[發明專利]構建待測基因組的DNA測序文庫的方法及其應用

在審

• 申請號: 201710552555.0
• 申請日: 2017-07-07
• 公開（公告）號: CN107217309A
• 公開（公告）日: 2017-09-29
• 發明（設計）人: 頡偉;杜振海
• 申請（專利權）人: 清華大學
• 主分類號: C40B50/06
• 分類號: C40B50/06;C40B40/06;C12Q1/68
• 代理公司: 北京清亦華知識產權代理事務所(普通合伙)11201
• 代理人: 趙天月

1.一種構建待測基因組的DNA測序文庫的方法，其特征在于，包括：

(1)利用限制性內切酶對待測基因組進行消化處理，以便獲得消化處理產物；

(2)將所述消化處理產物進行生物素標記處理，以便獲得生物素標記處理產物；

(3)利用DNA連接酶對所述生物素標記處理產物進行連接處理，以便獲得連接產物；

(4)將連接產物進行解交聯處理；

(5)將解交聯處理產物進行純化處理；

(6)將純化處理產物進行超聲和沉淀處理，所述沉淀處理是通過將超聲處理產物與鏈酶親合素磁珠進行接觸進行的，以便獲得結合有鏈酶親合素磁珠的目標DNA片段；以及

(7)基于結合有鏈酶親合素磁珠的目標DNA片段，進行建庫。

2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述待測基因組是通過裂解細胞或組織而獲得的基因組的至少一部分，

任選地，所述細胞為細胞系或原代細胞。

3.根據權利要求2所述的方法，其特征在于，所述細胞或組織預先經過甲醛交聯處理，

優選地，所述細胞或組織由口吸管進行轉移處理。

4.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述限制性內切酶為MboI。

5.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述生物素標記處理是通過如下方式進行的：

將消化處理產物與三磷酸腺嘌呤脫氧核苷酸、三磷酸鳥嘌呤脫氧核苷酸、三磷酸胸腺嘧啶脫氧核甘酸、生物素標記的三磷酸胞嘧啶脫氧核苷酸以及DNA聚合酶大片段進行接觸，所述接觸是在37℃的條件下進行1.5小時。

6.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述連接處理為T4連接，所述解交聯處理是通過將所述連接產物與蛋白酶K、SDS以及氯化鈉接觸進行的，

任選地，所述純化處理是通過將所述解交聯處理產物與預冷的無水乙醇進行接觸進行的，所述接觸是在-80℃的條件下進行15分鐘；

優選地，所述純化處理過程中將所述解交聯處理產物與肝糖原和醋酸鈉進行接觸。

7.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述超聲是在Peak Power為50，Duty Factor為20，Cycles/Burst為200的條件下進行134s。

8.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述建庫為TruSeq建庫，包括將結合有鏈酶親合素磁珠的目標DNA片段進行末端修復、末端加三磷酸腺嘌呤脫氧核糖核苷酸和連接測序接頭序列處理，

優選地，末端修復處理之后、末端加三磷酸腺嘌呤脫氧核糖核苷酸處理之前進一步包括吐溫洗滌所述磁珠處理；

優選地，末端加三磷酸腺嘌呤脫氧核糖核苷酸處理之后、連接測序接頭序列處理之前進一步包括吐溫洗滌所述磁珠處理；

優選地，連接測序接頭序列處理之后進一步包括吐溫洗滌所述磁珠處理。

9.根據權利要求8所述的方法，其特征在于，進一步包括將連接測序接頭序列處理產物進行DNA第一洗脫處理和PCR擴增，

任選地，進一步包括將PCR擴增產物與AMPure XP磁珠進行結合處理，

任選地，進一步包括將結合有AMPure XP磁珠的PCR擴增產物進行DNA第二洗脫處理。

10.一種測序文庫，其特征在于，所述測序文庫是通過權利要求1～9任一項所述的構建待測基因組的DNA測序文庫的方法獲得的。

11.一種確定待測基因組的DNA序列信息的方法，其特征在于，包括：

根據權利要求1～9任一項所述的方法構建待測基因組的DNA測序文庫；

對所述DNA測序文庫進行測序，以便獲得測序結果；以及

基于所述測序結果，確定所述待測基因組的DNA序列信息。

12.一種用于確定待測基因組三維空間結構的方法，其特征在于，包括：

根據權利要求1～9任一項所述的方法構建待測基因組的DNA測序文庫；

對所述DNA測序文庫進行測序，以便獲得測序結果；以及

基于所述測序結果，確定所述待測基因組的三維空間結構信息。