[發(fā)明專利]一種與菠菜雄性緊密連鎖的SSR標(biāo)記SP_SSR19及其在菠菜性別鑒定中的應(yīng)用

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201810162777.6
• 申請(qǐng)日: 2018-02-27
• 公開（公告）號(hào): CN108165655B
• 公開（公告）日: 2021-03-16
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 鄧傳良;李曉月;秦瑞云;李書粉;高武軍
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 河南師范大學(xué)
• 主分類號(hào): C12Q1/6895
• 分類號(hào): C12Q1/6895;C12Q1/6879;C12N15/11
• 代理公司: 新鄉(xiāng)市平原智匯知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 41139
• 代理人: 路寬

本發(fā)明公開了一種與菠菜雄性緊密連鎖的SSR標(biāo)記SP_SSR19及其在菠菜性別鑒定中的應(yīng)用，屬于分子生物學(xué)技術(shù)領(lǐng)域。本發(fā)明的技術(shù)方案要點(diǎn)為：一種與菠菜雄性緊密連鎖的SSR標(biāo)記SP_SSR19，該SSR標(biāo)記SP_SSR19通過以下特異引物對(duì)擴(kuò)增獲得，其核苷酸序列如序列表中SEQ ID NO.1所示，在菠菜雄株中擴(kuò)增出178bp的特異條帶，在菠菜雌株中無擴(kuò)增產(chǎn)物，所述特異引物對(duì)為：上游引物：5’?GGTACTGGTTAGGGCTCTGG?3’；下游引物：5’?CATCTGGTCATCCGATGTGA?3’。利用本發(fā)明提供的分子標(biāo)記不但可以用來對(duì)菠菜栽培種進(jìn)行早期性別鑒定，也可以應(yīng)用到對(duì)菠菜野生種早期性別鑒定工作中，提前對(duì)菠菜雌、雄株進(jìn)行篩選，大大提高育種效率，在菠菜生產(chǎn)實(shí)踐、育種中具有重要的價(jià)值。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于分子生物學(xué)技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及一種與菠菜雄性緊密連鎖的SSR標(biāo)記SP_SSR19及其在菠菜性別鑒定中的應(yīng)用。

背景技術(shù)

菠菜（Spinacia oleracea L.）別名波斯草、赤根菜，是黎科菠菜屬以綠葉為主要產(chǎn)品器官的一、二年生草本植物。菠菜營(yíng)養(yǎng)豐富，含有多種維生素，耐寒性強(qiáng)，生產(chǎn)周期短，復(fù)種指數(shù)高，產(chǎn)量及產(chǎn)值均較高，深受生產(chǎn)者和消費(fèi)者的喜愛。目前在我國(guó)南北各地普遍栽培，是春、秋、冬季的主要綠葉蔬菜之一，也是我國(guó)主要出口蔬菜之一。據(jù)聯(lián)合國(guó)糧食及農(nóng)業(yè)組織（FAO）2014年統(tǒng)計(jì)，我國(guó)菠菜年產(chǎn)量約22.1百萬噸，占世界菠菜總產(chǎn)量的90.9%，是世界上最大的菠菜種植國(guó)家及消費(fèi)國(guó)家。2014年，我國(guó)菠菜種子市場(chǎng)規(guī)模為11.55億元，進(jìn)口570.0t菠菜種子，出口60.2t。預(yù)測(cè)到2020年，我國(guó)菠菜種子市場(chǎng)規(guī)模將達(dá)到19.75億元，對(duì)菠菜種子的需求量非常巨大。自21世紀(jì)初以來，國(guó)外種子公司如圣尼斯、先正達(dá)、坂田等培育的菠菜優(yōu)良品種陸續(xù)、大量的推廣銷售到我國(guó)，占據(jù)了我國(guó)大部分種子市場(chǎng)。據(jù)黃鐸（2013）報(bào)道，我國(guó)菠菜生產(chǎn)每年需要常規(guī)種約6800t、雜交種約1800t，目前市場(chǎng)上用于生產(chǎn)的雜交種主要來自圣尼斯、先正達(dá)、坂田、瀧井等公司，而我國(guó)自主培育的菠菜一代雜種少、推廣面積有限。因此，非常有必要提高我國(guó)培育菠菜品種的種類和質(zhì)量。

分子標(biāo)記輔助育種是利用分子標(biāo)記與決定目標(biāo)性狀基因緊密連鎖的特點(diǎn)，通過檢測(cè)分子標(biāo)記即可檢測(cè)到目的基因的存在，達(dá)到選擇目標(biāo)性狀的目的，具有快速、準(zhǔn)確、不受環(huán)境條件干擾的優(yōu)點(diǎn)。其是育種工作中重要的一項(xiàng)技術(shù)手段，不僅彌補(bǔ)了作物育種中傳統(tǒng)的選擇技術(shù)準(zhǔn)確率低的缺點(diǎn)，而且加快了育種進(jìn)程。分子標(biāo)記輔助育種工作中非常重要的一個(gè)環(huán)節(jié)就是篩選到有效的與性狀緊密連鎖的分子標(biāo)記。菠菜不僅具有雌雄異株植株，并且還具有雌雄同株植株，這些雌雄異株植物可以作為商業(yè)育種非常好的資源，但是菠菜在營(yíng)養(yǎng)生殖階段雌株、雄株形態(tài)幾乎沒有差異。因此，急需尋找與性別緊密連鎖并且適用于多數(shù)品種的分子標(biāo)記用于早期菠菜的性別鑒定。Akamatsu等（1998）開發(fā)出與菠菜X/Y基因連鎖的分子標(biāo)記T11A、V20A，可用于鑒別菠菜雌、雄植株。Onodera等（2011）在分析幾千個(gè)AFLP標(biāo)記的基礎(chǔ)上，最終鑒定了10個(gè)與菠菜性別決定位點(diǎn)X/Y緊密連鎖的AFLP標(biāo)記。劉丹丹等（2015）將SRAP標(biāo)記轉(zhuǎn)化為與Y基因共分離的SCAR標(biāo)記S5.7和S9.5。Kudoh等（2017）在對(duì)AFLP轉(zhuǎn)化為SCAR標(biāo)記及在BAC末端序列設(shè)計(jì)引物的基礎(chǔ)上，開發(fā)了8個(gè)雄性特異的分子標(biāo)記。以上這些標(biāo)記除了T11A和V20A外，往往不存在普遍性，只能應(yīng)用某些特定品種，并且國(guó)內(nèi)科研機(jī)構(gòu)開發(fā)的性別連鎖的分子標(biāo)記非常少，不利用于菠菜品種知識(shí)產(chǎn)權(quán)的保護(hù)。本專利是在利用PacBio三代測(cè)序技術(shù)對(duì)菠菜XX、YY植株測(cè)序的基礎(chǔ)上，利用生物信息學(xué)軟件對(duì)獲得Y染色體上雄性特異Contigs分析獲得SSR標(biāo)記，該標(biāo)記具有穩(wěn)定、適用不同品種的特點(diǎn)，可以廣泛應(yīng)用于菠菜分子標(biāo)記輔助育種。

發(fā)明內(nèi)容