[發明專利]擴增引物組、建庫方法及SNP分型方法

在審

• 申請號: 201710232840.4
• 申請日: 2017-04-11
• 公開（公告）號: CN108690843A
• 公開（公告）日: 2018-10-23
• 發明（設計）人: 盛司潼;黃思強
• 申請（專利權）人: 廣州康昕瑞基因健康科技有限公司
• 主分類號: C12N15/11
• 分類號: C12N15/11;C40B50/06
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

本發明涉及分子生物學領域，提供了一種擴增引物組，用于制備擴增產物，所述擴增引物組包括第一引物和第二引物，所述第一引物從3’端至5’端依次包括擴增引物序列和錨定引物序列；所述擴增引物序列用于擴增含待測SNP位點的核酸片段；在擴增產物中，所述錨定引物序列用作測序引物，所述錨定引物序列及其錨定位置位于所述待測SNP位點的同一側。本發明還提供了一種基于上述擴增引物組的建庫方法和SNP分型方法。采用本發明的擴增引物組制備的文庫分子，其上含有測序引物，在SNP分型過程中無需向體系中額外添加測序引物，避免了對多個樣本進行測序時由于測序引物不同而產生的相互干擾，提高了測序效率和準確性。

技術領域

本發明涉及分子生物學領域，更具體地說，涉及一種擴增引物組、建庫方法及SNP分型方法。

背景技術

單核苷酸多態性（Single Nucleotide Polymorphism，SNP）是指基因組上單個核苷酸位置上存在轉換、顛換、插入、缺失等變化，其數量很多，多態性豐富。SNP被認為是遺傳標志，人體許多表型差異、對藥物或疾病的易感性等等都可能與SNP有關，因此SNP的分型對諸多疾病的治療和用藥有著積極的意義。

針對基因檢測，二代高通量測序技術因其準確、靈敏的特性，應用范圍不斷擴大，已涉及生命科學研究以及醫學研究的各個不同方面，利用二代高通量測序技術來進行SNP位點的檢測也是目前的研究熱點之一。但是，基于二代高通量測序技術的SNP分型方法，當同時對多個待測序樣本進行檢測時，需要向測序體系中加入多種測序引物，不同測序引物之間容易產生相互干擾，使得多位點測序準確性降低，從可能降低SNP分型檢測的準確率。

因此，需要一種新的擴增引物組、建庫方法及SNP分型方法，能夠避免在同一體系中同時對多個待測SNP位點進行檢測時，不同測序引物之間相互干擾的現象。

發明內容

本發明的目的在于提供一種擴增引物組、建庫方法及SNP分型方法，旨在解決現有技術在同一體系中同時對多個SNP位點檢測時，不同測序引物之間相互干擾的問題。

本發明的一個目的在于提出一種擴增引物組，用于制備擴增產物，所述擴增引物組包括第一引物和第二引物，所述第一引物從3’端至5’端依次包括擴增引物序列和錨定引物序列；所述擴增引物序列用于擴增含待測SNP位點的核酸片段；在擴增產物中，所述錨定引物序列用作測序引物，所述錨定引物序列及其錨定位置位于所述待測SNP位點的同一側。

優選的，所述第二引物上含有切割位點；所述切割位點為尿嘧啶或限制性內切酶切割位點。

優選的，所述擴增引物序列長度為15至25bp；所述錨定引物序列長度為15至20bp。

優選的，所述擴增引物序列錨定的退火溫度為57至63℃；所述錨定引物序列錨定的退火溫度為42至50℃。

本發明的第二個目的在于提出一種建庫方法，包括以下步驟：

A、利用擴增引物組對含待測SNP位點的核酸片段進行PCR擴增，得到擴增產物；所述擴增物組包括第一引物和第二引物，所述第一引物從3’端至5’端依次包括擴增引物序列和錨定引物序列；所述擴增引物序列用于擴增含待測SNP位點的核酸片段；在擴增產物中，所述錨定引物序列用作測序引物，所述錨定引物序列及其錨定位置位于所述待測SNP位點的同一側；

B、在擴增產物含錨定引物序列所在端的相對端上連接接頭，得到文庫分子。

優選的，所述錨定引物序列的錨定位置與待測SNP位點之間的距離為1至5bp。

優選的，所述第一引物的5’端含有尿嘧啶，所述步驟B還包括以下步驟：

B0、采用特異性切割尿嘧啶的酶對擴增產物進行切割，得到第一切割產物。