[發(fā)明專利]一種基于不確定圖模型偵測蛋白質(zhì)復(fù)合物的方法

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201811518891.4
• 申請日: 2018-12-12
• 公開（公告）號: CN109493915B
• 公開（公告）日: 2021-05-07
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 徐周波;黃文文;劉華東;常亮;楊健
• 申請（專利權(quán)）人: 桂林電子科技大學(xué)
• 主分類號: G16B5/00
• 分類號: G16B5/00;G16B20/00;G16B45/00
• 代理公司: 北京中濟緯天專利代理有限公司 11429
• 代理人: 石燕妮

1.一種基于不確定圖模型偵測蛋白質(zhì)復(fù)合物的方法，其特征在于，該方法包括：

將蛋白質(zhì)作為不確定圖的頂點，蛋白質(zhì)之間的相互作用作為不確定圖的邊，具體包括：

將T_i時刻的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)抽象為不確定圖每個蛋白質(zhì)對應(yīng)圖的一個頂點v_p，T_i時刻蛋白質(zhì)的頂點集為蛋白質(zhì)之間的相互作用對于圖的邊e_l，l＝1,...,m，該蛋白質(zhì)的邊集為表示為T_i時刻蛋白質(zhì)分配表達值的概率函數(shù)，表示為T_i時刻分配蛋白質(zhì)之間相互作用程度的概率函數(shù)；

定義動態(tài)不確定圖PPI網(wǎng)絡(luò)DG，DG＝(UG_T1,UG_T2,...,UG_Tk)；

根據(jù)不確定圖模型，定義期望稠密度，判斷每個頂點是否屬于核，具體包括：

賦予T_i時刻每個蛋白質(zhì)的表達值；

賦予T_i時刻蛋白質(zhì)相互作用程度的概率值，頂點v_p和v_q間的概率值為表示頂點v_p到頂點v_q邊的權(quán)重，其中表示網(wǎng)絡(luò)中包含邊e(v_p,v_q)的三角形的數(shù)量；和分別表示頂點v_p、v_q的度；表示頂點v_q的所有鄰居頂點的集合，d_pq表示網(wǎng)絡(luò)頂點v_p和v_q之間的最短距離，δ表示控制每個頂點間相互作用的衰減速度與范圍的參數(shù)；

定義期望稠密度為ED，通過與第一閾值進行比較，判斷該蛋白質(zhì)是否屬于核；

其中，H1＝|V_S|×(|V_S|-1)，V_S表示T_i蛋白質(zhì)子集，其中判斷該蛋白質(zhì)是否屬于核，具體包括：將所述期望稠密度ED與第一閾值比較，若期望稠密度ED大于所述第一閾值，則該蛋白質(zhì)屬于核，若期望稠密度ED小于所述第一閾值，則該蛋白質(zhì)不屬于核；

計算蛋白質(zhì)和他鄰居蛋白質(zhì)的皮爾遜系數(shù)，進一步判斷該蛋白質(zhì)是否屬于核；進一步判斷該蛋白質(zhì)是否屬于核，具體包括：

記錄X＝{x₁,x₂,...,x_r}和Y＝{y₁,y₂,...,y_r}，X和Y分別表示蛋白質(zhì)X和蛋白質(zhì)Y在r個時間點的表達值；

計算皮爾遜系數(shù)通過與第二閾值進行比較進一步尋找核，其中，

x'是所有r個時間的總和平均值，y'是所有r個時間的總和平均值；

根據(jù)不確定圖模型，定義鄰居頂點相關(guān)度，判斷該蛋白質(zhì)是否屬于附件；

對所有挖掘到的蛋白質(zhì)復(fù)合物進行冗余過濾。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種基于不確定圖模型偵測蛋白質(zhì)復(fù)合物的方法，其特征在于，所述進一步判斷該蛋白質(zhì)是否屬于核，具體方法為：

若蛋白質(zhì)X的皮爾遜系數(shù)值則說明蛋白質(zhì)X屬于核。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種基于不確定圖模型偵測蛋白質(zhì)復(fù)合物的方法，其特征在于，所述根據(jù)不確定圖模型，定義鄰居頂點相關(guān)度，判斷該蛋白質(zhì)是否屬于附件，具體包括：

計算相關(guān)度通過與第三閾值進行比較，判斷該蛋白質(zhì)是否屬于附件；

其中，H3＝|V_S|，表示蛋白質(zhì)v_a的表達值，表示蛋白質(zhì)v_z的表達值，表示蛋白質(zhì)v_a、v_z之間相互作用程度值，以p(v_a,v_z)表示。