[發明專利]一種木質素合成途徑中上位性效應檢測方法

有效

• 申請號: 201611163560.4
• 申請日: 2016-12-15
• 公開（公告）號: CN106636389B
• 公開（公告）日: 2020-10-02
• 發明（設計）人: 張德強;鞏琛銳;杜慶章
• 申請（專利權）人: 北京林業大學
• 主分類號: C12Q1/6858
• 分類號: C12Q1/6858
• 代理公司: 北京高沃律師事務所 11569
• 代理人: 王加貴

本發明提供了一種木質素合成途徑中上位性效應檢測方法，包括以下步驟：1)根據已知木質素合成通路，選取參與合成木質素單體的基因作為目的基因；2)對待測樣品目的基因進行InDel位點基因型分型，獲得待測樣品的基因型數據；3)根據待測樣品的基因型數據和待測樣品的木質素含量，用epiSNP軟件計算目的基因的上位性效應位點；4)對上位性效應位點間的上位性效應的顯著性進行檢測驗證。本發明所述方法利用InDel位點基因型分型，采用簡單的PCR就可以精準、簡便的測定木質素合成通路中的上位性效應，實驗技術成熟，操作簡便，檢測通量高。

技術領域

本發明涉及分子生物學技術領域，尤其涉及一種木質素合成途徑中上位性效應檢測方法。

背景技術

上位性效應是指在群體遺傳學和數量遺傳學中，非等位基因間的遺傳效應為非相加性時，他們之間的遺傳效應稱為上位性效應，也就是位于不同基因座上的基因相互之間產生的非加性的相互作用。研究表明，上位性效應是物種分化、適應性以及雜種優勢的重要遺傳機制。

木質素(Lignin)是一種廣泛存在于植物體中的無定形、分子結構中含有氧代苯丙醇或其衍生物結構單元的芳香性高聚物，其主要存在于植物的木質部中，維持極高的硬度并以此支撐整株植物的重量。木質素主要由三種木質素單體組成，包括p-香豆醇、松柏醇和芥子醇。木質素作為植物體中重要的組成成分，對其合成途徑中的分子遺傳學效應，尤其是合成途徑中上位性效應進行檢測，對于木質素的研究具有重大意義，現有技術中并沒有關于對木質素上位性效應進行有效檢測的報道。

發明內容

有鑒于此，本發明的目的在于提供一種木質素合成途徑中上位性效應檢測方法。

為了實現上述發明目的，本發明提供以下技術方案：

本發明提供了一種木質素合成途徑中上位性效應檢測方法，包括

以下步驟：

1)根據已知木質素合成通路，選取待測樣品中參與合成木質素單體的基因作為目的基因；

2)對所述目的基因進行InDel位點基因型分型，獲得待測樣品的基因型數據；

3)根據所述待測樣品的基因型數據和待測樣品的木質素含量，用epiSNP軟件計算具有上位性效應的位點；

4)對所述上位性效應位點間的上位性效應的顯著性進行檢測驗證。

優選的，所述待測樣品為毛白楊。

優選的，所述目的基因為咖啡酰-輔酶A甲基轉移酶基因6，PtoCCoAOMT6和4-香豆酸-輔酶A連接酶基因7，Pto4CL7。

優選的，所述步驟2)包括以下步驟：

2.1)根據咖啡酰-輔酶A甲基轉移酶基因6，PtoCCoAOMT6和4-香豆酸-輔酶A連接酶基因7，Pto4CL7設計引物，以待測樣品基因組DNA為模板進行PCR擴增，獲得目的基因全長序列，將所述目的基因全長序列進行多重比對，得到InDel位點；

2.2)根據所述InDel位點設計PCR擴增標記引物，所述PCR擴增標記引物包括正向引物和反向引物，所述正向引物的5'末端采用熒光基團修飾；

2.3)用所述PCR擴增標記引物對待測樣本基因組DNA進行PCR擴增，用毛細管熒光凝膠電泳檢測得到的擴增產物：若擴增產物中有兩條條帶，則該InDel位點的基因型為雜合型SL；若擴增產物中有一條條帶且片段大小與雜合型SL中大的片段相同，則該InDel位點基因型為插入純合型LL；若擴增產物中有一條條帶且片段大小與雜合型SL中小的片段相同，則表示該InDel位點為缺失純合型SS。