[發明專利]用于檢測血液樣品中腫瘤來源DNA的CpG甲基化的方法

在審

• 申請號: 201780009085.1
• 申請日: 2017-01-27
• 公開（公告）號: CN109312404A
• 公開（公告）日: 2019-02-05
• 發明（設計）人: 約恩·萊溫;丹尼斯·科特維茨;塞利娜·埃舍
• 申請（專利權）人: 表觀基因組股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886
• 代理公司: 北京集佳知識產權代理有限公司 11227
• 代理人: 鄭斌;尹玉峰

1.用于檢測來自對象之樣品的具有SEQ ID NO：1中所包含序列的基因組DNA內和/或具有SEQ ID NO：26中所包含序列的基因組DNA內的DNA甲基化的方法，所述樣品包含來自血液的無細胞DNA或是由其獲得的樣品。

2.權利要求1所述的方法，其中所述具有SEQ ID NO：1中所包含序列的基因組DNA具有SEQ ID NO：6、優選SEQ ID NO：11和/或16并且更優選SEQ ID NO：21中所包含序列，和/或其中所述具有SEQ ID NO：26中所包含序列的基因組DNA具有SEQ ID NO：31和/或36、優選SEQID NO：41、更優選SEQ ID NO：46并且最優選SEQ ID NO：51中所包含序列。

3.權利要求1或2所述的方法，其中所述對象患有癌癥的風險提高或被懷疑患有癌癥：當檢測具有SEQ ID NO：1中所包含序列的基因組DNA內的DNA甲基化時，所述癌癥選自：胃癌、肝癌、結腸癌、卵巢癌、食管癌、膀胱癌和前列腺癌；和/或當檢測具有SEQ ID NO：26中所包含序列的基因組DNA內的DNA甲基化時，所述癌癥選自：肺癌、結腸癌、乳腺癌、胃癌和食管癌。

4.權利要求1至3中任一項所述的方法，其包括以下步驟：

(a)將所述基因組DNA中在5-位未甲基化的胞嘧啶轉化為尿嘧啶或不與鳥嘌呤雜交的另一堿基；

(b)甲基化特異性地擴增經轉化DNA中的區域；

(c)檢測步驟(b)中擴增的DNA的存在或不存在；

其中擴增的DNA的存在或不存在分別指示甲基化基因組DNA的存在或不存在。

5.權利要求4所述的方法，其中所述經轉化DNA中的區域通過使用至少一種甲基化特異性寡核苷酸來甲基化特異性地擴增，所述至少一種甲基化特異性寡核苷酸與SEQ ID NO 2至5中的一段連續核苷酸基本上相同或互補以用于擴增由具有SEQ ID NO：1中所包含序列的基因組DNA獲得的經轉化DNA，或者與SEQ ID NO 27至30中的一段連續核苷酸基本上相同或互補以用于擴增由具有SEQ ID NO：26中所包含序列的基因組DNA獲得的經轉化DNA。

6.用于在對象中檢測癌癥的存在或不存在或其風險的方法，其包括根據權利要求1至5中任一項來檢測DNA甲基化。

7.權利要求6所述的方法，其中當檢測具有SEQ ID NO：1中所包含序列的基因組DNA內的DNA甲基化時，所述癌癥選自胃癌、肝癌、結腸癌、卵巢癌、食管癌、膀胱癌和前列腺癌，和/或當檢測具有SEQ ID NO：26中所包含序列的基因組DNA內的DNA甲基化時，所述癌癥選自肺癌、結腸癌、乳腺癌、胃癌和食管癌。

8.權利要求7所述的方法，其中：

(i)存在顯著量的具有SEQ ID NO：1中所包含序列的甲基化基因組DNA指示存在胃癌、肝癌、結腸癌、卵巢癌、食管癌、膀胱癌或前列腺癌或其風險，不存在顯著量的具有SEQ IDNO：1中所包含序列的甲基化基因組DNA指示不存在胃癌、肝癌、結腸癌、卵巢癌、食管癌、膀胱癌和前列腺癌或其風險；

(ii)存在顯著量的具有SEQ ID NO：26中所包含序列的甲基化基因組DNA指示存在肺癌、結腸癌、乳腺癌、胃癌或食管癌或其風險，不存在顯著量的具有SEQ ID NO：26中所包含序列的甲基化基因組DNA指示不存在肺癌、結腸癌、乳腺癌、胃癌和食管癌或其風險；

(iii)存在顯著量的具有SEQ ID NO：1中所包含序列的甲基化基因組DNA和顯著量的具有SEQ ID NO：26中所包含序列的甲基化基因組DNA指示存在胃癌、結腸癌或食管癌或其風險；以及

(iv)存在顯著量的具有SEQ ID NO：1或SEQ ID NO：26之一中所包含序列的甲基化基因組DNA并且不存在顯著量的具有另一個中所包含序列的甲基化基因組DNA指示存在根據(i)和(ii)組合指示的癌癥或其風險。