[發明專利]基于細胞的探詢式分析及其應用

有效

• 申請號: 201711192165.3
• 申請日: 2012-09-07
• 公開（公告）號: CN108048521B
• 公開（公告）日: 2022-05-27
• 發明（設計）人: N·R·納萊恩;R·薩蘭加拉簡;V·K·維施努達斯;杜敏;T·沃爾什
• 申請（專利權）人: 博格有限責任公司
• 主分類號: C12Q1/02
• 分類號: C12Q1/02;G01N33/50;G01N33/68;G16B5/20
• 代理公司: 北京市金杜律師事務所 11256
• 代理人: 陳文平;徐志明

1.一種用于鑒別血管生成的調節子的方法，所述方法包括：

(1)使用與血管生成相關的細胞建立血管生成的模型來代表血管生成的特征性方面；

(2)從所述血管生成的模型獲得第一數據集，其中所述第一數據集代表表征所述與血管生成相關的細胞的基因組學數據、脂質組學數據、蛋白質組學數據、代謝組學數據、轉錄組學數據和單核苷酸多態性(SNP)數據中的一種或多種；

(3)從所述血管生成的模型獲得第二數據集，其中所述第二數據集代表與血管生成相關的細胞的一種或多種功能活性或細胞反應；

(4)從對照細胞獲得第一對照數據集，其中所述第一對照數據集代表表征所述對照細胞的基因組學數據、脂質組學數據、蛋白質組學數據、代謝組學數據、轉錄組學數據和單核苷酸多態性(SNP)數據中的一種或多種；

(5)從所述對照細胞獲得第二對照數據集，其中所述第二對照數據集代表所述對照細胞的一種或多種功能活性或細胞反應；

(6)使用編程的計算系統，僅僅基于所述第一數據集和所述第二數據集生成所述表征與血管生成相關的細胞的基因組學數據、脂質組學數據、蛋白質組學數據、代謝組學數據、轉錄組學數據和單核苷酸多態性(SNP)數據中的一種或多種與所述與血管生成相關的細胞的一種或多種功能活性或細胞反應之間的第一因果關系網絡，其中所述第一因果關系網絡是包括關于所述表征與血管生成相關的細胞的基因組學數據、脂質組學數據、蛋白質組學數據、代謝組學數據、轉錄組學數據和單核苷酸多態性(SNP)數據中的一種或多種與所述與血管生成相關的細胞的一種或多種功能活性或細胞反應之中的關系的定量概率定向信息的因果關系貝葉斯網絡，且其中所述第一因果關系網絡的生成不基于所述第一數據集和第二數據集以外的任何已知的生物學關系；

(7)使用所述編程的計算系統，僅僅基于所述第一對照數據集和所述第二對照數據集生成所述表征所述對照細胞的基因組學數據、脂質組學數據、蛋白質組學數據、代謝組學數據、轉錄組學數據和單核苷酸多態性(SNP)數據中的一種或多種與所述對照細胞的一種或多種功能活性或細胞反應之間的第二因果關系網絡，其中所述第二因果關系網絡是包括關于所述表征所述對照細胞的基因組學數據、脂質組學數據、蛋白質組學數據、代謝組學數據、轉錄組學數據和單核苷酸多態性(SNP)數據中的一種或多種與所述對照細胞的一種或多種功能活性或細胞反應之中的關系的定量概率定向信息的因果關系貝葉斯網絡，且其中所述第二因果關系網絡的生成不基于所述第一對照數據集和所述第二對照數據集以外的任何已知的生物學關系；

(8)從所述第一因果關系網絡和所述第二因果關系網絡生成差異因果關系網絡；和

(9)從該生成的差異因果關系網絡鑒別在血管生成中獨特的因果關系，其中所述獨特的因果關系確定為獨特地存在于所述與血管生成相關的細胞中且不存在于所述對照細胞中、存在于所述對照細胞中且不存在于所述與血管生成相關的細胞中或者在所述與血管生成相關的細胞中的定向不同于所述對照細胞中的差異因果關系網絡的部分，且其中與所述獨特的因果關系相關的基因、脂質、蛋白質、代謝產物、轉錄物或SNP被確定為血管生成的調節子。