[發明專利]基于模塊化因子圖的骨髓瘤信號通路機制確認方法

有效

• 申請號: 201610846098.1
• 申請日: 2016-09-23
• 公開（公告）號: CN106503483B
• 公開（公告）日: 2018-03-13
• 發明（設計）人: 章樂;孔美靜
• 申請（專利權）人: 西南大學
• 主分類號: G06F19/12
• 分類號: G06F19/12
• 代理公司: 北京市廣友專利事務所有限責任公司11237
• 代理人: 張仲波

1.一種基于模塊化因子圖的骨髓瘤信號通路機制確認方法，其特征在于，所述方法包括：

步驟1、獲取RPPA數據；

步驟2、對所述RPPA數據進行預處理，粗粒度篩選關鍵蛋白質；

步驟3、基于所述粗粒度篩選的關鍵蛋白質，構建在細胞剛性環境下，細胞內蛋白質的相互作用通路，形成信號通路；

步驟4、采用常微分方程描述所述信號通路，并使用RPPA數據中高水平表達的蛋白質在不同時間點的采樣數據，確定信號通路中的關鍵參數；

隨后將所述信號通路分解成多個小模塊，針對每個所述小模塊，進行參數優化，獲得較小的參數范圍；針對優化后的信號通路，將整個信號通路分解成兩個子網通路，并針對每個子網通路建立適應函數；

調和所述兩個子網通路中共享的蛋白質的參數，并結合所述較小的參數范圍，得到一個更小的參數范圍；

基于所述更小的參數范圍，進行參數優化，建立系統生物學模型；

步驟5、對所述系統生物學模型進行參數分析，所述參數分析包括穩定性分析和敏感性分析。

2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述步驟1中，RPPA數據的獲取，通過以下方式：

步驟1.1、用壓強為100pa和400pa的細胞膠體模擬正常細胞和腫瘤細胞，記錄不同時間點細胞內蛋白質的濃度；

步驟1.2、利用蛋白質芯片，獲得正常細胞和腫瘤細胞的兩組RPPA數據。

3.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述步驟2具體包括：

步驟2.1、對粗粒度篩選出的全部關鍵蛋白質數據，以t＝0min為標準，進行規范化，所述規范化方法為：

xistand(tj)=xiexp(tj)xiexp(t0)]]>

其中t₀表示t＝0min，表示第i個蛋白質在t_j時刻的濃度，表示第i個蛋白質在t₀時刻的濃度，為規范化后的蛋白質濃度；

步驟2.2、計算正常細胞、腫瘤細胞內蛋白質濃度變化率，具體方式為：

將其中濃度變化大于50％的蛋白質作為有意義的表達的蛋白質，作為粗粒度篩選出的關鍵蛋白質。

4.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述步驟3具體包括：

步驟3.1、基于粗粒度篩選出的關鍵蛋白質，通過IPA數據庫，搜索相互作用的通路；

步驟3.2、在所述步驟3.1中搜索出的通路中，選擇p≤0.05的通路，作為信號通路，其中p表示某蛋白質在該通路中出現的誤差率。