[發明專利]在用戶定義的切片組織區域中同時定量多種蛋白質

在審

• 申請號: 201680054079.3
• 申請日: 2016-07-15
• 公開（公告）號: CN108350483A
• 公開（公告）日: 2018-07-31
• 發明（設計）人: J.M.貝徹姆;G.米爾斯;C.沃倫;C.梅里特;J.姜;D.L.杜納維;S.克勞德
• 申請（專利權）人: 納米線科技公司;得克薩斯系統大學評議會
• 主分類號: C12Q1/6804
• 分類號: C12Q1/6804;C12Q1/6841;G01N33/68
• 代理公司: 中國專利代理(香港)有限公司 72001
• 代理人: 李志強;黃念

1.一種包括以下的方法：

(1) 使在或來自樣本中至少一個細胞的至少一種蛋白質靶標與至少一種包含靶標結合結構域和信號寡核苷酸的探針接觸；

(2) 向所述樣本的位置提供足以釋放所述信號寡核苷酸的力；和

(3) 收集并鑒定釋放的信號寡核苷酸，從而檢測在或來自被提供力的樣本的特定位置的所述至少一種蛋白質靶標。

2.權利要求1的方法，其中檢測包括確定所述至少一種蛋白質靶標的身份和豐度。

3.權利要求2的方法，其中所述至少一種蛋白質靶標包含至少兩種不同蛋白質靶標或相同蛋白質靶標的至少兩個拷貝。

4.權利要求3的方法，其中檢測包括比較每種不同蛋白質靶標的豐度。

5.權利要求1的方法，所述方法還包括在所述樣本的至少第二特定位置重復至少步驟(2)和(3)，所述第二特定位置至少包含第二細胞。

6.權利要求5的方法，其中檢測包括比較在或來自所述特定位置與在或來自至少第二特定位置的所述至少一種蛋白質靶標的豐度。

7.權利要求6的方法，其中所述至少一個細胞與所述至少第二細胞為相同細胞類型。

8.權利要求6的方法，其中所述至少一個細胞與所述至少第二細胞為不同細胞類型。

9.權利要求8的方法，其中檢測包括比較在或來自第一細胞類型與在或來自所述至少第二細胞類型的所述至少一種蛋白質靶標的豐度。

10.權利要求9的方法，其中所述第一細胞類型與所述至少第二細胞類型獨立地選自正常細胞和異常細胞。

11.權利要求1-10中任一項的方法，其中所述至少一個細胞直接固定于表面或經至少一個其他細胞間接固定于表面。

12. 權利要求11的方法，其中所述樣本為2-1000 μm厚的組織切片。

13.權利要求12的方法，其中所述組織切片得自福爾馬林固定石蠟包埋的(FFPE)樣本。

14.權利要求1-11中任一項的方法，其中所述至少一個細胞為培養細胞、原代細胞或來自外植體的解離細胞。

15.權利要求12或14的方法，其中所述至少一個細胞為固定或未固定的。

16.權利要求1-15中任一項的方法，其中所述至少一個細胞在步驟(2)之前染色或標記，從而使得染色或標記細胞中的亞細胞、細胞或組織相關結構能夠可視化。

17.權利要求1-16中任一項的方法，其中所述至少一種探針還包含位于所述靶標結合結構域與所述信號寡核苷酸之間的接頭。

18.權利要求1-17中任一項的方法，其中所述信號寡核苷酸為單鏈核酸或部分雙鏈核酸。

19.權利要求1-18中任一項的方法，其中負向純化用于自釋放的信號寡核苷酸去除完整探針分子。

20.權利要求19的方法，其中所述負向純化包括親和純化，其包括使完整探針與同所述完整探針的一部分互補的固定化寡核苷酸或固定化抗體或識別并同所述完整探針的一部分結合的蛋白質結合基序接觸。

21.權利要求20的方法，其中所述完整探針的靶標結合結構域包含通用純化標簽或與所述固定化寡核苷酸部分互補或能夠被所述固定化抗體或蛋白質結合基序識別或結合的序列。