[發明專利]辣椒和番茄細菌性瘡痂病菌MLST分子分型方法

有效

• 申請號: 201710161510.0
• 申請日: 2017-03-17
• 公開（公告）號: CN106967798B
• 公開（公告）日: 2021-11-26
• 發明（設計）人: 劉清波;趙廷昌;黃紅梅
• 申請（專利權）人: 湖南農業大學
• 主分類號: C12Q1/689
• 分類號: C12Q1/689;C12N15/11;G16B20/00
• 代理公司: 北京知本村知識產權代理事務所(普通合伙) 11039
• 代理人: 劉江良

1.一種用于辣椒和番茄細菌性瘡痂病菌分子分型的擴增引物對組合，其特征在于：所述擴增引物對組合中各引物對序列為：

glnA1: TCATCTTCGATTCGGTGCG

glnA2:AGGCGCTTGTAGCTGTTGG

trpB 1:CCATGTAGACCACGCATTCCA

trpB2: GCCCATCAGTGACTTTTACGC

aroE1:CGCAGGTCTTCGATGTAACGC

aroE2: CCTGTCGCCCATTCGCTGT

gltA1: ACCTTGTGGGTCATCTCGC

gltA2: GGCCGCCATCCGTTTGA

leuA1:ACGACCGTATCCAACCAGACC

leuA 2: TGGTGAAGCCGACCGTGT

petC 1: GAACAGGACCACCCATACGC

petC 2: CGGCTGCCATTCGTTGA

adk1: GCCTTGCTGATGCGTTCCA

adk2: CCCAGGCGACACGTCTCAA。

2.一種利用權利要求1所述的引物對組合進行辣椒和番茄細菌性瘡痂病菌分子分型的方法，其特征在于：其中所述分子分型是將4種辣椒和番茄細菌性瘡痂病菌進行分型，即：group1屬于Xanthomonas euvesicatoria，標準菌株為ICMP98；group2組屬于X. perforans，標準菌株為ICMP16690；group 3組屬于X. vesicatoria，標準菌株為ICMP63；group 4組屬于 X. gardneri，標準菌株為ICMP16689，該方法用所述引物對組合對樣品進行PCR擴增，將擴增產物進行檢測和測序，用軟件進行序列比對，獲得菌株序列型，在線采用eBURSTV3程序進行序列型分析，可將所述4種病原菌有效區分。

3.如權利要求2所述的方法，其中PCR擴增的50 μL反應體系如下：

ddH₂O 36μl

含Mg²⁺的10×PCR buffer 5 μL

2.5 mM dNTPs 4 μL

10 μM 正向Primer 1 μL

10 μM 反向Primer 1 μL

5U/μl Taq DNA聚合酶 1 μL

10~50 ng/μl DNA模板 2 μL

PCR反應條件為：預變性溫度95℃，5min；變性溫度95℃，30 s；退火溫度60℃，30 s；延伸溫度72℃，30 s；一共32個循環，最后延伸的溫度是72℃，5 min。