[發明專利]一種鑒定甜瓜性型InDel分子標記及其引物和應用

在審

• 申請號: 201811511522.2
• 申請日: 2018-12-11
• 公開（公告）號: CN109439790A
• 公開（公告）日: 2019-03-08
• 發明（設計）人: 王吉明;李娜;尚建立;周丹;馬雙武
• 申請（專利權）人: 中國農業科學院鄭州果樹研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 青島致嘉知識產權代理事務所(普通合伙) 37236
• 代理人: 王增全

本發明公開了鑒定甜瓜性型的InDel分子標記及其引物和應用，屬于分子檢測技術領域。所述InDel分子標記InDel_msPr100位于甜瓜第2號染色體上，大小為127bp，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，若該序列自5’起第28堿基至第40堿基之間的GACAAATTTGAAC片段缺失，獲得如SEQ ID NO.2所示核苷酸序列，則會引起甜瓜的單性花向兩性花的性型改變。所述Indel分子標記InDel_msPr100可直接用于甜瓜性型分子標記輔助育種體系的建立。根據Indel分子標記InDel_msPr100設計的引物擴增可以在苗期快速準確鑒定出甜瓜的性型，為甜瓜性型分子育種提供技術支持，與同類標記技術相比，本發明具有簡單準確，不需要酶切等優點。

技術領域

本發明屬于分子檢測技術領域，具體涉及一種鑒定甜瓜性型InDel分子標記及其引物和應用。

背景技術

甜瓜(Cucumis melo L.)屬葫蘆科甜瓜屬,是我國重要的經濟作物。甜瓜的性型分為7種：雌雄異花同株、雄全同珠、兩性花株、雌全同珠、三性花株和全雌系。由于性型多樣,成為研究高等植物性別表達的典型材料。甜瓜性別表達的研究對瓜類以及其他作物的育種和栽培具有重大的理論意義和應用價值。現有研究結果表明，甜瓜的性型主要有三個基因調控。Boualem等(2008)利用染色體步移技術克隆到甜瓜a基因,并發現了一個共分離的SNP位點A57V。a基因編碼一個乙烯合成酶基因CmACS-7。CmACS-7通過CmACS-7體外酶活性試驗驗證發現，CmACS-7在雌花發育的兩性期抑制雄蕊原基發育。Boualem等(2015)提出的甜瓜與黃瓜的性別決定路徑模型中提出，位于路徑的上游CmACS11控制雌花發育，位于路徑中游的CmWIP1控制雄花發育，位于路徑下游的CmACS-7控制單花發育為雌花還是兩性花。

根據中國專利文獻CN103866005A研究報道，欒非時等開發出了鑒定甜瓜a基因酶切分子標記和鑒定甜瓜g基因的G、g基因的雙引物鑒定分子標記，但技術步驟較為繁瑣，鑒定效率低且成本較高；中國專文獻CN108239675A中，劉莉等開發出鑒定甜瓜單性花和兩性花材料的InDel分子標記TJcM02，連鎖緊密性和穩定性低。因此，亟待開發一種與甜瓜性型緊密連鎖的、易于操作的、鑒定效率高的、成本較低的分子標記，以期可以對性型育種的促進具有重大意義。

發明內容

本發明主要解決現有的甜瓜性型鑒定的CAPS等分子標記技術成本高、操作繁瑣等的缺點，提供一種鑒定甜瓜性型InDel分子標記和應用，以期在苗期準確快速地篩選出甜瓜單性花株或兩性花株，為甜瓜分子輔助育種選擇提供技術基礎。

本發明的目的通過以下技術方案實現：

研究篩選出鑒定甜瓜性型的InDel分子標記，命名為InDel_msPr100，大小為127bp，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。

5’-AATGAAAATTTTGGTTTAATGGGAGGAGACAAATTTGAACGACAAATTTTCT TAGTAACTTACGATATGATCACTAACTAATTTATTCTAGGTTGGGGGTTTGAACCTCTCTCAACTTTGTGCTCAT-3’(SEQ IDNO.1)

申請人通過研究，對甜瓜性型性狀進行了QTL定位，篩選獲得了與之緊密連鎖的分子標記，記名為InDel_msPr100。通過測序發現，如果這段序列如SEQ ID NO.1所示，則相應的甜瓜性型表現為單性花株。如果SEQ ID NO.1所示序列自5’起第28堿基至第40堿基之間的GACAAATTTGAAC片段缺失(下雙劃線部分)，獲得大小為114bp如SEQ ID NO.2所示序列，則相應的甜瓜表現為兩性花株。