[發(fā)明專利]染色體異常判斷方法

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201780007722.1
• 申請日: 2017-01-20
• 公開（公告）號: CN108604258B
• 公開（公告）日: 2022-05-13
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 權(quán)昌赫;尹瑄英;李旻燮
• 申請（專利權(quán)）人: 伊萬基因診斷中心有限公司
• 主分類號: G16B30/00
• 分類號: G16B30/00;G16B20/20;G16B20/10;G16B40/00;G06F17/18;G06F17/12;C12Q1/6883;C12Q1/6869
• 代理公司: 北京尚倫律師事務(wù)所 11477
• 代理人: 張俊國

本發(fā)明涉及染色體異常判斷方法，尤其涉及不管下一代測序平臺獨(dú)立排序NGS序列數(shù)據(jù)，通過從經(jīng)排序的序列數(shù)據(jù)提取唯一解讀(unique read)判斷男女，利用對現(xiàn)有數(shù)據(jù)的線性判別分析方法(LDA，Linear Discriminant Analysis)通過初始學(xué)習(xí)設(shè)定閾值線，從而可同時適用于常染色體和性染色體，而且隨著診斷次數(shù)的增加可提高準(zhǔn)確度及敏感度的新的染色體異常判斷方法。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及染色體異常判斷方法，尤其涉及不管下一代測序平臺，通過從經(jīng)排序的序列數(shù)據(jù)提取唯一解讀(unique read)判斷男女，利用線性判別分析方法(LDA，LinearDiscriminant Analysis)通過對現(xiàn)有數(shù)據(jù)的學(xué)習(xí)設(shè)定閾值線，從而可隨著診斷次數(shù)的增加可提高準(zhǔn)確度及敏感度，同時適用于常染色體和性染色體的新的染色體異常判斷方法。

背景技術(shù)

“產(chǎn)前診斷”是指胎兒出生之前判斷及診斷胎兒的患病與否的過程。根據(jù)最近一次統(tǒng)計(jì)資料，先天性畸形兒占全部新生兒的約3％，而在先天性畸形兒中約20％為染色體異常導(dǎo)致的。尤其是，屬于廣為人知的唐氏綜合癥的畸形兒占先天性畸形兒的約26％。

隨著上述畸形兒出生率的增加和各種產(chǎn)前診斷設(shè)備的開發(fā)，對產(chǎn)前診斷的關(guān)心逐漸增多。尤其是，35周歲以上的高齡孕產(chǎn)婦、有曾分娩擁有染色體異常的孩子的經(jīng)歷的孕產(chǎn)婦、父母當(dāng)中的一名擁有染色體結(jié)構(gòu)異常的情況、有遺傳疾病家族史的情況、有神經(jīng)管缺損風(fēng)險的情況、在母體血清篩選檢查和超聲波檢查中懷疑存在胎兒畸形的情況等有必要接受產(chǎn)前診斷。

產(chǎn)前診斷方法大致可分為侵入式診斷方法和非侵入式診斷方法。侵入式診斷方法例如有在妊娠10～12周之間進(jìn)行的絨膜絨毛取樣(chorionicvilli sampling，CVS)、在妊娠15～20周之間，利用免疫分析法測量羊水內(nèi)的AFP的濃度，以分析胎兒的染色體的羊膜穿刺術(shù)(amniocentesis)、在妊娠18～20周之間，通過在超聲波的引導(dǎo)下從臍帶直接提取胎兒的血液的方法進(jìn)行的期待穿刺術(shù)(cordocentesis)等。

但是，上述侵入式診斷方法在檢查過程中給胎兒帶來沖擊，有可能引起流產(chǎn)、疾病或畸形等。通過羊膜穿刺術(shù)或絨膜絨毛取樣的基于確保胎兒物質(zhì)的方法侵入性的，甚至熟練的臨床醫(yī)生也有可能對妊娠造成不能忽視的危險。現(xiàn)在，在實(shí)際操作中，上述侵入式診斷方法大體上只在因母體的年齡高或通過生物化學(xué)測試或超聲波檢查的事先篩選發(fā)現(xiàn)唐氏綜合癥胎兒妊娠可能性增加標(biāo)志時進(jìn)行。

為了克服上述侵入式診斷方法中存在的問題，開發(fā)出非侵入式診斷方法。例如，在胚胎著床前遺傳診斷方法是利用用于體外受精的分子遺傳學(xué)或細(xì)胞遺傳學(xué)技術(shù)，選擇子宮內(nèi)著床前無遺傳缺陷的胚胎的技術(shù)。另外，用于快速診斷染色體非整倍性(aneuploidy)的QF-PCR(quantitative-fluorescent PCR)熒光定量法是通過在每個染色體上特異存在的DNA的短串聯(lián)重復(fù)序列(short tandem repeats，STR)上添加熒光并利用多重(multiplex)PCR發(fā)進(jìn)行放大之后，利用DNA堿基序列自動分析儀測量添加熒光的經(jīng)放大的DNA的量進(jìn)行分析的快速篩選檢查方法。另外，還有為找到復(fù)制數(shù)改變(copy number change)，直接檢查在玻璃載玻片上排列的DNA序列(mapped DNA sequence)的染色體微陣列(chromosomalmicroarray，CMA)方法等。

另外，因測序技術(shù)的發(fā)展解讀大規(guī)模遺傳體信息變得可能，而基于上述下一代測序(Next-Generation Sequencing，NGS)技術(shù)的遺傳體分析方法應(yīng)用到產(chǎn)前診斷領(lǐng)域。尤其是，公開有妊娠女性血漿內(nèi)的脫細(xì)胞DNA包含來自胎兒的成分的事實(shí)(Lo et al.,1997,Lancet 350,485-487)，脫細(xì)胞血漿DNA(下稱“血漿DNA”)大概5％-20％為來自胎兒的，而其余主要由來自母親的短DNA分子(80-200bp)構(gòu)成(Birch et al.,2005,ClinChem 51,312-320；Fan et al.,2010,ClinChem 56,1279-1286)。