[發明專利]一種篩選指紋圖譜遺傳標記的方法

有效

• 申請號: 201711230736.8
• 申請日: 2017-11-29
• 公開（公告）號: CN108009401B
• 公開（公告）日: 2021-11-02
• 發明（設計）人: 齊建建;練群;張若芳;蒲媛媛
• 申請（專利權）人: 內蒙古大學
• 主分類號: G16B20/20
• 分類號: G16B20/20
• 代理公司: 北京路浩知識產權代理有限公司 11002
• 代理人: 王文君;王璐

1.一種篩選指紋圖譜遺傳標記的方法，其特征在于，

S1、先將可數字化的遺傳標記進行數字化轉換，再將樣品與數字化后遺傳標記信息構建的m×n階矩陣，轉置形成n×m矩陣；

其中，m表示m個樣品，n表示n個遺傳標記；

S2、利用M-strategy獲得多樣性指數與入選遺傳標記數目的二維曲線，曲線拐點處所對應的遺傳標記數目j，可被視為能代表全部n個遺傳標記多樣性的“核心遺傳標記”的數目，再根據多樣性指數確定最優的j個遺傳標記的集合；

S3、將m個樣品在j個遺傳標記處的基因型數據提取出來，形成一個m×j矩陣；比較m個樣品兩兩之間的基因型是否相同；

在不統計任意兩個樣品間存在缺失數據遺傳標記的情況下，若任意兩個樣品均在j個遺傳標記中存在一個及以上基因型的差異，則認為j個遺傳標記能夠完全區分m個樣品；j個遺傳標記的集合即為用于構建m個樣品指紋圖譜的遺傳標記集合；

若反之，則需要在j個遺傳標記的集合中，進一步添加遺傳標記，直至得到滿足如下條件的遺傳標記集合：在不統計任意兩個樣品間存在缺失數據遺傳標記的情況下，m個樣品中任意兩個樣品均在該遺傳標記集合內存在一個及以上基因型的差異。

2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，添加遺傳標記的方法包括如下步驟：

S31、將不能通過j個遺傳標記進行區分的x個樣品兩兩組合，得到個組合；依次檢驗n-j個遺傳標記區分個組合的情況，每次只檢驗一個遺傳標記，將能夠區分組合數目最多的那個遺傳標記添加到j個遺傳標記中，此時入選的遺傳標記為j+1個；通過新入選遺傳標記能夠兩兩區分的樣品記為y個；

S32、進行下一輪運算時，去掉x個樣品中能夠被兩兩區分的y個樣品，檢驗n-j-1個遺傳標記區分個組合的情況，將區分組合數目最多的那個遺傳標記添加到j+1個遺傳標記中，此時入選的遺傳標記為j+1+1個；

S33、依次循環，直至第k次循環時，所有x個樣品均可被兩兩區分；所篩選到的j+k個遺傳標記即為構建m個樣品指紋圖譜需要的最少的遺傳標記集合。