[發明專利]氣泡檢測方法及系統、基因測序儀、計算機可讀存儲介質

有效

• 申請號: 201811185318.6
• 申請日: 2018-10-11
• 公開（公告）號: CN111041076B
• 公開（公告）日: 2023-09-26
• 發明（設計）人: 沈蕾;曾真;趙勝明;鮑興林;劉琴英;李美;黎宇翔
• 申請（專利權）人: 深圳華大生命科學研究院
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869;G06T7/00;G06T7/11;G06T7/187
• 代理公司: 深圳市賽恩倍吉知識產權代理有限公司 44334
• 代理人: 劉麗華;彭輝劍

本發明提供一種氣泡檢測方法，包括：獲取圖像A、圖像G、圖像C，以及圖像T，所述圖像A和圖像G由同一臺相機拍攝獲得，所述圖像C和圖像T由同一臺相機拍攝獲得；對圖像A和圖像G做幀差處理以及對圖像C和圖像T做幀差處理，獲得兩張偵差圖像；對每張幀差圖像進行二值化處理；對二值化后的兩張圖像取并集獲得并集圖像；提取并集圖像的連通區及連通區的參數信息；及根據連通區的參數信息來確定連通區是否為氣泡區域。本發明還提供一種氣泡檢測系統、實現所述氣泡檢測方法的基因測序儀、及存儲介質。本發明可以準確地對熒光圖像是否存在氣泡進行檢測，使得基于該熒光圖像的測序結果更加準確。

技術領域

本發明涉及基因測序熒光圖像分析領域，具體涉及一種氣泡檢測方法及系統、基因測序儀、及計算機可讀存儲介質。

背景技術

本部分旨在為權利要求書及具體實施方式中陳述的本發明實施例的實施方式提供背景或上下文。此處的描述不因為包括在本部分中就承認是現有技術。

基因測序是指分析特定DNA片段的堿基序列，即腺嘌呤(A),胸腺嘧啶(T)，胞嘧啶(C)與鳥嘌呤(G)的排列方式。二代測序技術又稱為大規模平行測序或者深度測序，以其高通量，低成本，較高的測序準確性的特點，在臨床和科研應用中最為廣泛。二代測序技術采用高分辨顯微成像，通過光學系統和相機采集到測序芯片上DNA納米球(即DNB，DNANanoballs)的熒光分子圖像，將熒光分子圖像送入堿基識別軟件解碼圖像信號得到堿基序列。

對于某些以浸泡方式測序的設備，在裝載測序芯片的初期需要在測序芯片表面覆蓋一層拍照試劑(image?reagent)，而后用鏡頭去抹平，在抹平的過程中，如果鏡頭前的蓋玻片因工藝的原因存在凹點，則容易形成氣泡，且此氣泡在很多FOV(Field?of?View，也稱為視野)中都會存在，極大的影響了測序質量。

發明內容

鑒于以上內容，有必要提出一種氣泡檢測方法及系統、基因測序儀、及計算機可讀存儲介質，用以檢測測序圖像是否存在氣泡區域。

本發明的第一方面提供一種所述方法包括：

獲取四張圖像，所述四張圖像包括所述圖像A、圖像G、圖像C，以及圖像T，其中，所述圖像A和圖像G由同一臺相機拍攝獲得，所述圖像C和圖像T由同一臺相機拍攝獲得；

對所述圖像A和圖像G作幀差處理，獲得第一幀差圖像，以及對所述圖像C和圖像T作幀差處理，獲得第二幀差圖像；

利用預設的圖像二值化算法對所述第一幀差圖像作二值化處理，獲得第一圖像bw_AG，利用所述預設的圖像二值化算法對所述第二幀差圖像作二值化處理，獲得第二圖像bw_CT；

計算所述第一圖像bw_AG和第二圖像bw_CT的并集，獲得并集圖像，利用膨脹和腐蝕算法對所述并集圖像進行處理，獲得膨脹腐蝕處理后的圖像bw；

在所述圖像bw找出連通區；

提取每個連通區的參數信息；及

將所提取的每個連通區的參數信息分別與預設值進行比較，來確定每個連通區是否為氣泡區域。

優選地，在對所述圖像A和圖像G作幀差處理之前還包括步驟：

將所述圖像A、圖像G作亮度歸一化處理；

在對所述圖像C和圖像T作幀差處理之前還包括步驟：

將所述圖像C和圖像T作亮度歸一化處理。

優選地，該方法還包括步驟：

當確定某個連通區為氣泡區域時，按照預設的第一方式發出提示；及

當沒有任何連通區確定為氣泡區域時，按照預設的第二方式發出提示。