[發明專利]基于計算云平臺的微生物多樣性交互分析系統及其方法

在審

• 申請號: 201710598335.1
• 申請日: 2017-07-21
• 公開（公告）號: CN107368700A
• 公開（公告）日: 2017-11-21
• 發明（設計）人: 余果;任一;郭權;王兆月;董亞晨;劉林夢;趙建華;楊慧;宣紅東
• 申請（專利權）人: 上海桑格信息技術有限公司
• 主分類號: G06F19/10
• 分類號: G06F19/10;G06F19/26
• 代理公司: 上海恒銳佳知識產權代理事務所(普通合伙)31286
• 代理人: 黃海霞

1.一種基于計算云平臺的微生物多樣性交互分析系統，其特征在于，包括

項目管理模塊，用于對項目信息進行查看和管理，通過項目、任務、應用和文件對所有狀態的分析項目進行綜合管理；

基礎分析任務提交模塊，用于設置基礎參數運行任務，并將結果以及原始數據按照預設格式整合封裝成相應的項目文件；

交互式結果分析模塊，用于根據用戶請求生成分析結果，并將結果可視化展示；

所述項目管理模塊通過基礎分析任務提交模塊與交互式結果分析模塊相連接；

首先，向本地集群服務器上傳測序數據，在項目管理模塊中建立項目，同時在本地集群服務器上傳客戶的數據庫或者選擇使用線上的數據庫，并且在該項目管理模塊中可以進行項目鎖定或者共享給他人操作；

然后，在基礎分析任務提交模塊中，用戶可以通過可視化界面選擇測序數據，并對測序數據進行分析，分析之后產生項目文件；分析時，先進行判定數據質控是否合格，若合格則進行參數分析；若不合格則直接返回報錯；

最后，產生的項目文件傳送至交互式結果分析模塊中進行交互式分析，根據用戶需求對項目文件進行二次分析和統計，得到直觀呈現的報告。

2.一種基于計算云平臺的微生物多樣性交互分析方法，其特征在于，包括以下步驟：

步驟0，創建項目；

步驟1，向本地集群服務器上傳測序數據，在項目管理模塊中建立項目，同時在本地集群服務器上傳客戶的數據庫或者選擇使用線上的數據庫，并且在該項目管理模塊中可以進行項目鎖定或者共享給他人操作；

步驟2，建立任務；

步驟3，在基礎分析任務提交模塊中，用戶可以通過可視化界面對測序數據進行參數分析，分析之后產生項目文件；分析之前，先進行判定數據質控是否合格，若合格則進行參數分析；若不合格則直接返回報錯；

步驟4，產生的項目文件傳送至交互式結果分析模塊中進行交互式分析，根據用戶需求對項目文件進行二次分析和統計，得到直觀呈現的報告。

3.根據權利要求2所述的基于計算云平臺的微生物多樣性交互分析方法，其特征在于，所述步驟3中在進行測序數據參數分析時，用戶可以自行選擇分組方案，并且配置環境因子，選擇需要的數據庫，選擇進行的分析內容，選擇完成之后再進行分析。

4.根據權利要求2所述的基于計算云平臺的微生物多樣性交互分析方法，其特征在于，所述項目管理模塊，還可用于查看和管理上傳的相關文件或由分析產生的相關文件，可對相關文件進行上傳、查找、復制、移動、刪除和下載操作；項目管理模塊還用于標記項目狀態進度，項目狀態進度可為未開始、進行中、已完成、已終止和問題；項目管理模塊還用于查看任務運行的狀態與日志信息；且項目管理模塊，還用于共享項目，并管理成員權限。

5.根據權利要求2所述的基于計算云平臺的微生物多樣性交互分析方法，其特征在于，物種分類數據庫存儲在本地集群服務器內，使用線上的數據庫包括16s、18s、its和fungi，也可上傳自定義數據庫。

6.根據權利要求2所述的基于計算云平臺的微生物多樣性交互分析方法，其特征在于，所述基礎分析任務提交模塊可用于數據質控統計、OTU聚類、物種分類、Alpha多樣性和Beta多樣性研究。

7.根據權利要求2所述的基于計算云平臺的微生物多樣性交互分析方法，其特征在于，所述交互式結果分析模塊還用于高級生物信息學分析和個性化生物信息學分析，包括群落組成分析、組間顯著性差異分析、樣本分組分析、LEfSe多級物種差異判別分析和進化分析；交互式結果分析模塊還用于更改分組方案和挑選分析樣品。

8.根據權利要求7所述的基于計算云平臺的微生物多樣性交互分析方法，其特征在于，所述交互式結果分析模塊包括圖表工具，可實現更改顏色方案、形狀方案、柱形方向；可顯示圖例、點名稱、合并或排序功能；交互式結果分析模塊分析結果可存入報告，在報告中展示；交互式結果分析模塊分析結果圖可以PNG、JPEG、PDF、SVG格式下載；交互式結果分析模塊的報告格式可為html和pdf。