[發明專利]核酸序列信息的空間定位

有效

• 申請號: 201680055205.7
• 申請日: 2016-07-21
• 公開（公告）號: CN108138225B
• 公開（公告）日: 2022-10-14
• 發明（設計）人: A.索;L.劉;M-J.R.沈;N.薩拉蒂亞;K.M.斯蒂芬斯;A.雅格;T.威爾遜;J.富勒頓;S.M.拉米雷茲;S.卡普蘭;R.潘托賈;B.M.文卡特桑;S.莫迪亞諾
• 申請（專利權）人: 億明達股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/6837
• 分類號: C12Q1/6837;C12Q1/6874
• 代理公司: 北京市柳沈律師事務所 11105
• 代理人: 張文輝

1.用于空間檢測和分析組織樣品中的核酸的捕捉陣列，其包含多個捕捉位點，其中每個捕捉位點包含相同捕捉位點內表面上不同位置處固定化的探針對，其中所述探針對的第一探針包含第一引物結合區序列和獨特的空間地址區序列且不包含捕捉區序列，其中所述空間地址區序列包含對每個捕捉位點獨特的核酸序列以使所述多個捕捉位點的每個捕捉位點的空間地址區序列相對于彼此不同，其中所述探針對的第二探針包含第二引物結合區序列和捕捉區序列且不包含空間地址區序列，其中所述第二探針在所述捕捉位點的每一個處都是相同的序列，其中

所述捕捉區序列包含多聚T捕捉序列，并且所述多聚T捕捉序列被配置為與包含多聚A尾的靶核酸雜交，

其中所述捕捉區序列可延伸以形成固定化的第一互補鏈，所述固定化的第一互補鏈隨后可以與所述探針對的第一探針的空間地址區序列連接以在兩個末端固定化所述第一互補鏈。

2.權利要求1的捕捉陣列，其中捕捉位點中的所述探針對是多個探針對。

3.權利要求2的捕捉陣列，其中所述捕捉陣列的一個或多個捕捉位點具有相同數目的所述第一探針和所述第二探針。

4.權利要求1的捕捉陣列，其中所述捕捉陣列整合到電泳系統中。

5.權利要求4的捕捉陣列，其中整合到所述電泳系統中的所述捕捉陣列的所述捕捉位點配置用于轉移并且捕捉來自組織樣品的核酸，使得來自所述組織樣品的核酸的擴散和捕捉位點間的核酸損失相對于其它方面相同的條件下通過被動擴散發生的被動核酸轉移得以實質性降低。

6.用于空間檢測和分析組織樣品中的核酸的方法，其中所述方法不用于診斷應用，所述方法包括(a)提供權利要求1-5中任一項的捕捉陣列，(b)使所述多個捕捉位點與組織樣品接觸，使得所述陣列上每個捕捉位點的位置可以與所述組織樣品中的位置相關聯；(c)所述組織樣品的核酸與所述多個捕捉位點的探針對的第二探針的多聚T捕捉序列雜交以形成雜交的第二探針；(d)延伸所述雜交的第二探針的所述捕捉區序列以形成靶核酸的固定化的第一互補鏈；和(e)在每個捕捉位點，將所述固定化第一互補鏈與所述探針對的第一探針的空間地址區序列連接以在兩個末端固定化所述第一互補鏈。

7.權利要求6的方法，其還包括(f)使用與所述第一探針的所述第一引物結合區序列互補的引物來合成第二互補鏈；(g)從所述捕捉陣列的表面釋放所述第二互補鏈；(h)分析釋放的第二互補鏈的序列，并且(i)將所述釋放的第二互補鏈的序列與所述組織樣品中的所述核酸的位置相關聯。

8.權利要求7的方法，其中所述組織樣品的核酸與所述第二探針的所述多聚T捕捉區序列雜交包括將所述核酸從所述組織樣品電泳轉移到所述捕捉陣列上。

9.權利要求6的方法，其中所述第一引物結合區序列和所述第二引物結合區序列是不同的。

10.權利要求2的捕捉陣列，其中所述捕捉陣列的一個或多個捕捉位點具有比第二探針多的第一探針。

11.權利要求2的捕捉陣列，其中所述捕捉陣列的一個或多個捕捉位點具有比第一探針多的第二探針。