[發明專利]結直腸癌的DNA甲基化標志物以及利用其檢測結直腸癌的方法和試劑盒

在審

• 申請號: 201810557079.6
• 申請日: 2018-06-01
• 公開（公告）號: CN108424968A
• 公開（公告）日: 2018-08-21
• 發明（設計）人: 李盛英;陳穎;羅浪;寧爭志;龔倫軍
• 申請（專利權）人: 深圳市太科健康科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12N15/11
• 代理公司: 北京匯知杰知識產權代理事務所(普通合伙) 11587
• 代理人: 蔡倫;楊巍

1.預測結直腸癌發生的DNA甲基化標志物，所述標志物包括如下基因至少一個的甲基化：DZIP3(cg14787155)和FXYD1(cg17682828)。

2.根據權利要求1的DNA甲基化標志物，所述基因DZIP3(cg14787155)的甲基化包括cg14787155_CpG_12。

3.根據權利要求1或2的DNA甲基化標志物，所述基因DZIP3(cg14787155)的甲基化還包括cg14787155CpG_3.4；CpG_5；CpG_6；CpG_7；CpG_8；CpG_9.10；CpG_11；CpG_12；CpG_14.15；CpG_16。

4.根據權利要求1-3任一項的DNA甲基化標志物，所述基因FXYD1(cg17682828)的甲基化包括cg17682828_CpG_11；優選所述基因FXYD1(cg17682828)的甲基化還包括如下中的至少一個：cg17682828_CpG_2.3(FXYD1)和cg17682828_CpG_9.10(FXYD1)；優選地，還包括cg17682828CpG_4.5；CpG_7.8。

5.根據權利要求1-4任一項的DNA甲基化標志物，所述標志物還包括基因RPS24(cg23620279)的甲基化：cg23620279_CpG_6.7.8(RPS24)或cg23620279_CpG_9(RPS24)。

6.根據權利要求1-5任一項的DNA甲基化標志物，所述標志物還包括基因DAGLB(cg25513090)的甲基化：cg25513090_CpG_7；優選cg23620279_CpG_6.7.8；cg14787155_CpG_14.15；cg17682828_CpG_11；cg25513090_CpG_7。

7.根據權利要求1-6任一項的DNA甲基化標志物，所述標志物包括基因TACC2(cg27089675)或AKT2(cg25333225)的甲基化：

(1)cg17682828_CpG_9.10(FXYD1)-cg27089675_CpG_4(TACC2)；或

(2)cg17682828_CpG_7.8(FXYD1)-cg25333225_CpG_1(AKT2)。

(3)cg14787155_CpG_24(DZIP3)-cg25333225_CpG_4(AKT2)。

8.用于檢測權利要求1-7任一項的DNA甲基化標志物的引物對，所述引物對擴增SEQ IDNO.1-6的序列，所述引物對優選為SEQ ID NO.11-SEQ ID NO.22。

9.檢測權利要求1所述的DNA甲基化標志物的方法，所述方法包括：

1)提取DNA樣品，

2)對所述DNA樣品進行亞硫酸鹽處理，

3)用權利要求8所述的引物對擴增所述亞硫酸鹽處理的樣品，獲得擴增產物，

4)對所述擴增產物進行消化(例如采用SAP酶)，

5)對所述消化后的擴增產物進行轉錄和酶切，

6)采用質譜方法對所述轉錄和酶切產物進行檢測，獲得樣品序列中權利要求1-7任一項所述的DNA甲基化標志物的甲基化情況。

10.一種DNA甲基化標志物檢測試劑盒，所述試劑盒包括權利要求8所述的引物對；或者所述試劑盒包括涵蓋權利要求1-7任一項所述的甲基化位點的探針序列，其中本公開的CpG位點中的C保持不變或者被T替換。