[發明專利]胎兒游離核酸濃度的檢測方法及試劑盒

有效

• 申請號: 201711290941.3
• 申請日: 2017-12-08
• 公開（公告）號: CN108220451B
• 公開（公告）日: 2020-10-27
• 發明（設計）人: 譚澤民;方楠;劉珂弟;劉倩;唐宇
• 申請（專利權）人: 北京科迅生物技術有限公司
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888
• 代理公司: 北京康信知識產權代理有限責任公司 11240
• 代理人: 韓建偉;金田蘊

本發明公開了一種胎兒游離核酸濃度的檢測方法及試劑盒。其中，該檢測方法包括以下步驟：通過29個特定SNP位點的定量檢測確定胎兒游離核酸濃度。應用本發明的技術方案，利用中國人群數據篩選出的適用于中國孕婦的SNP位點，次等位基因頻率高，有更高的概率出現母親與胎兒不一致的情況，可操作性強，重復性穩定，準確率高，另外，由于本發明的技術方案中僅檢測29個SNP位點，遠遠少于現有技術中SNP位點的檢測數量，因此，檢測成本和分析難度得到了極大的降低。

技術領域

本發明涉及生物醫學技術領域，具體而言，涉及一種胎兒游離核酸濃度的檢測方法及試劑盒。

背景技術

已有研究發現孕婦的血漿游離核酸中含有微量的胎兒游離核酸，胎兒游離核酸主要來源于胎盤，目前被廣泛應用于無創產前染色體非整倍體檢測。一般要求胎兒游離核酸濃度大于5％，檢測靈敏度達到99％以上。若胎兒游離核酸濃度低于5％，則可能出現假陰性結果，導致18、21或13三體胎兒被漏檢。因此，胎兒游離核酸濃度是影響無創產前染色體非整倍體檢測準確性的一個關鍵因素，準確定量胎兒游離核酸濃度有利于輔助發現假陽性，提升無創產前檢測結果的準確性。現有的胎兒游離核酸濃度定量方法主要是根據SRY基因(Y染色體特異基因)或RASSF1A基因(胎兒核酸中該基因被甲基化)與內參基因的相對定量結果計算胎兒游離核酸濃度。另外，也有報道利用高通量測序檢測Y染色體或SNP位點進行定量的方法。

根據SRY基因定量或高通量測序Y染色體reads定量的方法都是利用男胎的特有核酸片段與母體核酸區分開，但是只適用于懷男胎的孕婦，應用范圍有限。

根據RASSF1A基因定量的方法是利用該基因在胎兒中被甲基化但在母體中沒有甲基化的特點區分胎兒核酸和母體核酸，該方法適用于男胎和女胎，具有廣泛的適用性。但是實驗中的酶處理對cffDNA有損傷，實驗操作也較復雜，難以滿足大樣本量的檢測。

根據SNP位點定量的方法的技術應用平臺包括熒光定量PCR、質譜和高通量測序，利用多態性位點在母親和胎兒中基因型不一致定量胎兒游離核酸濃度，適用于男胎和女胎。一般要檢測大量的SNP位點，成本投入高，結果分析難度大。

發明內容

本發明旨在提供一種胎兒游離核酸濃度的檢測方法及試劑盒，以解決現有技術中通過SNP位點檢測胎兒游離核酸濃度成本高、分析難度大的技術問題。

為了實現上述目的，根據本發明的一個方面，提供了一種胎兒游離核酸濃度的檢測方法。該檢測方法包括以下步驟：通過29個特定SNP位點的定量檢測確定胎兒游離核酸濃度，其中，29個特定SNP位點為：chr1:42353344、chr1:66731182、chr2:238668802、chr2:45258427、chr3:57139833、chr3:59488340、chr4:54352768、chr5:8410917、chr5:139514964、chr6:134792926、chr7:41782208、chr8:133367096、chr8:72606485、chr9:32432565、chr10:64525547、chr10:21307586、chr10:49524715、chr11:10399977、chr12:26809316、chr13:40596928、chr14:77236380、chr15:67407899、chr16:57445376、chr17:69428504、chr18:36224766、chr20:22957249、chr21:27426823、chr22:33279447、和chrX:36297113。

進一步地，利用多重PCR引物對29個特定SNP位點進行擴增。

進一步地，29對多重PCR引物在一個反應中完成對29個特定SNP位點的擴增。

進一步地，利用多重PCR引物上的分子標簽直接標記原始核酸模板，發現和糾正PCR擴增引入的突變。