[發明專利]癌癥表觀遺傳譜分析

在審

• 申請號: 201780023350.1
• 申請日: 2017-02-16
• 公開（公告）號: CN109072312A
• 公開（公告）日: 2018-12-21
• 發明（設計）人: 陳文煒;黃文鋒
• 申請（專利權）人: 新加坡科技研究局
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886
• 代理公司: 北京世峰知識產權代理有限公司 11713
• 代理人: 康健;王思琪

1.一種用于相對于非癌性生物樣品確定在癌性生物樣品中至少一個超級增強子的存在或不存在的方法，其包括：

a)使從所述受試者獲得的癌性生物樣品與至少一種對組蛋白修飾H3K27ac特異的抗體接觸；

b)從所述癌性生物樣品分離核酸，其中所述分離的核酸包含至少一個對所述組蛋白修飾H3K27ac特異的區域；

c)使用注釋的基因組序列基于所述組蛋白修飾H3K27ac的信號強度對至少一個增強子作圖，其中所述至少一個增強子距注釋的轉錄起始位點至少2.5kb；

d)將所述分離的核酸中的所述至少一個增強子相對于至少一個參考核酸序列中的至少一個增強子作圖，以鑒別所述癌性生物樣品中的至少一個超級增強子；

e)比較所述癌性生物樣品中所述至少一個超級增強子的所述信號強度與從非癌性生物樣品獲得的所述至少一個超級增強子的參考信號強度；和

f)基于所述至少一個超級增強子的信號強度的變化確定所述癌性生物樣品中所述至少一個超級增強子的存在或不存在。

2.根據權利要求1所述的方法，其中所述癌性生物樣品和非癌性生物樣品包括單個細胞、多個細胞、細胞的片段、體液或組織。

3.根據權利要求1-2中任一項所述的方法，其中從同一受試者獲得所述癌性生物樣品和非癌性生物樣品。

4.根據權利要求1-3中任一項所述的方法，其中所述癌性生物樣品和非癌性生物樣品各自從不同的受試者獲得。

5.根據權利要求1-4中任一項所述的方法，其中通過染色質的免疫沉淀從所述癌性生物樣品分離所述核酸。

6.根據權利要求1-5中任一項所述的方法，其中所述至少一個超級增強子的所述信號強度基于所述組蛋白修飾H3K27ac的每千個堿基的轉錄物每百萬的讀段(RPKM)值。

7.根據權利要求1-6中任一項所述的方法，其中從至少一種癌細胞系獲得所述至少一種參考核酸序列。

8.根據權利要求1-7中任一項所述的方法，其中使用ROSE(超級增強子分級)算法鑒別所述癌性生物樣品中的所述至少一個超級增強子。

9.根據權利要求8所述的方法，其中所述癌性生物樣品中的所述至少一個超級增強子包含與所述至少一個參考核酸序列中的所述至少一個增強子重疊的至少一個核酸堿基對。

10.根據權利要求6所述的方法，其中確定所述至少一個超級增強子的存在或不存在的步驟包括確定所述癌性生物樣品中所述至少一個超級增強子的所述RKPM值為：

i)相對于從所述非癌性生物樣品獲得的所述至少一個超級增強子的所述RPKM值，RPKM值的大于2倍變化；和

ii)相對于從所述非癌性生物樣品獲得的所述至少一個超級增強子的所述RPKM值，大于0.5RPKM的絕對差。

11.根據權利要求10所述的方法，其中相對于所述非癌性生物樣品的所述RPKM值，來自所述癌性生物樣品的RPKM值的增加指示所述癌性生物樣品中所述至少一個超級增強子的存在。

12.根據權利要求10所述的方法，其中相對于所述非癌性生物樣品的所述RPKM值，來自所述癌性生物樣品的RPKM值的降低指示所述癌性生物樣品中所述至少一個超級增強子的不存在。

13.根據權利要求1-12中任一項所述的方法，其中所述至少一個超級增強子位于離基因轉錄起始位點的1000kb以內。

14.根據權利要求13所述的方法，其中所述基因是以下中的一種或多種：癌癥相關基因、血管生成基因、細胞增殖基因、細胞侵襲基因、與基因組不穩定性相關的基因、細胞死亡抗性基因、細胞能量基因、細胞周期基因或腫瘤促進基因。