[發明專利]一種基于發卡結構的目標區域捕獲方法及其應用有效
| 申請號： | 201610877566.1 | 申請日： | 2016-09-30 |
| 公開（公告）號： | CN106399519B | 公開（公告）日： | 2019-07-26 |
| 發明（設計）人： | 鄭衛國;盧文翔;涂慧珍;熊麗娟;朱淼;白云飛;朱毅華;顧萬君 | 申請（專利權）人： | 南京迪康金諾生物技術有限公司;無錫中德美聯生物技術有限公司 |
| 主分類號： | C12Q1/6806 | 分類號： | C12Q1/6806 |
| 代理公司： | 南京經緯專利商標代理有限公司 32200 | 代理人： | 余俊杰 |
| 地址： | 210019 江蘇省南京*** | 國省代碼： | 江蘇;32 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 發卡結構 目標區域 上游引物 擴增 捕獲 下游引物 引物 檢測 捕獲區域 捕獲探針 技術合成 擴增產物 目標捕獲 設計目標 特異性強 引物設計 基因組 靈敏度 全區域 引物組 低通 富集 應用 兼容 消化 | ||
1.一種基于發卡結構的目標區域捕獲方法，其特征在于，包括以下步驟：
第1步、向包含目標捕獲區域的基因組試樣中，加入至少一條上游引物，進行單向擴增反應并形成發卡結構；
第2步、將第1步的單向擴增產物置于冰上，冷卻；
第3步、采用單鏈DNA外切酶對第2步的非特異性擴增產物進行消化，并利用磁珠富集法進一步純化，收集具有發卡結構的目標捕獲序列；
第4步、向具有發卡結構的目標捕獲序列中加入至少一條下游引物，進行富集擴增；
所述方法中采用的上游引物為SEQ ID NO:1～41，下游引物為SEQ ID NO:42～82；所述上游引物的5’端序列為目標捕獲區域下游的反向互補序列，3’端為目標捕獲區域上游特異性擴增序列；其中，上游引物的所述5’端序列的Tm值大于55℃；所述下游引物為上游引物中所述5’端序列。
2.根據權利要求1所述的一種基于發卡結構的目標區域捕獲方法，其特征在于，所述上游引物5’端反向互補區域的Tm值為70～80℃，且大于3’端特異性擴增序列的Tm值。
3.根據權利要求1所述的一種基于發卡結構的目標區域捕獲方法，其特征在于，所述單鏈DNA外切酶具有3’-5’ 核酸外切酶活性或5’-3’ 核酸外切酶活性。
4.根據權利要求1所述的一種基于發卡結構的目標區域捕獲方法，其特征在于，所述單鏈DNA外切酶為核酸外切酶I、核酸外切酶T或核酸外切酶RecJ。
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