[發明專利]一種鑒定體細胞突變的綜合策略

有效

• 申請號: 201711355434.3
• 申請日: 2017-12-16
• 公開（公告）號: CN108021789B
• 公開（公告）日: 2022-06-07
• 發明（設計）人: 張仕堅;嚴建龍
• 申請（專利權）人: 普瑞基準生物醫藥（蘇州）有限公司
• 主分類號: G16B20/50
• 分類號: G16B20/50;G16B20/20;G16B50/00
• 代理公司: 北京動力號知識產權代理有限公司 11775
• 代理人: 董鋼

本發明公開了一種鑒定體細胞突變的綜合策略，以比對結果作為基礎數據，使用SNV鑒定工具組和Indel鑒定工具組同時對基礎數據進行SNV和Indel鑒定，使用SNV鑒定工具組得到的所有SNV數據與設定的條件進行對比過濾，取出符合條件的可靠SNV數據，使用Indel鑒定工具組得到的所有Indel數據與設定的條件進行對比過濾，取出符合條件的可靠Indel數據，將可靠SNV數據與可靠Indel數據組合得到可靠體細胞突變結果。本發明綜合運用多個突變鑒定工具同時降低鑒定突變時的假陽性和假陰性實現體細胞突變的精確鑒定，將鑒定體細胞突變的綜合策略運用到工具中用于生產，應用價值高。

技術領域

本發明涉及一種鑒定體細胞突變的方法，尤其涉及一種鑒定體細胞突變的綜合策略。

背景技術

本發明所指的“體細胞突變”是腫瘤組織中發生突變而正常對照中沒發生的突變，類型包括SNV（Single Nucleotide Variation，單核苷酸變異）和Indel（Insertion andDeletion，插入與刪除）。

當前有眾多進行體細胞突變鑒定的工具，包括進行SNV鑒定的MuTect2、VarScan2、Radia、SomaticSniper、Strelka、MuSE等，以及進行Indel鑒定的VarScan2、MuTect2、Strelka、Pindel、Indelocator等。這些軟件各有優勢劣勢，單獨使用的時候都不能得盡善盡美的突變結果。下面列舉其中使用較為廣泛的兩個軟件，對單個軟件的優劣勢進行介紹。

MuTect2是突變鑒定領域內最出名的軟件套裝GATK（Genome Analysis Toolkit）的一部分。其優勢在于使用了貝葉斯分類器，以已知突變為背景知識，對腫瘤組織中的突變為體細胞突變的可能性以及正常組織中沒有發生相應突變的可能性進行統計檢驗，使得對體細胞的判斷有較高的準確度。另外，其能對突變位點局部序列進行重新拼接，使得Indel及Indel附近的SNV的鑒定更加準確。其缺點在于沒有經過大范圍的實踐應用，可能存在假陰性或假陽性。另外，軟件還處于beta版（測試版），可能存在bug（程序缺陷），還不推薦用于生產環境。

VarScan2是領域內鑒定突變的常用軟件。其優勢在于運行速度快，突變鑒定相對準確。其缺點在于使用了Fisher’s Exact Test（費希爾精確檢驗）對突變是否為體細胞進行統計檢驗，這種檢驗方法較為簡單，是一種純數學的方法，不像MuTect2那樣基于已有知識。另外，其存在有些突變被無故遺漏。

上述這些單個工具在鑒定體細胞突變時都存在假陽性和假陰性的問題。本發明在“腫瘤-正常對照”成對樣本中，控制當前領域內單個軟件工具在鑒定突變時的假陽性的同時減少假陰性，從而同時提高特異度和敏感度，準確地鑒定體細胞突變，最終得到最接近腫瘤真實體細胞突變的（染色體）位置、突變形式（野生型及突變型）。目前無成型、成文的方法或工具可以直接實現此功能。

發明內容

本發明目的在于解決現有技術中的上述問題，提供一種鑒定體細胞突變的綜合策略，在控制假陰性的同時控制假陽性，通過這兩方面的組合，實現體細胞突變的精確鑒定。

本發明為達到上述目的，所采用的技術手段是：一種鑒定體細胞突變的綜合策略，以比對結果作為基礎數據，使用SNV鑒定工具組和Indel鑒定工具組同時對基礎數據進行SNV和Indel鑒定，使用SNV鑒定工具組得到的所有SNV數據與設定的條件進行對比過濾，取出符合條件的可靠SNV數據，使用Indel鑒定工具組得到的所有Indel數據與設定的條件進行對比過濾，取出符合條件的可靠Indel數據，將可靠SNV數據與可靠Indel數據組合得到可靠體細胞突變結果。

進一步的，所述比對結果使用BAM（Binary Alignment/Map）格式存儲。

更進一步的，所述比對結果由BWA比對軟件比對得到，并使用GATK的Re-align（重新比對）模塊對比對結果進行重新比對獲得。