[發明專利]分子對接方法及系統

有效

• 申請號: 201711214050.X
• 申請日: 2017-11-28
• 公開（公告）號: CN107992718B
• 公開（公告）日: 2022-04-08
• 發明（設計）人: 常珊;梅向東;陸旭峰
• 申請（專利權）人: 江蘇理工學院
• 主分類號: G16C20/50
• 分類號: G16C20/50;G16C20/20
• 代理公司: 常州佰業騰飛專利代理事務所(普通合伙) 32231
• 代理人: 陳麗萍

1.一種分子對接方法，其特征在于，包括CPU處理端和GPU運算端，所述分子對接方法中包括：

CPU處理端讀入作為受體的靜態分子結構及作為配體的動態分子結構，分別進行預處理得到網格數據后傳送至GPU運算端；

GPU運算端接收到受體和配體的網格數據，分別進行傅里葉變換得到頻域數據后進行點積操作得到復合物頻域數據；

GPU運算端根據得到的復合物頻域數據計算得到匹配因子并將其傳送至CPU處理端；

CPU處理端根據接收到的匹配因子得到預設數量的最佳對接位置，實現受體和配體的對接操作；

在步驟GPU運算端根據得到的復合物頻域數據計算得到匹配因子并將其傳送至CPU處理端中，包括：

調用CPU處理端中傅里葉逆變換函數對復合物頻域數據進行傅里葉逆變換得到復合物網格數據；

根據所述復合物網格數據得到其在整個三維網格中的匹配因子；

將得到的匹配因子傳送至CPU處理端；

在步驟根據所述復合物網格數據得到其在整個三維網格中的匹配因子中，包括：

獲取預先設定的三維網格的大小；

將得到的復合物網格數據除以所述三維網格的大小得到匹配因子；

在CPU處理端中使用了NVIDIA提供的cufft頭文件，使用cufft創建任務函數cufftHandle()、內核函數cufftPlan3d()、三維FFT執行函數cufftExecD2Z()、cufftExecZ2D()以及銷毀任務函數cufftDestroy()，通過cufft頭文件中cufftHandle()函數在CPU處理端創建計劃，同時通過cufftPlan3d()函數創建FFT變換句柄，并將得到的靜態網格數據static_grid和動態網格數據mobile_grid通過cudaMemcpy()函數，從其從CPU處理端傳送至GPU運算端；

當CPU處理端把動態網格數據和靜態網格數據傳送到GPU運算端之后，GPU運算端調用CPU處理端中的雙精度FFT執行函數cufftExecD2Z()開始對兩個網絡數據進行正向FFT計算。

2.如權利要求1所述的分子對接方法，其特征在于，在步驟CPU處理端讀入作為受體的靜態分子結構及作為配體的動態分子結構，分別進行預處理得到網格數據后傳送至GPU運算端中，包括：

讀入作為受體的靜態分子結構和作為配體的動態分子結構；

對靜態分子結構進行離散化和平面化處理得到靜態網格數據；

對動態分子結構進行離散化處理得到動態網格數據；

將靜態網格數據和動態網格數據傳送至GPU運算端。

3.如權利要求1或2所述的分子對接方法，其特征在于，在步驟CPU處理端根據接收到的匹配因子得到預設數量的最佳對接位置中，包括：

接收CPU處理端傳送的匹配因子；

對接收到的匹配因子進行排序；

根據排序篩選出預設數量的最佳對接位置。