[發明專利]鑒定和定量低頻體細胞突變的方法

有效

• 申請號: 201710381726.8
• 申請日: 2017-05-25
• 公開（公告）號: CN108949911B
• 公開（公告）日: 2022-10-14
• 發明（設計）人: 魏麗萍;趙博洵;黃岳;伍啟熹;葉永鑫;鄭夏寧
• 申請（專利權）人: 北京大學
• 主分類號: C12Q1/6827
• 分類號: C12Q1/6827
• 代理公司: 北京集佳知識產權代理有限公司 11227
• 代理人: 鄭斌;盧蓓

1.檢測對象中轉座子的基因組定位的方法，其包括以下步驟：

a)從得自該對象的測試樣品中分離DNA樣品；

b)對該DNA樣品進行片段化處理，獲得DNA片段；

c)在DNA片段的兩端連接接頭，獲得轉座子-接頭文庫；

d)使用引物對轉座子-接頭文庫進行擴增，其中第一引物包含與轉座子內部序列雜交的轉座子特異性序列，第二引物包含與接頭雜交的接頭序列，由此對轉座子及其側翼序列進行擴增；

e)對擴增得到產物進行測序，以獲得側翼序列信息；

f)將得到的側翼序列與參考基因組序列進行比對，以獲得轉座子插入的基因組定位和方向信息，

其中第一引物是由3、4、5、6、7、8或更多種第一引物構成的引物組，其中每種第一引物的5’端還包含文庫接頭序列，并且文庫接頭序列與轉座子特異性序列之間包含數目不等的間隔區，所述間隔區是長度為1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20bp的隨機區，

所述方法不用于疾病的診斷或治療。

2.鑒定組織或細胞特異性的轉座子插入事件的方法，其包括以下步驟：

a)從得自個體的測試樣品中分離DNA樣品；

b)對該DNA樣品進行片段化處理，獲得DNA片段樣本；

c)在DNA片段的兩端連接接頭，獲得轉座子-接頭文庫；

d)使用引物對轉座子-接頭文庫進行擴增，其中第一引物包含與轉座子內部序列雜交的轉座子特異性序列，第二引物包含與接頭雜交的接頭序列，由此對轉座子及其側翼序列進行擴增；

e)對擴增得到產物進行測序，以獲得側翼序列信息；

f)將得到的側翼序列與參考基因組序列進行比對，以獲得轉座子插入的基因組定位和方向信息；

g)將f)獲得的測試樣品的定位信息與參照定位信息進行比較，并將f)中存在而參照定位信息中不存在的位置上的轉座子鑒定為測試組織或細胞中的特異性轉座子插入事件，

其中第一引物是由3、4、5、6、7、8或更多種第一引物構成的引物組，其中每種第一引物的5’端還包含文庫接頭序列，并且文庫接頭序列與轉座子特異性序列之間包含數目不等的間隔區，所述間隔區是長度為1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20bp的隨機區，

所述方法不用于疾病的診斷或治療。

3.對個體中轉座子的組織或細胞特異性轉座子插入事件進行定量的方法，其包括以下步驟：

a)從來自該個體的測試樣品中分離DNA樣品；

b)對該DNA樣品進行片段化處理，獲得DNA片段樣本；

c)在DNA片段的兩端連接接頭，獲得轉座子-接頭文庫；

d)使用引物對轉座子-接頭文庫進行擴增，其中第一引物包含與轉座子內部序列雜交的轉座子特異性序列，第二引物包含與接頭雜交的接頭序列，由此對轉座子及其側翼序列進行擴增；

e)對擴增得到的產物進行測序，以獲得側翼序列信息；

f)將得到的側翼序列與參考基因組序列進行比對，以獲得轉座子插入的基因組位點和方向信息；

g)將f)獲得的測試樣品的定位信息與參照定位信息進行比較，并將f)中存在而參照定位信息中不存在的位置上的轉座子鑒定為測試組織或細胞中的特異性轉座子插入事件；

h)統計文庫測序數據中，組織或細胞特異性轉座子插入事件來源的序列總數和該個體的參考基因組轉座子插入事件來源的序列總數，取兩者比值，對細胞特異性轉座子插入事件進行定量，

其中第一引物是由3、4、5、6、7、8或更多種第一引物構成的引物組，其中每種第一引物的5’端還包含文庫接頭序列，并且文庫接頭序列與轉座子特異性序列之間包含數目不等的間隔區，所述間隔區是長度為1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20bp的隨機區，

所述方法不用于疾病的診斷或治療。

4.權利要求1至3中任一項的方法，其中所述轉座子特異性序列與位于轉座子3’或5’末端附近的轉座子內部序列雜交。

5.權利要求4的方法，其中所述轉座子特異性序列覆蓋并結合目標轉座子家族的特異性核苷酸序列或模體。