[發明專利]一種用于檢測KIAA1549-BRAF融合基因的熒光原位雜交探針及其制備方法和應用

有效

• 申請號: 201811346321.1
• 申請日: 2018-11-13
• 公開（公告）號: CN109234400B
• 公開（公告）日: 2019-08-09
• 發明（設計）人: 呂玉琦;李先洋;李倩;李雪梅;葉倫;程弘夏;陳剛
• 申請（專利權）人: 武漢康錄生物技術股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12Q1/6841;C12N15/11
• 代理公司: 湖北武漢永嘉專利代理有限公司 42102
• 代理人: 徐曉琴

1.一種用于檢測KIAA1549-BRAF融合基因的熒光原位雜交探針，其特征在于，所述熒光原位雜交探針包含兩個探針庫，KIAA1549基因雜交探針庫：探針的起始位置設計在KIAA1549基因斷裂點左右各200Kb范圍內，探針向著絲粒方向延伸，延伸的長度為300~1000Kb；BRAF基因雜交探針庫：探針的起始位置設計在BRAF基因斷裂點左右各200Kb范圍內，探針向端粒方向延伸，延伸的長度為300~1000Kb。

2.根據權利要求1所述的用于檢測KIAA1549-BRAF融合基因的熒光原位雜交探針，其特征在于，KIAA1549基因雜交探針庫中所述探針的起始位置為KIAA1549基因16號外顯子；BRAF基因雜交探針庫中所述探針的起始位置為BRAF基因9號外顯子。

3.根據權利要求1所述的用于檢測KIAA1549-BRAF融合基因的熒光原位雜交探針，其特征在于，所述熒光原位雜交探針的兩個探針庫標記了兩種不同顏色的熒光染料。

4.包含權利要求1~3任一所述用于檢測KIAA1549-BRAF融合基因的熒光原位雜交探針的試劑盒。

5.權利要求1~3任一所述用于檢測KIAA1549-BRAF融合基因的熒光原位雜交探針的制備方法，其特征在于，包括如下步驟：

（1）從UCSC Genome Browser下載KIAA1549基因和BRAF基因探針所覆蓋區域的基因組非重復序列，其中KIAA1549基因探針覆蓋區域為：起始位置設計在KIAA1549基因斷裂點左右各200Kb范圍內，向著絲粒方向延伸300~1000Kb，BRAF基因探針覆蓋區域為：起始位置設計在BRAF基因斷裂點左右各200Kb范圍內，向端粒方向延伸長度為300~1000Kb；

（2）將步驟（1）獲得的KIAA1549基因探針所覆蓋區域的基因組非重復序列使用perl插件程序chunks.pl分割成1kb大小的區塊；將分割后的區塊批量導入OligoArray軟件進行探針設計、探針篩選，篩選出的探針導出到EXCEL表格中，得到一系列KIAA1549基因探針序列；所述探針篩選的條件為：探針長度50bp，TM值85~99℃，GC比40~80%，不含TTTT/GGGG/AAAA/CCCC，探針最小間隔5bp；

（3）將步驟（1）獲得的BRAF基因探針所覆蓋區域的基因組非重復序列使用perl插件程序chunks.pl分割成1kb大小的區塊；將分割后的區塊批量導入OligoArray軟件進行探針設計、探針篩選，篩選出的探針導出到EXCEL表格中，得到一系列BRAF基因探針序列；所述探針篩選的條件為：探針長度50bp，TM值85~99℃，GC比40~80%，不含TTTT/GGGG/AAAA/CCCC，探針最小間隔5bp；

（4）使用DNA合成儀對步驟（2）所得一系列KIAA1549基因探針進行化學合成，將化學合成的探針進行混合，制備得到KIAA1549基因探針庫；同理，使用DNA合成儀對步驟（3）所得一系列BRAF基因探針序列進行化學合成，將化學合成的探針進行混合，制備得到BRAF基因探針庫；

（5）使用帶有不同熒光基團的通用引物分別對KIAA1549基因探針庫和BRAF基因探針庫進行擴增標記反應，得到熒光標記的KIAA1549基因雜交探針庫和BRAF基因雜交探針庫，所述熒光標記的KIAA1549基因雜交探針庫和BRAF基因雜交探針庫構成了用于檢測KIAA1549-BRAF融合基因的熒光原位雜交探針。

6.根據權利要求5所述的制備方法，其特征在于，在步驟（2）所得一系列KIAA1549基因探針序列的每條探針5’端加上17bp的標簽序列、3’端加上18bp的標簽序列；在步驟（3）所得一系列BRAF基因探針序列的每條探針5’端加上17bp的標簽序列、3’端加上18bp的標簽序列；所述標簽序列的堿基序列如下所示：

5’端標簽序列為：TGTAAAACGACGGCCAG；3’端標簽序列為：GGTCATAGCTGTTTCCTG。