[發明專利]腫瘤標志物的系統性檢測方法及其應用

在審

• 申請號: 201610657034.7
• 申請日: 2016-08-11
• 公開（公告）號: CN107727865A
• 公開（公告）日: 2018-02-23
• 發明（設計）人: 韓曉亮;王建銘;徐海;馬竣;宋樂樂;周光朋
• 申請（專利權）人: 博爾誠（北京）科技有限公司;博誠研究中心
• 主分類號: G01N33/68
• 分類號: G01N33/68
• 代理公司: 北京泛華偉業知識產權代理有限公司11280
• 代理人: 李渤

1.一種腫瘤標志物的系統性檢測方法，其特征在于，所述方法包括：

1)針對一種或多種具有腫瘤特異性的核酸序列對生物樣本或其提取物進行高通量檢測；

2)針對一種或多種蛋白質腫瘤標志物對生物樣本或其提取物進行檢測；

3)將步驟1)的高通量檢測結果和步驟2)的檢測結果組合，作為系統性總結果；

其中，所述生物樣本選自細胞系、組織學切片、組織活檢/石蠟包埋的組織、體液、糞便、結腸流出物、尿、血漿、血清、全血、分離的血細胞；從血液中分離的細胞、體液、痰液、咽拭子，或其組合；優選地選自結腸流出物、尿、血漿、血清、全血、分離的血細胞、由血液中分離的細胞中的一種或多種；

所述具有腫瘤特異性的核酸序列選自與腫瘤發生相關的突變基因、與腫瘤發生相關的修飾狀態基因、與腫瘤發生相關的重組DNA、與腫瘤發生相關的融合狀態的RNA、拷貝數量變化與腫瘤發生相關的DNA和RNA、與腫瘤發生相關的抑制小RNA(siRNA)、與腫瘤發生相關的微小RNA(microRNA)或與腫瘤發生相關的非轉錄RNA的核酸序列的一種或多種；

所述蛋白質腫瘤標志物選自具有腫瘤特異性的蛋白質、與腫瘤發生相關的蛋白甲基化修飾或與腫瘤發生相關的組蛋白乙酰化修飾中的一種或多種。

2.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述與腫瘤發生相關的突變基因選自KRAS、BRAF、EGFR中的一種或多種；

優選地，所述與腫瘤發生相關的修飾狀態基因為與腫瘤發生相關的甲基化基因，優選地所述甲基化基因選自GNG4、MIAT、DNM3、CHST2、HOXA9、C1orf70、NBLA00301、SIX6、OLIG2、SIM2、C9orf50、LONRF2、COL4A1、ADHFE1、ITGA4、SEPT9、CTSF、FAM159A、ZNF583、EFHA2、ARHGAP22、CYP1B1、PPFIA4、SPAG6、RNF135、EFNB2、TRIL、LDHB、IGF1R、HOXD8、HOXA11AS、HOXD9、SHOX2、CYBA、AOX1、AMOTL2、C2orf88、WFDC2、SIM1、GHSR、ZNF154、OXT、WDR69、RNF180、C7orf51、ID3、VWCE、CRYGN、C10orf41、ARRDC2、AIM1、RAI1、GABRG3、PTGFR、ZNF805、CCNA1、BCAN、RNLS、HOXD1、ELOVL5、JAKMIP1、CACNB2、PAX2、MCF2L、PDE4D、MAST4、CHD3、PLIN1、PAK1、PROC、TFR2、PITPNM3、WNT7B、PTPRU、NDRG4、HOXXD10、NT5DC3、WNT3A、UBXN10、CDH22、LYPLAL1、F11R、TMEM101、PYY、TERC、PTGER4、FOXL2、BNC1、ADAMTS1中的一種或多種；

優選地，所述與腫瘤發生相關的微小RNA選自hsa-let-7c、hsa-miR-122、hsa-miR-182、hsa-miR-193a、hsa-miR-200c、hsa-miR-203、hsa-miR-218、hsa-miR-155、hsa-let-7b、hsa-miR-411、hsa-miR-450b、hsa-miR-485、hsa-miR-519a、hsa-miR-642、hsa-miR-517b、hsa-miR-520f、hsa-miR-206、hsa-miR-566、hsa-miR-661、hsa-miR-340、hsa-miR-1243、hsa-miR-720、hsa-miR-543和hsa-miR-1267中的一種或多種。

3.如權利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述具有腫瘤特異性的核酸序列的測定方法選自PCR、實時定量PCR、數字PCR、液態芯片、固態芯片、原位雜交、普通測序和高通量測序中的一種或多種。