[發明專利]一種鑒定玉米籽粒性狀的方法及其專用試劑盒

有效

• 申請號: 201710325090.5
• 申請日: 2017-05-10
• 公開（公告）號: CN108866222B
• 公開（公告）日: 2021-09-03
• 發明（設計）人: 王天宇;陳林;李永祥;張登峰;李春輝;石云素;宋燕春;黎裕
• 申請（專利權）人: 中國農業科學院作物科學研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/686
• 代理公司: 北京紀凱知識產權代理有限公司 11245
• 代理人: 關暢;何葉喧

1.A1）或A2）或A3）：

A1）一種鑒定玉米籽粒粒長的方法，包括如下步驟：檢測待測玉米的單倍型為單倍型HapI、單倍型HapII、單倍型HapⅢ還是單倍型HapⅣ，單倍型HapII的玉米的籽粒粒長單倍型HapⅣ、單倍型HapⅢ或單倍型HapI的玉米的籽粒粒長；

A2）一種鑒定玉米籽粒粒寬的方法，包括如下步驟：檢測待測玉米的單倍型為單倍型HapI、單倍型HapII、單倍型HapⅢ還是單倍型HapⅣ，單倍型HapⅢ的玉米的籽粒粒寬單倍型HapI、單倍型HapII或單倍型HapⅣ的玉米的籽粒粒寬；

A3）一種鑒定玉米籽粒粒形的方法，包括如下步驟：檢測待測玉米的單倍型為單倍型HapI、單倍型HapII、單倍型HapⅢ還是單倍型HapⅣ，單倍型HapⅢ或單倍型HapII的玉米的籽粒粒形單倍型HapⅣ或單倍型HapI的玉米的籽粒粒形；所述籽粒粒形為籽粒粒長/籽粒粒寬；

所述單倍型HapI的玉米為基于SNP S-1830的基因型為AA純合型且具有“9個串聯重復的2bp序列的缺失型Ⅱ”的玉米；

所述單倍型HapII的玉米為基于SNP S-1830的基因型為GG純合型且具有“9個串聯重復的2bp序列”的玉米；

所述單倍型HapⅢ的玉米為基于SNP S-1830的基因型為GG純合型且具有“9個串聯重復的2bp序列的缺失型Ⅰ”的玉米；

所述單倍型HapⅣ的玉米為基于SNP S-1830的基因型為GG純合型且具有“9個串聯重復的2bp序列的缺失型Ⅱ”的玉米；

所述SNP S-1830為玉米基因組中引物F和引物R組成的引物對的靶序列自5’末端起第189位核苷酸；

所述引物F為序列表的序列5所示的單鏈DNA分子；

所述引物R為序列表的序列6所示的單鏈DNA分子；

所述“9個串聯重復的2bp序列”如序列表中序列7所示；

所述“9個串聯重復的2bp序列的缺失型Ⅰ”為所述“9個串聯重復的2bp序列”缺失了第1個和第2個核苷酸；

所述“9個串聯重復的2bp序列的缺失型Ⅱ”為所述“9個串聯重復的2bp序列”缺失了第1至4個核苷酸。

2.B1）或B2）或B3）：

B1）一種鑒定玉米籽粒粒長的方法，包括如下步驟：檢測待測玉米的單倍型為單倍型HapI、單倍型HapII、單倍型HapⅢ還是單倍型HapⅣ，單倍型HapII的玉米的籽粒粒長單倍型HapⅣ、單倍型HapⅢ或單倍型HapI的玉米的籽粒粒長；

B2）一種鑒定玉米籽粒粒寬的方法，包括如下步驟：檢測待測玉米的單倍型為單倍型HapI、單倍型HapII、單倍型HapⅢ還是單倍型HapⅣ，單倍型HapⅢ的玉米的籽粒粒寬單倍型HapI、單倍型HapII或單倍型HapⅣ的玉米的籽粒粒寬；

B3）一種鑒定玉米籽粒粒形的方法，包括如下步驟：檢測待測玉米的單倍型為單倍型HapI、單倍型HapII、單倍型HapⅢ還是單倍型HapⅣ，單倍型HapⅢ或單倍型HapII的玉米的籽粒粒形單倍型HapⅣ或單倍型HapI的玉米的籽粒粒形；所述籽粒粒形為籽粒粒長/籽粒粒寬；

所述“檢測待測玉米的單倍型為單倍型HapI、單倍型HapII、單倍型HapⅢ還是單倍型HapⅣ”的方法包括如下步驟：檢測待測玉米的的基因組DNA中是否含有序列表中序列1、序列表中序列2、序列表中序列3或序列表的序列4所示的DNA片段，然后進行如下判斷：

如果待測玉米的基因組DNA中含有序列表中序列1所示的DNA區段，且不含有序列表中序列2、序列表中序列3和序列表中序列4所示的DNA片段，則待測玉米的單倍型為單倍型HapI；

如果待測玉米的基因組DNA中含有序列表中序列2所示的DNA區段，且不含有序列表中序列1、序列表中序列3和序列表中序列4所示的DNA片段，則待測玉米的單倍型為單倍型HapII；

如果待測玉米的基因組DNA中含有序列表中序列3所示的DNA區段，且不含有序列表中序列1、序列表中序列2和序列表中序列4所示的DNA片段，則待測玉米的單倍型為單倍型HapⅢ；

如果待測玉米的基因組DNA中含有序列表中序列4所示的DNA區段，且不含有序列表中序列1、序列表中序列2和序列表中序列3所示的DNA片段，則待測玉米的單倍型為單倍型HapⅣ。

3.C1）或C2）或C3）：

C1）一種鑒定玉米籽粒粒長的方法，包括如下步驟：檢測待測玉米的單倍型為單倍型HapI、單倍型HapII、單倍型HapⅢ還是單倍型HapⅣ，單倍型HapII的玉米的籽粒粒長單倍型HapⅣ、單倍型HapⅢ或單倍型HapI的玉米的籽粒粒長；

C2）一種鑒定玉米籽粒粒寬的方法，包括如下步驟：檢測待測玉米的單倍型為單倍型HapI、單倍型HapII、單倍型HapⅢ還是單倍型HapⅣ，單倍型HapⅢ的玉米的籽粒粒寬單倍型HapI、單倍型HapII或單倍型HapⅣ的玉米的籽粒粒寬；C3）一種鑒定玉米籽粒粒形的方法，包括如下步驟：檢測待測玉米的單倍型為單倍型HapI、單倍型HapII、單倍型HapⅢ還是單倍型HapⅣ，單倍型HapⅢ或單倍型HapII的玉米的籽粒粒形單倍型HapⅣ或單倍型HapI的玉米的籽粒粒形；所述籽粒粒形為籽粒粒長/籽粒粒寬；

所述“檢測待測玉米的單倍型為單倍型HapI、單倍型HapII、單倍型HapⅢ還是單倍型HapⅣ”的方法依次包括如下步驟：

（1）以待測玉米的基因組DNA為模板，采用引物F和引物R組成的引物對進行PCR擴增，得到PCR擴增產物；

（2）將所述PCR擴增產物進行測序，然后進行如下評判：

如果所述PCR擴增產物的核苷酸序列如序列表的序列1所示，則待測玉米的單倍型為單倍型HapI；如果所述PCR擴增產物的核苷酸序列如序列表的序列2所示，則待測玉米的單倍型為單倍型HapII；如果所述PCR擴增產物的核苷酸序列如序列表的序列3所示，則待測玉米的單倍型為單倍型HapⅢ；如果所述PCR擴增產物的核苷酸序列如序列表的序列4所示，則待測玉米的單倍型為單倍型HapⅣ；

所述引物F為序列表的序列5所示的單鏈DNA分子；

所述引物R為序列表的序列6所示的單鏈DNA分子。

4.如序列表的序列1所示的分子標記甲、如序列表的序列2所示的分子標記乙、如序列表的序列3所示的分子標記丙或如序列表的序列4所示的分子標記丁在鑒定玉米籽粒性狀中的應用；所述籽粒性狀為f1）和/或f2）和/或f3）：f1）籽粒粒長；f2）籽粒粒寬；f3）籽粒粒長/籽粒粒寬。

5.如序列表的序列1所示的分子標記甲、如序列表的序列2所示的分子標記乙、如序列表的序列3所示的分子標記丙或如序列表的序列4所示的分子標記丁在制備鑒定玉米籽粒性狀的產品中的應用；所述籽粒性狀為f1）和/或f2）和/或f3）：f1）籽粒粒長；f2）籽粒粒寬；f3）籽粒粒長/籽粒粒寬。

6.如序列表的序列1所示的分子標記甲、如序列表的序列2所示的分子標記乙、如序列表的序列3所示的分子標記丙或如序列表的序列4所示的分子標記丁在玉米育種中的應用。