[發明專利]一種基于密碼子對使用頻度的基因密碼子優化方法

有效

• 申請號: 201610838127.X
• 申請日: 2016-09-21
• 公開（公告）號: CN106650307B
• 公開（公告）日: 2019-04-05
• 發明（設計）人: 李陽
• 申請（專利權）人: 武漢伯遠生物科技有限公司
• 主分類號: G16B20/00
• 分類號: G16B20/00;G16B25/10
• 代理公司: 上海精晟知識產權代理有限公司 31253
• 代理人: 馮子玲

1.一種基于密碼子對使用頻度的基因密碼子優化方法，其特征在于，包括以下步驟：

(1)選擇一個表達目的基因的物種，選取該物種大于1000條蛋白高表達的基因，根據這些基因統計該物種的密碼子對實際使用頻度；

(2)根據互聯網數據庫獲得該物種密碼子表，計算出該物種密碼子對理論使用頻度；

(3)根據實際使用頻度和理論使用頻度建立該物種的密碼子對使用頻度表

(4)選擇一個要優化的目的基因，設定低效密碼子對的參數標準，根據需要設定劃分低效密碼子對的參數，主要有兩個參數：1，密碼子對的實際使用頻度mov；2，密碼子對在該物種中的實際使用頻度和理論使用頻度的比值R＝mov/mev；mov和R值越大表明此密碼子對越容易被物種采用，即使R值比較大mov的絕對值也可能小，所以要兩個參數聯合限制，判定密碼子對使用頻度表中低效密碼子對和高效密碼子對；

(5)根據此標準逐個將orf中的密碼子對到密碼子對使用頻度表中去對比分析，并將所有被認為低效的密碼子對標定出來；

(6)對低效密碼子對用高效的統一密碼子對代替，對替換后的序列重復步驟(5)操作，直到orf序列中不存在低效密碼子對。

2.如權利要求1所述的一種基于密碼子對使用頻度的基因密碼子優化方法，其特征在于，密碼子對優化時先對orf序列進行掃描，記錄下所有符合參數設定的低效密碼子對，然后對低效密碼子對用高效的統一密碼子對代替；對替代后的新的DNA序列進行掃描，記錄下符合設定參數的低效密碼子對，如果仍然存在低效密碼子對，繼續執行優化替代，直到新的DNA序列中不再有低效密碼子對，即完成了對整條ORF所有的密碼子對的優化。