[發明專利]抗稻瘟病基因Pid3-A4的InDel分子標記物、檢測方法及應用

有效

• 申請號: 201811115351.1
• 申請日: 2018-09-25
• 公開（公告）號: CN108913809B
• 公開（公告）日: 2020-12-25
• 發明（設計）人: 呂啟明;黃志遠;唐麗;辛業蕓;朱立煌
• 申請（專利權）人: 湖南雜交水稻研究中心
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11;A01H1/04
• 代理公司: 長沙智嶸專利代理事務所(普通合伙) 43211
• 代理人: 劉宏

本發明公開了一種抗稻瘟病功能基因Pid3?A4的InDel分子標記物，包括InDel分子標記物PA4?C，InDel分子標記物PA4?C用于從水稻材料中鑒定并篩選出在編碼區前1815位堿基處存在一段9bp缺失的功能基因Pid3?A4的水稻材料；9bp缺失序列為：CCCTGAAGA。通過該功能性分子標記可以準確檢測不同水稻品種的基因組中是否含有Pid3?A4功能基因以及其純合狀態，可應用于篩選水稻雜交轉育后代植株，提高水稻抗稻瘟病材料的選育效率，獲得含Pid3?A4功能基因的抗稻瘟病水稻品種。

技術領域

本發明涉及水稻抗稻瘟病基因篩選領域，特別地，涉及一種抗稻瘟病功能基因Pid3-A4的InDel分子標記物。此外，本發明還涉及一種包括上述抗稻瘟病功能基因Pid3-A4的InDel分子標記物的檢測方法及應用。

背景技術

水稻是世界上最重要的糧食作物之一，全世界一半以上的人口以稻米為主食。稻瘟病是影響水稻產量的主要病害，位居真菌病害之首，全球每年因稻瘟病造成的水稻減產達10％～30％，嚴重時減產達40％～50％，甚至顆粒無收。相較于化學防治稻瘟病，推廣含有抗病基因的水稻品種是既經濟又環保的。但由于單一抗性基因通常會因為大面積種植，3～5年時間就喪失抗性，因此聚合更多的抗病基因，或者有針對性配置含有對應的抗病基因的水稻品種是目前應對稻瘟病危害的主要手段。

分子標記輔助選擇以其簡單可靠的操作性，對稻瘟病基因的應用發揮了重要作用。到目前為止，在水稻中已至少報道了68個抗稻瘟病位點共83個主效基因，這些基因成簇地分布于除第3染色體外的所有水稻染色體上，已經克隆的30個左右，主要包括Pib、Pi-ta、Pi9、Piz-t、Pi2、Pid2、Pi36、Pi37、Rbr2、Pik-m、Pi5、Pid3、Pi21、Pit、Pb1、Pish、Pik-p、Pik、Pia、Pi54、Pi25、Pi1、Pi50、Pi54rh，Pigm等(國家水稻數據庫中心http://www.ricedata.cn/gene/gene_pi.htm)。

抗稻瘟病基因Pid3最初是通過比較秈稻和粳稻全基因組編碼NBS-LRR蛋白基因等位間假基因化差異，利用假基因化標記在地谷中克隆的(Shang J.,et al.Identificationofa new rice blast resistance gene,Pid3,by genomewide comparison of pairednucleotide-binding site--leucine-rich repeat genes andtheirpseudogeneallelesbetweenthe two sequencedrice genomes.Genetics,2009,182(4):1303-1311)。利用同源克隆策略，從普通野生稻A4中克隆了具有不同抗譜的同源基因Pid3-A4(Lv etal.,Functional analysis of Pid3-A4,an ortholog of rice blast resistance genePid3revealed by allele mining in common wild rice.Phytopathology,2013,103(6):594-599.)。

研究表明Pid3-A4基因相較于Pid3基因，其抗譜更廣，特別是對四川地區的稻瘟病菌菌株表現出更好的抗性，因此其在水稻生產上具有重要的利用價值。目前盡管Pid3基因有一些通過分子標記的利用(董瑞霞等，分子標記輔助選擇改良水稻不育系臻達A及其雜交種的稻瘟病抗性.植物遺傳資源學報,2017,18(03):573-586.)，但針對Pid3-A4基因的分子標記還未見報道。

發明內容

本發明提供了一種稻瘟病基因Pid3-A4的InDel分子標記物、檢測方法及應用，以解決現有技術中分子標記檢測程序復雜，準確率低，成本高，只適用于特定親本間雜交后代的輔助檢測的技術問題。

本發明采用的技術方案如下：