[發明專利]檢測HIV-1耐藥突變位點的成套引物及其應用

有效

• 申請號: 201710590585.0
• 申請日: 2017-07-19
• 公開（公告）號: CN107619854B
• 公開（公告）日: 2020-05-22
• 發明（設計）人: 郜培杰;張福杰;史亞倫;王旭東;馬鵬飛
• 申請（專利權）人: 北京安普生化科技有限公司;首都醫科大學附屬北京地壇醫院
• 主分類號: C12Q1/6883
• 分類號: C12Q1/6883;C12N15/11
• 代理公司: 北京勁創知識產權代理事務所(普通合伙) 11589
• 代理人: 王闖

本發明屬于基因檢測領域，提供了一種檢測HIV?1耐藥突變位點的成套引物，包括序列表中SEQ ID No.1至SEQ ID No.5所示的核苷酸序列。本發明還提供了上述檢測HIV?1耐藥突變位點的成套引物的應用。本發明可以只需一輪PCR反應即可擴增出大于1000拷貝每毫升的HIV?1 pol區基因序列，減少了工作強度，降低了污染的機率，同時擴增出的片段覆蓋的耐藥突變位點的范圍廣泛，適用于我國主要HIV?1流行亞型的耐藥突變位點檢測。

技術領域

本發明屬于基因檢測領域，特別涉及一種檢測HIV-1耐藥突變位點的成套引物及其應用。

背景技術

艾滋病(AIDS)最早在美國同性戀人群中發現，1981年加州大學洛杉磯分校的Michelael D.Gottlieb醫生發現了這種奇怪的免疫缺陷現象。在之后1983年，法國巴斯德研究院最終確認了這種疾病的元兇是人類免疫缺陷病毒(HIV)。在之后的30多年里，艾滋病在全球迅速蔓延，據世界衛生組織的數據：艾滋病毒迄今已造成3500多萬例死亡。到2015年底，約有3670萬(3400-3980萬)名艾滋病毒攜帶者。2015年，全球有約210萬(180-240萬)人新感染艾滋病毒。中國自1985年發現第一例HIV感染病例以來，感染人數每年增長，流行發展的趨勢嚴峻。根據中國疾病預防控制中心的數據，截至2016年9月，我國報告現存活艾滋病病毒感染者和病人65.4萬例，累計死亡20.1萬例。

人類免疫缺陷病毒(HIV)具有高度的基因變異性，根據其基因序列的差異，將其分為HIV-1型和HIV-2型。目前世界范圍內流行的主要為HIV-1型。HIV-1又進一步分為3個組：M組、O組和N組。M組內又可分為A-D，F-H和J、K共9個基因亞型，另外還有88個以上流行重組型(CRF)。2006－2007年第三次全國HIV-1分子流行病學調查結果顯示，我國存在至少12種HIV-1基因型，已經成為全球HIV-1基因亞型最多的國家。我國HIV-1流行的亞型主要有CRF07_BC(35.5％)、CRF01_AE(27.6％)、CRF08_BC(20.1％)和B’(9.6％)，占HIV感染者總數的92.8％。

自從1987年第一個抗艾滋病藥物齊多夫定(AZT)上市以來，抗艾滋病藥物的研究突飛猛進，目前美國FDA網站上公布的抗艾滋病藥物主要有6大類、35個品種。抗艾滋病藥物主要包括核苷類反轉錄酶抑制劑、非核苷類反轉錄酶抑制劑、蛋白酶抑制劑、融合抑制劑、CCR5拮抗劑、整合酶抑制劑。我國自2003年以來實行“四免一關懷”政策，對艾滋病患者開展廣泛的抗病毒治療，截止2016年底，進行抗病毒治療的人數已經達到48.9萬。然而由于HIV病毒容易產生變異，并最終造成蛋白位點發生變化，使艾滋病藥物失去靶點，在病人體內產生耐藥，造成治療失敗。為了提高治療的效果，防止耐藥株的傳播，因此有必要對治療人群及新發感染者進行耐藥的檢測。這對于減緩耐藥病毒株的產生及傳播，以及指導患者個體化臨床用藥有著重要的意義。

目前HIV-1耐藥的檢測有兩種類型，一種是表型檢測，另外一種是基因型檢測。表型檢測是利用細胞培養的方法進行病毒培養，然后通過不同藥物與病毒共培養，觀察計算抑制的效率，得出病毒是否耐藥的結果。但是此方法成本高昂，對實驗室和人員的要求較高，難以對多個耐藥突變進行評估，耗時長，勞動量大，對混合型檢測靈敏度低，所以目前只限于基礎研究使用。

基因型檢測是采用PCR擴增測序的方法，對耐藥突變位點進行分析，最終得出耐藥報告。基因型檢測依賴于表型檢測的數據，對HIV的基因序列進行分析。它同時檢測多種耐藥突變，也可以檢測出潛在突變點，可以預測多個耐藥突變造成的影響，檢測的速度快，成本低。是目前在實驗室使用最為廣泛的檢測方法。