[發明專利]一種與中華絨螯蟹性早熟性狀顯著相關的SNP位點及應用

有效

• 申請號: 201810794350.8
• 申請日: 2018-07-19
• 公開（公告）號: CN108753995B
• 公開（公告）日: 2021-07-02
• 發明（設計）人: 徐宇;許志強;林海;鄧燕飛;李旭光;陸全平;潘建林
• 申請（專利權）人: 江蘇省淡水水產研究所
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 南京天華專利代理有限責任公司 32218
• 代理人: 傅婷婷;瞿網蘭

本發明公開了一種與中華絨螯蟹性早熟性狀顯著相關的SNP位點及應用。所述的SNP位點位于中華絨螯蟹Vg基因5′?側翼區?437bp處，堿基變異信息為SNP g.?437TG。用于檢測該SNP位點的PCR引物為SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2，限制性內切酶為MboI。該SNP位點與中華絨螯蟹性早熟之間存在著顯著的相關性，其中GG基因型中華絨螯蟹個體出現性早熟性狀的風險是顯著低于TT基因型個體。所述的SNP位點及基因分型用PCR引物在預測中華絨螯蟹性早熟風險和/或中華絨螯蟹品種選育中應用。

技術領域

本發明屬于水產養殖基因工程領域，涉及一種與中華絨螯蟹性早熟性狀顯著相關的SNP位點及應用。

背景技術

中華絨螯蟹(Eriocheir sinensis)俗稱河蟹，是我國最重要的淡水養殖品種之一。性早熟是影響當前河蟹養殖效益的瓶頸問題之一，性早熟幼蟹在培育過程中性腺當年發育成熟，不能繼續順利蛻殼，體重增長緩慢甚至停滯，絕大多數在翌年4～5月期間死亡，不能再繼續飼養至2齡成蟹規格。此外，由于性早熟一齡蟹的大量存在，在蟹種培育階段還導致了飼料的巨大浪費，嚴重影響了河蟹養殖效益。河蟹養殖過程中發現，即使在相同的外在環境條件下，也只有部分個體發生性早熟。這一現象表明，除了外部環境因素外，個體內在的遺傳因素同樣會影響河蟹性早熟的發生。卵黃蛋白原是卵細胞形成期間積累在卵黃顆粒中的一種主要蛋白組分，其在性腺及胚胎發育過程中發揮著重要的作用。由于卵黃蛋白原基因(Vg)在性早熟河蟹卵巢中呈現提前表達和過量積聚(與正常發育蟹種相比)，所以Vg基因相關遺傳變異可能與河蟹性早熟之間存在著密切的相關性。

發明內容

本發明的目的是針對現有技術的上述不足，提供一種與中華絨螯蟹性早熟性狀顯著相關的SNP位點。

本發明的另一目標是提供該SNP位點的PCR引物。

本發明的又一目的是提供該SNP位點及其應用。

本發明的目的可以通過如下技術方案實現：

一種與中華絨螯蟹性早熟性狀顯著相關的SNP位點，其特征在于所述的SNP位點位于中華絨螯蟹Vg基因5′-側翼區-437bp處，堿基變異信息為SNP g.-437 TG。

所述的SNP位點GG基因型中華絨螯蟹個體出現性早熟性狀的風險顯著低于TT基因型個體。

本發明所述的SNP標記在中華絨螯蟹新品系選育中的應用，品種選育時，選擇所述的SNP位點基因型為GG的個體作為育種親本。

一種預測中華絨螯蟹性早熟風險的方法，通過檢測權所述的SNP標記，預測中華絨螯蟹性早熟風險。

所述的方法優選：提取不同中華絨螯蟹個體的基因組DNA，采用以PCR為基礎的限制性片段長度多態法PCR-RFLP對不同個體進行基因分型，所述的SNP位點GG基因型中華絨螯蟹個體出現性早熟性狀的風險顯著低于TT基因型個體，從而預測中華絨螯蟹性早熟風險。

其中，所述的PCR-RFLP中使用的PCR上游引物為SEQ ID NO.1下游引物為SEQ IDNO.2；使用的限制性內切酶為MboI限制性內切酶。

作為所述的方法的另一種優選：提取不同中華絨螯蟹個體的基因組DNA，PCR擴增含有所述SNP位點的基因片段，通過直接測序獲得所述SNP位點的序列，從而預測中華絨螯蟹性早熟

用于檢測所述的SNP位點的PCR引物，上游引物為SEQ ID NO.1，下游引物為SEQ IDNO.2。

本發明所述的PCR引物在預測中華絨螯蟹性早熟風險和/或中華絨螯蟹品種選育中的應用。

一種預測中華絨螯蟹性早熟風險的試劑盒，包含所述的PCR引物。

有益效果：