[發明專利]宿主DNA作為克羅恩氏病的生物標記物

在審

• 申請號: 201680007943.4
• 申請日: 2016-01-29
• 公開（公告）號: CN107208159A
• 公開（公告）日: 2017-09-26
• 發明（設計）人: A·切爾維諾
• 申請（專利權）人: 恩特姆生物科學公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 北京戈程知識產權代理有限公司11314
• 代理人: 程偉,韓文華

1.一種用于體外診斷患有克羅恩氏病的受試者中克羅恩氏病(CD)活動性的方法，所述方法包括步驟：

a)從所述受試者獲得糞便樣本，

b)確定所述樣本中宿主DNA的相對豐度，

以及

c)當所述相對豐度高于參考值時，診斷所述受試者患有不穩定狀態的克羅恩氏病。

2.一種用于體外診斷受試者中克羅恩氏病活動性的方法，包括步驟：

a)從所述受試者獲得糞便樣本，

b)確定所述樣本中宿主DNA的相對豐度，

c)確定所述樣本中或來自所述受試者的另一生物樣本中的鈣網蛋白水平，

以及

d)當所述相對豐度大于參考值時，并且當所述鈣網蛋白水平大于150μg/mL或250μg/g時，診斷所述受試者患有不穩定狀態的克羅恩氏病。

3.根據權利要求1或2所述的方法，其中所述參考值為約10％。

4.一種用于體外診斷受試者中克羅恩氏病活動性的方法，包括步驟：

a)從所述受試者獲得糞便樣本，

b)確定所述樣本中宿主DNA的相對豐度，

c)確定所述樣本中或來自所述受試者的另一生物樣本中的鈣網蛋白基因水平，

以及

d)當所述相對豐度大于第一參考值時，并且當所述鈣網蛋白基因水平大于第二參考值時，診斷所述受試者患有不穩定狀態的克羅恩氏病。

5.根據權利要求4所述的方法，其中所述第一參考值為約10％。

6.一種用于體外測試患有CD的受試者中治療效率或評估患者對治療的反應的方法，包括以下步驟：

i)根據權利要求1至5中任一項所述的方法，優選根據權利要求1所述的方法診斷施用治療前后的CD活動性，

以及

ii)當施用治療前的狀態不穩定，但施用治療后變得穩定時，得出治療對所述受試者有效的結論。

7.一種用于體外診斷受試者中克羅恩氏病(CD)的方法，包括：

a)從所述受試者獲得糞便樣本，

b)確定所述樣本中宿主DNA的相對豐度，

以及

c)當所述相對豐度高于參考值時，診斷所述受試者患有克羅恩氏病。

8.根據權利要求7所述的方法，其中所述受試者疑似患有克羅恩氏病。

9.根據權利要求7或8所述的方法，其中所述參考值為約1％。

10.一種用于體外診斷受試者中克羅恩氏病(CD)的方法，包括：

a)從所述受試者獲得糞便樣本，

b)確定所述樣本中宿主DNA的相對豐度，

c)確定所述樣本中或來自所述受試者的另一生物樣本中的鈣網蛋白水平，

以及

d)當所述相對豐度大于參考值時，并且當所述鈣網蛋白水平大于150μg/mL時，診斷所述受試者患有克羅恩氏病。

11.根據權利要求10所述的方法，其中所述參考值為約1％。

12.一種用于體外診斷受試者中克羅恩氏病(CD)的方法，包括：

a)從所述受試者獲得糞便樣本，

b)確定所述樣本中宿主DNA的相對豐度，

c)確定所述樣本中或來自所述受試者的另一生物樣本中的鈣網蛋白基因水平，

以及

d)當所述相對豐度大于第一參考值時，并且當所述鈣網蛋白基因水平大于第二參考值時，診斷所述受試者患有克羅恩氏病。

13.根據權利要求12所述的方法，其中所述參考值為約1％。

14.根據權利要求1至13中任一項所述的方法，其中所述相對豐度是所述樣本中存在的宿主DNA相較于DNA總量的相對量。

15.根據權利要求1至14中任一項所述的方法，其中所述受試者是人患者。

16.根據權利要求1至15中任一項所述的方法，其中通過定量PCR測量所述豐度。

17.根據權利要求16所述的方法，其中通過使用至少一種核酸片段來測量所述豐度，所述核酸片段選自：序列SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：6所示的核酸片段、其變體及其互補序列。

18.一種用于權利要求1至17中任一項所述的任何方法的試劑盒，其包含：

a)至少一種與宿主DNA特異性雜交的核酸片段，所述核酸片段如權利要求17中所限定；以及

b)進行所述方法的說明書。