[發明專利]一種基于植物線粒體基因組特征的細胞質雄性不育基因預測的方法

在審

• 申請號: 201710971150.0
• 申請日: 2017-10-18
• 公開（公告）號: CN107663549A
• 公開（公告）日: 2018-02-06
• 發明（設計）人: 劉源;高立志
• 申請（專利權）人: 中國科學院昆明植物研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;G06F19/20
• 代理公司: 昆明協立知識產權代理事務所(普通合伙)53108
• 代理人: 旃習涵

1.一種基于植物線粒體基因組特征的細胞質雄性不育基因預測的方法，其特征在于該方法包括通過對植物線粒體基因組進行開放閱讀框的預測，將預測結果與線粒體基因組基因進行比較分析，篩選出其中的嵌合體ORF，對嵌合體ORF進行跨膜結構域進行預測，然后通過數據挖掘的方法得到與CMS相關的嵌合體ORF，最后，通過實驗驗證預測結果的可行性。

2.基于植物線粒體基因組特征的細胞質雄性不育基因預測的方法，其特征在于該方法地包括下述步驟：

(1)一種利用ORF預測軟件對目的線粒體基因組進行開放閱讀框ORF預測；

(2)利用blast序列比對軟件，將步驟(1)獲得的結果與目的線粒體基因組的所有基因進行兩兩比對；

(3)利用篩選模塊對步驟(2)結果進行批量篩選，篩選原則如下：與線粒體基因overlap>30bp的ORF作為下一步候選ORF；

(4)用TMHMM2.0軟件對候選的ORF進行跨膜結構域預測；

(5)利用本發明開發的數據挖掘模塊對步驟(4)的結果進行數據挖掘，篩選出可能與CMS相關的ORF；

(6)最后用轉錄組RNA-seq數據對步驟(5)的結果進行實驗驗證。

3.基于植物線粒體基因組特征的細胞質雄性不育基因預測的方法，其特征在于步驟(2)中，ORF與線粒體基因兩兩比對的具體方法為：

提取目的線粒體基因組所有線粒體基因，建立比對數據庫：formatdb –I線粒體基因fasta格式-p F，

進行兩兩比對：blastall -p blastn -e 1e-3 -m 8 -i ORF，步驟1獲得的結果-d線粒體基因fasta格式-o結果文件。