[發(fā)明專利]一種基于miRNA的疾病間關(guān)系分析方法和裝置

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201711375246.7
• 申請日: 2017-12-19
• 公開（公告）號: CN108121896B
• 公開（公告）日: 2020-07-24
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 王瑩瑩;蔡云鵬
• 申請（專利權(quán)）人: 深圳先進(jìn)技術(shù)研究院
• 主分類號: G16B20/30
• 分類號: G16B20/30;G16B25/10;G16B40/00;G16B50/20
• 代理公司: 深圳市科進(jìn)知識產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 44316
• 代理人: 曹衛(wèi)良

1.一種基于miRNA的疾病間關(guān)系分析方法，其特征在于，包括：

S1，根據(jù)患有目標(biāo)疾病的患者和正常對照人群的miRNA表達(dá)，構(gòu)建miRNA功能類信息；

S2，獲取疾病類別信息；

S3，計(jì)算所述miRNA功能類信息與所述疾病類別信息之間的類間距離；

S4，根據(jù)所述類間距離構(gòu)建復(fù)合網(wǎng)絡(luò)，并生成與所述目標(biāo)疾病相對應(yīng)的疾病關(guān)系信息；

所述S1包括：

S11，計(jì)算患有目標(biāo)疾病的患者和正常對照人群的每個miRNA表達(dá)間的表達(dá)差異，并根據(jù)所述表達(dá)差異篩選出包含有特征miRNA的特征miRNA集合；

S12，計(jì)算所述特征miRNA集合中的特征miRNA間的序列相似性和靶基因集合的相似性，得出距離矩陣；

S13，根據(jù)所述距離矩陣構(gòu)建miRNA功能類信息。

2.如權(quán)利要求1所述基于miRNA的疾病間關(guān)系分析方法，其特征在于，所述S11包括：

S111，計(jì)算患有目標(biāo)疾病的患者和正常對照人群的每個miRNA表達(dá)間的表達(dá)差異；

S112，根據(jù)所述表達(dá)差異，篩選出在疾病狀態(tài)下和正常狀態(tài)下差異表達(dá)的特征標(biāo)志物，并生成所述特征miRNA集合。

3.如權(quán)利要求1所述基于miRNA的疾病間關(guān)系分析方法，其特征在于，所述S12，包括：

S121，計(jì)算所述特征miRNA集合中每兩個特征miRNA間的序列相似性，根據(jù)所述序列相似性得到序列距離分?jǐn)?shù)；

計(jì)算所述特征miRNA集合中每兩個特征miRNA間的所述靶基因集合的相似性，根據(jù)所述靶基因集合的相似性得到靶基因距離分?jǐn)?shù)；

S122，根據(jù)所述序列距離分?jǐn)?shù)和所述靶基因距離分?jǐn)?shù)，構(gòu)建距離矩陣。

4.如權(quán)利要求1所述基于miRNA的疾病間關(guān)系分析方法，其特征在于，所述S3包括：

S31，根據(jù)與疾病相關(guān)的致病基因建立致病基因標(biāo)準(zhǔn)集合；

S32，針對任意一個miRNA功能類信息中的任意miRNA表達(dá)與所述疾病類別信息中的任意疾病，計(jì)算所述疾病的所述靶基因集合與所述致病基因標(biāo)準(zhǔn)集合之間的集合相似性；

S33，根據(jù)所述集合相似性得出所述類間距離。

5.如權(quán)利要求4所述基于miRNA的疾病間關(guān)系分析方法，其特征在于，所述S4包括：

S41，根據(jù)所述類間距離，通過超幾何檢驗(yàn)計(jì)算得出共享功能節(jié)點(diǎn)；

S42，提取同時出現(xiàn)在所述靶基因集合的并集、所述致病基因標(biāo)準(zhǔn)集合和所述共享功能節(jié)點(diǎn)的基因，記為特征致病基因；

S43，建立所述特征miRNA集合、所述共享功能節(jié)點(diǎn)、所述特征致病基因以及除所述目標(biāo)疾病以外的疾病之間的復(fù)合網(wǎng)絡(luò)；

S44，根據(jù)所述復(fù)合網(wǎng)絡(luò)生成與所述目標(biāo)疾病相對應(yīng)的疾病關(guān)系信息。

6.如權(quán)利要求5所述基于miRNA的疾病間關(guān)系分析方法，其特征在于，所述S41包括：

S411，根據(jù)所述類間距離，通過預(yù)設(shè)排序條件得出候選復(fù)合模塊；

S412，利用超幾何檢驗(yàn)，對所述候選復(fù)合模塊的所有miRNA靶基因進(jìn)行功能富集分析，得到富集功能節(jié)點(diǎn)；

S413，利用超幾何檢驗(yàn)，計(jì)算除所述目標(biāo)疾病以外的疾病在所述富集功能節(jié)點(diǎn)中的富集情況，生成共享功能節(jié)點(diǎn)。

7.如權(quán)利要求5所述基于miRNA的疾病間關(guān)系分析方法，其特征在于，所述S44包括：

S441，通過計(jì)算衡量所述復(fù)合網(wǎng)絡(luò)中與除所述目標(biāo)疾病以外的疾病相連接的所述特征致病基因、所述共享功能節(jié)點(diǎn)、所述特征miRNA集合的影響力，得到影響力程度信息；

S442，對所述影響力程度信息進(jìn)行分別排秩，并計(jì)算總體秩次，生成與所述目標(biāo)疾病相對應(yīng)的疾病關(guān)系信息。

8.一種基于miRNA的疾病間關(guān)系分析裝置，其特征在于，包括存儲器以及處理器，所述存儲器用于存儲基于miRNA的疾病間關(guān)系分析程序，所述處理器運(yùn)行所述基于miRNA的疾病間關(guān)系分析程序以使計(jì)算機(jī)設(shè)備執(zhí)行如權(quán)利要求1-7中任一項(xiàng)所述的基于miRNA的疾病間關(guān)系分析方法。

9.一種計(jì)算機(jī)可讀存儲介質(zhì)，其特征在于，所述計(jì)算機(jī)可讀存儲介質(zhì)上存儲有基于miRNA的疾病間關(guān)系分析程序，所述基于miRNA的疾病間關(guān)系分析程序被處理器執(zhí)行時實(shí)現(xiàn)如權(quán)利要求1-7任一項(xiàng)所述基于miRNA的疾病間關(guān)系分析方法。