[發(fā)明專利]用于篩選腸癌和/或胃癌的基因標(biāo)志物的方法、用該方法篩選的基因標(biāo)志物及其用途

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201710020252.4
• 申請(qǐng)日: 2017-01-11
• 公開（公告）號(hào): CN106755464A
• 公開（公告）日: 2017-05-31
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 陸星宇;宋艷群
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 上海易畢恩基因科技有限公司
• 主分類號(hào): C12Q1/68
• 分類號(hào): C12Q1/68
• 代理公司: 北京市金杜律師事務(wù)所11256
• 代理人: 孟凡宏

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及通過高通量測(cè)序篩選基因標(biāo)志物的領(lǐng)域。具體地，本發(fā)明涉及通過高通量測(cè)序?qū)δc癌和/或胃癌的基因標(biāo)志物進(jìn)行篩選的方法，以及利用該方法篩選出的基因標(biāo)志物及其用途。

背景技術(shù)

隨著生活環(huán)境和習(xí)慣的改變，近些年來癌癥的發(fā)病率在世界范圍內(nèi)逐年升高，人們對(duì)其關(guān)注也隨之增加。胃癌和腸癌分別是我國(guó)第二大和第三大高發(fā)癌，屬于發(fā)病率和病死率都非常高的惡性腫瘤，它們的發(fā)生和發(fā)展是一個(gè)多因素參與和多階段累積致癌的復(fù)雜過程。本著現(xiàn)有通行的癌癥早發(fā)現(xiàn)早治療方案，越早期發(fā)現(xiàn)，越有可能早期控制甚至治愈癌癥。如何對(duì)胃癌和腸癌進(jìn)行早期診斷，及時(shí)治療，正確地判斷預(yù)后，逐漸受到人們重視。

傳統(tǒng)篩查方法有胃腸鏡檢查和大便隱血試驗(yàn)，但都有自身不可克服的缺點(diǎn)。胃腸鏡加病理活檢被認(rèn)為是胃腸癌癥篩查和診斷的金標(biāo)準(zhǔn)，但是因?yàn)殓R檢的侵入性和腸道準(zhǔn)備的不適，很多病人不愿意接受腸胃鏡檢查。最近有研究表明腸鏡對(duì)右側(cè)結(jié)腸內(nèi)常見的扁平息肉的診斷效果不好，腸鏡篩查并不能降低右側(cè)結(jié)腸癌的發(fā)病率。大便隱血試驗(yàn)是另一種臨床上常用的大腸癌篩查方法，該法有完全無創(chuàng)和廉價(jià)等優(yōu)點(diǎn)，但是其檢測(cè)腫瘤的準(zhǔn)確性低，通過免疫化學(xué)的改進(jìn)方法也僅能檢測(cè)到50-60％的大腸癌和30％左右的癌前腺瘤。并且，該檢測(cè)方法假陽性率較高，故很難得到推廣和普及。

除以上傳統(tǒng)篩查方法以外，人們還在不斷探索其他方法，以提高早期診斷率，腫瘤標(biāo)志物是其中之一。例如，通過DHPLC分析發(fā)現(xiàn)T1151A作為錯(cuò)配修復(fù)基因hMLH1上的一個(gè)多態(tài)位點(diǎn)，可作為胃及大腸腫瘤，尤其是低齡胃及大腸腫瘤高危人群篩選的候選指標(biāo)(參見張曉梅等，《腫瘤》，2005，25(1)：62-65)。采用CA19-9(糖類胃腸癌相關(guān)抗原)和SA(唾液酸)的腫瘤標(biāo)志物聯(lián)合檢測(cè)對(duì)結(jié)/直腸癌和胃/賁門癌的檢測(cè)陽性率分別可以達(dá)到76.7％和82.5％(參見蔡發(fā)成等，《實(shí)用醫(yī)技雜志》，2005，12(3B)：722-723)。此外，我國(guó)還開發(fā)了C12蛋白芯片檢測(cè)系統(tǒng)，通過分析血清中CA19-9、神經(jīng)元特異性烯醇化酶(NSE)、癌胚抗原(CEA)、糖原242(CA242)、糖原125(CA125)、糖原153(CA15-3)、甲胎蛋白(AFP)、鐵蛋白、人絨毛膜促性腺激素(HCG)、人生長(zhǎng)激素(HGH)中這十種腫瘤標(biāo)志物的表達(dá)水平，以實(shí)現(xiàn)腫瘤的早期診斷和監(jiān)測(cè)。然而，大多數(shù)發(fā)現(xiàn)的腫瘤標(biāo)志物還停留在研究階段，并沒有發(fā)展到臨床診斷階段；或者已經(jīng)應(yīng)用在臨床診斷上，但檢測(cè)準(zhǔn)確度或靈敏度不高。例如，研究發(fā)現(xiàn)，上述C12系統(tǒng)對(duì)胃腸癌患者的總體診斷率為39.21％，I、II、III、IV期患者的診斷率分別為13.73％、33.33％、38.30％、58.03％，表明C12檢測(cè)系統(tǒng)對(duì)晚期胃腸癌的診斷有一定的價(jià)值，但對(duì)早期的敏感性不高(參見楊雪琴等，《南京醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版)》，2008(10)：1285-1289)。

近期，在現(xiàn)有常規(guī)基因標(biāo)記物的基礎(chǔ)上又發(fā)展了另外兩種腸癌的體外診斷方法：來自美國(guó)Exact Sciences公司的Cologuard技術(shù)和來自Epigenomics公司的Epi proColon技術(shù)。前者主要檢測(cè)糞便中的異常DNA變化及人類糞便中存在的潛血紅蛋白；后者檢測(cè)血液游離DNA中的SEPT9甲基化標(biāo)記物。大規(guī)模臨床實(shí)驗(yàn)表明，Cologuard的檢出率效果較好，但需要操作糞便，用戶體驗(yàn)較差；而SEPT9甲基化屬于液體活檢，雖然用戶體驗(yàn)較好，但是特異性和靈敏度都較差(分別為80％和72％)。

因此迫切需要具有高特異性和高靈敏度并可供臨床檢測(cè)使用的胃腸癌的基因標(biāo)志物，使能夠以無創(chuàng)或微創(chuàng)、快捷的方法有效診斷胃腸癌，以改善病人接受長(zhǎng)期監(jiān)測(cè)的意愿。

發(fā)明內(nèi)容

發(fā)明人通過對(duì)正常樣品和腸癌或胃癌樣品進(jìn)行高通量測(cè)序，并對(duì)其中各基因上的5-羥甲基胞嘧啶(5-hmC)含量進(jìn)行分析，出乎意料地發(fā)現(xiàn)了多個(gè)極具信息的可用于檢測(cè)腸癌或胃癌的基因標(biāo)志物。