[發明專利]一種脊尾白蝦EC12 SNP標記的檢測方法

有效

• 申請號: 201810797467.1
• 申請日: 2018-07-19
• 公開（公告）號: CN108913784B
• 公開（公告）日: 2021-11-26
• 發明（設計）人: 李吉濤;李健;劉萍;陳萍
• 申請（專利權）人: 中國水產科學研究院黃海水產研究所
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 青島致嘉知識產權代理事務所(普通合伙) 37236
• 代理人: 桑丹

本發明提出用于檢測脊尾白蝦EC12位點SNP標記的引物。此外，本發明還提出一種脊尾白蝦EC12位點SNP標記的檢測方法，包括如下步驟：首先提取不同地理群或脊尾白蝦群內個體的基因組DNA備用；利用脊尾白蝦轉錄組文庫中的含有EC12 SNP標記的核心序列，在其序列兩端設計特異性引物；然后使用該引物對脊尾白蝦不同地理群或脊尾白蝦群內個體的基因組DNA進行PCR擴增，對PCR產物進行檢測；利用PCR產物進行限制性內切酶酶切反應，根據出現的條帶進行分析，確定每個個體的基因型，并獲得脊尾白蝦的遺傳多態性圖譜。本發明可快捷地獲得脊尾白蝦的EC12遺傳標記基因座位的遺傳變異圖譜，所得結果可直觀地檢測出脊尾白蝦每個個體的基因型，從而區分純合子和雜合子個體。

技術領域

本發明屬于脊尾白蝦DNA分子遺傳標記技術，是脊尾白蝦在EC12位點遺傳多態性的SNP標記檢測方法。

背景技術

本發明做出之前，國內外僅見脊尾白蝦微衛星遺傳標記的研究報道，國內朱曉宇（2010）等報道了近緣物種中國對蝦微衛星標記對脊尾白蝦的通用性，篩選出2個通用標記。賈舒雯等（2011，2012）采用人工合成的生物素標記(AG)15探針及磁珠富集法構建了脊尾白蝦基因組微衛星富集文庫，篩選出26個多態性微衛星標記；并利用其中12個微衛星標記分析了萊州灣、海州灣、象山脊尾白蝦野生群體的遺傳多樣性。微衛星標記同樣可用來揭示不同家系群體的遺傳變化規律。如王日芳（2016）利用33個微衛星標記對脊尾白蝦3個近交家系進行了評價，揭示了近交系的遺傳特性。劉九美等（2017）利用25個微衛星標記分析了脊尾白蝦回交家系的遺傳變異規律。王佳佳等（2017）基于高通量測序開發了60個脊尾白蝦多態性微衛星標記。關于脊尾白蝦SNP標記的報道僅見李吉濤發表的利用脊尾白蝦轉錄組文章（Molecular Biology Reports, 2015）。目前GenBank中尚未見注冊的脊尾白蝦SNP標記，可用于遺傳連鎖圖譜構建和系譜識別的SNP標記的數量仍極其缺乏，國內外尚未見有脊尾白蝦SNP多態性圖譜的構建、特異性遺傳標記等方面應用的研究報道。

發明內容

本發明其目的是提出脊尾白蝦DNA分子遺傳標記檢測方法，主要利用建立的脊尾白蝦轉錄組文庫中含有SNP標記的核心序列，在其兩端設計特異性引物進行PCR擴增，PCR產物通過限制性內切酶進行酶切反應，從而快速地檢測脊尾白蝦每個個體在此SNP位點的遺傳變異，獲得該位點的脊尾白蝦多態性圖譜，通過圖譜直觀地檢測出每個個體的基因型。

首先，本發明提出用于檢測脊尾白蝦EC12位點SNP標記的引物，所述正向引物序列如SEQ ID NO.1所示，所述反向引物如SEQ ID NO.2所示。

此外，本發明還提出一種脊尾白蝦EC12位點SNP標記的檢測方法，包括如下步驟：首先提取不同地理群或脊尾白蝦群內個體的基因組DNA備用；利用脊尾白蝦轉錄組文庫中的含有EC12 SNP標記的核心序列，在其序列兩端設計特異性引物；然后使用該引物對脊尾白蝦不同地理群或脊尾白蝦群內個體的基因組DNA進行PCR擴增，對PCR產物進行檢測；利用PCR產物進行限制性內切酶酶切反應，根據出現的條帶進行分析，確定每個個體的基因型，并獲得脊尾白蝦的遺傳多態性圖譜；所述特異性引物序列分別為：正向引物序列為SEQ IDNO.1所示，反向引物序列為SEQ ID NO.2所示。

進一步的，所述PCR擴增體系為：脊尾白蝦基因組DNA 100ng；10X PCR Buffer，2.0μL；25mmol/L Mg²⁺，2μL；Taq酶，1 U ；dNTP，2μL；正反引物各2μL；加滅菌水至20μL。