[發(fā)明專利]一種兒童青光眼相關(guān)基因芯片及其制備方法和應(yīng)用

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 201810307736.1
• 申請日: 2018-04-08
• 公開（公告）號: CN108676865A
• 公開（公告）日: 2018-10-19
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 陳宇虹;王麗;陳雪莉;孫興懷
• 申請（專利權(quán)）人: 復(fù)旦大學(xué)附屬眼耳鼻喉科醫(yī)院
• 主分類號: C12Q1/6883
• 分類號: C12Q1/6883;C12Q1/6869;C40B40/06
• 代理公司: 上海元一成知識產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 31268
• 代理人: 吳桂琴

1.一種兒童青光眼致病基因篩查芯片，其特征在于，所述的芯片含有針對兒童青光眼高度相關(guān)致病基因的探針；

所述的探針是針對表1中一個或者若干個兒童青光眼高度相關(guān)致病基因的探針，

表1

2.如權(quán)利要求1所述的兒童青光眼致病基因篩查芯片，其特征在于，所述的探針是針對權(quán)利要求1中所有289個兒童青光眼高度相關(guān)致病基因的探針。

3.如權(quán)利要求1所述的兒童青光眼致病基因篩查芯片的制備方法，其特征在于，所述的基因芯片的雜交探針其設(shè)計原則為：①探針覆蓋所有候選基因的外顯子區(qū)域及外顯子和內(nèi)含子拼接處；所述的外顯子和內(nèi)含子拼接處是指外顯子上下游至少各10個bp；②去除在人類基因組中出現(xiàn)的高度重復(fù)序列；③探針通過疊瓦式設(shè)計覆蓋，且探針密度可以確保每條待檢測區(qū)域的DNA模板都有對應(yīng)的探針與之結(jié)合，探針覆蓋度達(dá)100％；④捕獲的探針為混合探針，探針平均長度為120bp。

4.如權(quán)利要求3所述的方法，其特征在于，所述的基因芯片的雜交探針?biāo)槍Φ幕蚝w與兒童青光眼高度關(guān)聯(lián)的289個致病基因。

5.權(quán)利要求1所述的針對兒童青光眼高度相關(guān)致病基因的探針在用于檢測兒童青光眼致病位點方法中的用途，其中，所述方法包括以下步驟：

1)收集兒童青光眼患者的臨床資料及血液標(biāo)本，提取基因組DNA；

2)對檢測對象的基因組DNA進(jìn)行定量，并構(gòu)建文庫；

3)對文庫進(jìn)行定量操作；

4)高通量測序；

5)數(shù)據(jù)分析得到致病位點相關(guān)信息。

6.如權(quán)利要求5所述的用途，其特征在于，所述步驟2)中的建立文庫包括如下步驟：

a)將基因組DNA進(jìn)行片段化；

b)將片段化的基因組DNA進(jìn)行末端修復(fù)的同時進(jìn)行3'末端加A；

c)將3'末端加A的產(chǎn)物連接接頭，以便進(jìn)行有效連接產(chǎn)物的擴增；

d)將連接產(chǎn)物進(jìn)行PCR擴增，加上完整的接頭獲得全基因組文庫；

e)使用探針對全基因組文庫中的目標(biāo)區(qū)域文庫進(jìn)行捕獲；

f)將未捕獲的文庫清洗掉，僅保留目標(biāo)區(qū)域文庫；

j)獲得目標(biāo)區(qū)域捕獲文庫。

7.如權(quán)利要求4所述的用途，其特征在于，所述步驟5)中，包括：通過對所得測序數(shù)據(jù)與人類基因組的參考序列進(jìn)行對比，最終對所測基因的每個突變位點情況進(jìn)行分析，得到致病基因的突變信息。

8.如權(quán)利要求5所述的用途，其特征在于，所述步驟e)中的捕獲方法包括液相探針捕獲、固相芯片雜交捕獲或者PCR富集中的一種或者幾種。