[發明專利]基于關聯分析和KASP開發waxy1基因內分子標記

有效

• 申請號: 201710769206.4
• 申請日: 2017-08-30
• 公開（公告）號: CN107619873B
• 公開（公告）日: 2021-10-12
• 發明（設計）人: 王文琴;李長生;巫永睿
• 申請（專利權）人: 上海交通大學
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 上海漢聲知識產權代理有限公司 31236
• 代理人: 郭國中;陳少凌

1.一種玉米糯質的InDel分子標記，其特征在于，是位于waxy1基因第7個外顯子末端的30～33bp缺失的InDel；位置參考B73基因組，是位于ATG起始第1,289～1,321位點一個33bp的InDel。

2.一種如權利要求1所述的玉米糯質的InDel分子標記的引物，其特征在于，可以通過瓊脂糖凝膠電泳進行檢測，所述引物包括wx12引物，其正向引物序列如SEQ ID NO.1所示，反向引物序列如SEQ ID NO.2所示。

3.一種玉米糯質的SNP分子標記，其特征在于，包括位于waxy1基因第14個外顯子的SNP1和位于3’UTR區的SNP2；位置參考B73基因組，是位于ATG起始第3,044位點的SNP1、第3242位點的SNP2。

4.一種如權利要求3所述的玉米糯質的SNP分子標記的KASP引物，其特征在于，分子標記SNP1對應的WXT引物包括：如SEQ ID NO.3所示的引物1、如SEQ ID NO.4所示的引物2、如SEQ ID NO.5所示的引物3；分子標記SNP2對應的WXT2引物包括：如SEQ ID NO.6所示的引物4、如SEQ ID NO.7所示的引物5、如SEQ ID NO.8所示的引物6。

5.一種如權利要求1所述的玉米糯質的InDel分子標記或如權利要求3所述的玉米糯質的SNP分子標記在檢測玉米基因型、篩選糯質玉米或分子標記輔助選擇育種中的用途。

6.根據權利要求5所述的用途，其特征在于，在利用InDel分子標記篩選糯質玉米中，針對waxy1基因內的InDel缺失，在兩端保守區域設計引物獲取擴增片段，直接通過高濃度的瓊脂糖凝膠電泳對糯玉米材料進行鑒定。

7.根據權利要求5所述的用途，其特征在于，在利用SNP分子標記篩選糯質玉米中，利用KASP引物進行PCR擴增，WXT引物的SNP T在低直鏈玉米材料中激發HEX熒光，SNP C在非低直鏈玉米材料中激發FAM熒光；WXT2引物的SNP A在低直鏈玉米材料中激發FAM熒光，SNP G在非低直鏈玉米材料中激發HEX熒光。