[發(fā)明專利]利用上位性解析毛白楊LncRNA Pto-CRTG及其靶基因Pto-CAD5互作關(guān)系的方法及系統(tǒng)

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201710266801.6
• 申請日: 2017-04-21
• 公開（公告）號: CN108517368B
• 公開（公告）日: 2021-09-24
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 張德強(qiáng);周大凌;杜慶章
• 申請（專利權(quán)）人: 北京林業(yè)大學(xué)
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12M1/34
• 代理公司: 北京清亦華知識產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 11201
• 代理人: 趙天月

1.一種利用上位性解析毛白楊LncRNA Pto-CRTG及靶基因Pto-CAD5互作關(guān)系的方法，其特征在于，所述方法包括：

S1,從毛白楊雜交群體中選取生長量最高和最低的基因型個體；

S2,從所述最高和最低生長量的毛白楊個體的成熟木質(zhì)部樣品中提取總RNA，得到代表毛白楊高生長量的總RNA和低生長量的總RNA；

S3,將提取出的高生長量總RNA等量混合后構(gòu)建高生長量cDNA文庫，同時，將提取出的低生長量總RNA等量混合后構(gòu)建低生長量cDNA文庫，并分別對高生長量cDNA文庫和低生長量cDNA文庫進(jìn)行RNA-seq測序；

S4,基于測序結(jié)果及LncRNA的預(yù)測流程，獲得所述高生長量cDNA文庫和低生長量cDNA文庫中的LncRNA的注釋信息；

S5，基于LncRNA的表達(dá)量，篩選出高生長量與低生長量個體木質(zhì)部中差異表達(dá)倍數(shù)最高的LncRNA Pto-CRTG，以便獲得候選LncRNA Pto-CRTG；

S6,基于所述候選LncRNA Pto-CRTG預(yù)測其Cis作用方式的靶基因；

S7,依據(jù)預(yù)測結(jié)果，從已有毛白楊成熟木質(zhì)部cDNA文庫中分離獲得所述候選LncRNAPto-CRTG的Cis作用方式的靶基因Pto-CAD5；

S8，選擇毛白楊關(guān)聯(lián)作圖群體及測定表型；

S9，依據(jù)所述Pto-CRTG與Pto-CAD5的基因序列，在毛白楊關(guān)聯(lián)群體中進(jìn)行SNP的發(fā)現(xiàn)與基因型分型；

S10，依據(jù)Pto-CRTG與Pto-CAD5基因在毛白楊關(guān)聯(lián)群體中的各SNP位點(diǎn)基因型和毛白楊關(guān)聯(lián)群體表型數(shù)據(jù)，進(jìn)行標(biāo)記與性狀的上位性關(guān)聯(lián)分析。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述注釋信息包括選自位置、類型及數(shù)量的至少之一。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，在所述步驟S1中，毛白楊雜交群體中最高和最低生長量個體的選取依據(jù)下列參數(shù)的至少之一：樹高、胸徑和材積。

4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的方法，其特征在于，在所述步驟S4中，最高生長量與最低生長量的LncRNA的預(yù)測流程中，篩選出表達(dá)量大于1.0的LncRNA。

5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述Pto-CAD5是距離Pto-CRTG上下游10kb范圍以內(nèi)的編碼蛋白基因。

6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述LncRNA Pto-CRTG具有SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列，所述Pto-CAD5具有SEQ ID NO：2所示的核苷酸序列。

7.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，在步驟S9中，所述SNP的發(fā)現(xiàn)與基因型分型包括：

S901，毛白楊關(guān)聯(lián)作圖群體基因組總DNA的提取；

S902，LncRNA Pto-CRTG基因及靶基因Pto-CAD5的擴(kuò)增；

S903，PCR產(chǎn)物的克隆與測序；

S904，SNP的發(fā)現(xiàn)和基因型分型。

8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的方法，其特征在于，在步驟S902中，

用于擴(kuò)增LncRNA Pto-CRTG基因的引物具有SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4所示的核苷酸序列，

擴(kuò)增靶基因Pto-CAD5的引物具有SEQ ID NO：5和SEQ ID NO：6所示的核苷酸序列。