[發明專利]水稻穗長主效QTLPL6-5的定位及與主效QTLPL6-5連鎖的分子標記

有效

• 申請號: 201710209471.7
• 申請日: 2017-03-31
• 公開（公告）號: CN106834524B
• 公開（公告）日: 2020-03-17
• 發明（設計）人: 孫志忠;段美娟;袁定陽;余東;丁佳;譚炎寧;孫學武;盛夏冰;袁貴龍
• 申請（專利權）人: 湖南雜交水稻研究中心;湖南農業大學
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 湖南兆弘專利事務所(普通合伙) 43008
• 代理人: 趙洪;黃麗

本發明提供了一種水稻穗長主效QTLPL6?5的定位及與主效QTLPL6?5連鎖的分子標記。水稻穗長主效QTLPL6?5位于水稻第6染色體長臂上，定位于分子標記RM20118與RM20210之間，且精細定位于RM20118與M6?7之間。分子標記RM20118、M6?7和RM20210均位于水稻第6染色體長臂上，RM20118與M6?7相距1.3Mb，M6?7與RM20210相距1.2Mb。本發明提供的主效QTLPL6?5能夠在不同環境及遺傳背景中穩定檢測，為水稻穗型改良育種提供了新的位點選擇，分子標記為精細定位、克隆水稻穗長QTLPL6?5提供了有力工具。

技術領域

本發明屬于分子生物學及遺傳育種技術領域，具體涉及一種水稻穗長主效QTLPL6-5的定位以及與水稻穗長主效QTLPL6-5連鎖的分子標記。

背景技術

稻穗的長短對著粒密度、一二次枝梗籽粒比例、穗頸彎曲度等性狀的形成具有重要作用，直接影響籽粒結實率和每穗粒數等性狀，最終制約水稻產量的提高。品種矮化之后，收獲指數已很高，進一步提高稻谷產量，應依靠提高生物學產量；不少秈稻育種家認為選育一次枝梗數較多的長穗型大穗品種或組合是解決在高株、高生物學產量的基礎上，同時保證高收獲指數、進一步獲得高產的有效措施。穗粒數、結實率等產量構成要素的形成主要受超顯性作用，而超顯性效應被認為是水稻雜種優勢形成的重要遺傳基礎，成為水稻雜種優勢利用的趨勢。因此，發掘、研究長穗基因具有重要的實際意義。

水稻穗長是典型的數量性狀，前人已利用F2、代換系、高世代回交、DH等不同群體開展有關其QTLs定位的研究，結果不盡相同。吳亞輝等(2013)以日本晴和一個秈稻材料H71D為親本構建F2群體，對穗長(即PL)、一次枝梗數、二次枝梗數、總粒數、穗著粒密度等5個穗部性狀進行QTL定位。檢測到影響穗長的QTL只有位于第6染色體的qPL-6-1，其LOD值為3.23，貢獻率為15.22％。王軍等(2012)以廣陸矮4號為受體、日本晴為供體構建的85個染色體單片段代換系群體為試驗材料，對代換片段上穗長QTL進行鑒定：共檢測到22個穗長QTLs，分布在第10染色體外的11條染色體。Ahamadi等(2008)以Taromemolaei和IR64和構建的59個BC2F5群體為材料，共檢測到8個穗長相關QTLs，分別位于第2、4、11和12染色體上。方萍等(2002)利用IR64和Azucena構建的DH群體對穗長性狀進行QTLs鑒定，高氮水平下檢測到2個控制穗長QTLs，分別位于第1和第4染色體上；低氮水平下檢測到5個穗長QTLs，分別位于第1、3、4、6染色體上。

綜上，絕大部分穗長QTL研究受環境、遺傳因素等限制還處于初定位階段，少有精細定位、克隆穗長QTL的報道；真正能夠穩定遺傳并用于水稻穗長的分子標記輔助選擇的主效QTL更是少見。因此，在多環境下定位并鑒定能夠穩定遺傳的穗長QTL，不僅可以為水稻穗長基因的精細定位及克隆奠定扎實的實驗基礎，同時也為穗長的分子標記輔助改良育種提供有力的分子標記。

發明內容

本發明要解決的技術問題是克服現有技術的不足，提供一種新的水稻穗長主效QTLPL6-5的定位及與主效QTLPL6-5連鎖的分子標記，該主效QTLPL6-5能夠在不同環境及遺傳背景中穩定檢測，為水稻穗型改良育種提供了新的位點選擇，分子標記為精細定位、克隆水稻穗長QTLPL6-5提供了有力工具。

為解決上述技術問題，本發明采用以下技術方案：

一種水稻穗長主效QTLPL6-5(也可為“QTL PL6-5”)的定位，所述水稻穗長主效QTLPL6-5位于水稻第6染色體長臂上，定位于分子標記RM20118與分子標記RM20210之間，所述分子標記RM20118的正向引物F如SEQ ID No.1所示，所述分子標記RM20118的反向引物R如SEQ ID No.2所示，所述分子標記RM20210的正向引物F如SEQ ID No.3所示，所述分子標記RM20210的反向引物R如SEQ ID No.4所示。