[發(fā)明專利]一種篩選慢性萎縮性胃炎大鼠生物標志物的裝置

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 201810818850.0
• 申請日: 2018-07-24
• 公開（公告）號: CN108985007A
• 公開（公告）日: 2018-12-11
• 發(fā)明（設計）人: 劉月濤;賈璐;薛倩倩;秦雪梅
• 申請（專利權）人: 山西大學
• 主分類號: G06F19/12
• 分類號: G06F19/12;G06F19/26
• 代理公司: 太原市科瑞達專利代理有限公司 14101
• 代理人: 李富元

1.一種篩選慢性萎縮性胃炎大鼠生物標志物的裝置，其特征在于：包括箱體、安裝在箱體上的頻譜儀、安裝在箱體上的數(shù)據(jù)處理芯片、安裝在箱體上的顯示器，將經(jīng)過預處理的尿樣裝入頻譜儀的核磁管，開啟頻譜儀采集1D NMR數(shù)據(jù)，并將該數(shù)據(jù)作為原始數(shù)據(jù)輸入數(shù)據(jù)處理芯片，數(shù)據(jù)處理芯片對原始數(shù)據(jù)首先進行預處理，采用SIMCA-P軟件對預處理后的數(shù)據(jù)進行多元統(tǒng)計分析，通過PLS-DA分析獲得時間依賴性尿液動態(tài)代謝組學特征，然后使用ASCA模型分析CAG表型、時間及其相互作用對尿樣中代謝變化的影響，鑒定與之作用相關的代謝物，最后通過顯示器顯示出來。

2.根據(jù)權利要求1所述的一種篩選慢性萎縮性胃炎大鼠生物標志物的裝置，其特征在于：尿樣的預處理過程為：在500 μl的尿樣中加入200 μl磷酸緩沖液，混勻后離心，取上清550 μl作為預處理的尿樣，磷酸緩沖液按照質量百分比含10% D₂O和0.05% TSP，pH=7.4。

3.根據(jù)權利要求1所述的一種篩選慢性萎縮性胃炎大鼠生物標志物的裝置，其特征在于：頻譜儀采用BrukerAV 600，對應的質子共振頻率600.13MHz，采集時溫度控制為298K，采用BBO探頭，測樣前對頻譜儀進行溫度校正，勻場校正。

4.根據(jù)權利要求1所述的一種篩選慢性萎縮性胃炎大鼠生物標志物的裝置，其特征在于：數(shù)據(jù)處理芯片對原始數(shù)據(jù)進行預處理的過程為，通過MestReNova對所有的原始數(shù)據(jù)進行相位校正和基線校正，尿樣的1D和2D NMR譜參考TSP的化學位移，以δ0.001 ppm積分分段對 1 Dδ0.50 - 9.00 ppm區(qū)域進行積分，且排除δ4.68-5.19 ppm區(qū)域以消除不完全的含水飽和度的影響，然后將生成的數(shù)據(jù)修改為MetaboAnalyst分析的'時間序列/雙因子設計'模塊中描述的可接受數(shù)據(jù)格式，該模塊包含實驗動物中多種類型的變異、時間的變化及其相互作用，數(shù)據(jù)集歸一化為常量和pareto scaling預處理。

5.根據(jù)權利要求1所述的一種篩選慢性萎縮性胃炎大鼠生物標志物的裝置，其特征在于：采用SIMCA-P軟件對預處理后的數(shù)據(jù)進行多元統(tǒng)計分析，通過PLS-DA分析獲得時間依賴性尿液動態(tài)代謝組學特征的具體過程為，將預處理的數(shù)據(jù)采用SIMCA-P軟件進行多元統(tǒng)計分析，將數(shù)據(jù)引入PLS-DA分析，觀察代謝差異，由于時間的推移，顯現(xiàn)出主要的數(shù)據(jù)擾動源是由大鼠的生長所代表的，軌跡顯示對照組在可控范圍內移動，模型組從0周到第10周的代謝輪廓隨時間而變化。

6.根據(jù)權利要求1所述的一種篩選慢性萎縮性胃炎大鼠生物標志物的裝置，其特征在于：使用ASCA模型分析CAG表型、時間及其相互作用對尿樣中代謝變化的影響，鑒定與之作用相關的代謝物，最后通過顯示器顯示出來的具體過程為，用ASCA模型將尿動態(tài)代謝組學數(shù)據(jù)分成不同的子集，描述動物實驗之間的差異，時間變化以及它們之間的相互作用，通過置換方法進行顯著性檢驗，使用顯示特征值與因子之間關系的圖像，與因子A、因子B及其相互作用相關的主要模式顯示在基于相應子模型的PC1的得分散點圖中，使用基于杠桿效率/平方預測誤差圖確定與特定因子相關的重要變量，顯示根據(jù)表型，時間及其相互作用的因素，通過ASCA模型鑒定的代謝物有：丙氨酸、脂質、肌酸、二甲基甘氨酸、α-酮戊二酸、丙氨酸、琥珀酸，α-酮戊二酸、丙氨酸、馬尿酸和尿囊素作為候選生物標志物，最后將檢測到的候選生物標志物在顯示器上顯示出來。