù)據(jù)庫上的每一個(gè)轉(zhuǎn)錄本以及相應(yīng)蛋白序列上；

截取長度為L的突變肽以及相應(yīng)的野生肽。

4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的預(yù)測腫瘤新生抗原的方法，其特征在于，截取規(guī)則為：

對于錯(cuò)義突變、非移碼突變，以突變坐標(biāo)為中心，向5’端取L-1個(gè)氨基酸，向3’端取L-1個(gè)氨基酸，生成長度為8～11個(gè)氨基酸長度以及13～25個(gè)氨基酸長度之間的含有突變氨基酸的突變段以及相應(yīng)野生肽；

對于典型單點(diǎn)突變，生成38對長度為8～11個(gè)氨基酸長度的突變型-野生型肽段，以及247對長度為13～25個(gè)氨基酸長度的突變型-野生型肽段；

對于移碼突變，從突變點(diǎn)的前L-1個(gè)氨基酸開始，延伸到第一個(gè)終止子出現(xiàn)為止，生成8～11以及13～25氨基酸長度的突變肽段及相應(yīng)坐標(biāo)的野生肽段。