[發明專利]測序數據的處理方法和處理裝置

有效

• 申請號: 201610161767.1
• 申請日: 2016-03-18
• 公開（公告）號: CN105844116B
• 公開（公告）日: 2018-02-27
• 發明（設計）人: 張必良;曹亮;葉奕棟
• 申請（專利權）人: 廣州市銳博生物科技有限公司;廣州銳康醫學檢驗所有限公司
• 主分類號: G06F19/22
• 分類號: G06F19/22
• 代理公司: 北京康信知識產權代理有限責任公司11240
• 代理人: 趙囡囡,吳貴明

技術領域

本發明涉及測序數據處理領域，具體而言，涉及一種測序數據的處理方法和處理裝置。

背景技術

染色體異?？赡苁菙的可系幕蚪Y構上的。數量異常，包括三體性(多一個染色體)、單體性(丟一個染色體)和多倍性(整個多一套染色體)。結構異常包括由染色體斷裂等引起的結構性重排，如易位、翻轉、缺失和插入。

染色體數量異常，如非整倍性和多倍性，與多種疾病包括出生缺陷及癌癥有關。我國每年新生兒近2000萬，其中約4％～6％存在出生缺陷，其中胎兒染色體異常是臨床最常見的出生缺陷類型之一，據統計約160例新生兒中就有1例是染色體異?；颊?。染色體三體綜合征是染色體疾病中發病率最高的一類，當細胞內某染色體的數目不是正常的兩條而是三條，也即染色體總數目為47條時就會導致三體綜合征。最常見的染色體三體綜合征有：21三體綜合征(T21)、18三體綜合征(T18)和13三體綜合征(T13)。為減少出生缺陷嬰兒的比例，對染色體非整倍性的快速、準確的檢測是必要的。

超聲波掃描技術或生物化學標記物篩查的無創方法，已用于進行染色體異常的風險判斷，但該方法準確率較低，僅為60-80％，且受孕齡等生理因素的影響。而常規的產前診斷方法則需通過侵入性方法如羊膜穿刺或絨毛膜絨毛取樣，因此存在流產風險，且檢測周期較長。1997年，在母體血漿中發現了循環的無細胞胎兒DNA(Lancet.1997Aug 16；350(9076):485-7.Presence of fetal DNA in maternal plasma and serum.Lo YM1,Corbetta N,Chamberlain PF,Rai V,Sargent IL,Redman CW,Wainscoat JS.)。1999年，發現懷有21號染色體三體胎兒的婦女血漿中循環胎兒DNA的濃度明顯高于懷有整倍體胎兒婦女血漿中循環胎兒DNA的濃度(Lo，Y.M.D.et al.，Clin Chem 45：1747-1751(1999)；Zhong，X.Y.et al.，Prenat Diagn 20：795-798(2000))。上述發現為無創產前診斷提供了新的可能性。在此基礎上，產前無創領域取得了諸多進展，如通過甲基化敏感酶富集胎兒DNA以降低母體背景干擾(PCT/US2004/033175 2004.10.08)；通過PCR比對特異基因片段的Ct值以篩查21號三體(CN200610003103.9，2006.02.10)；通過基于RNA-SNP的等位基因擴增檢測推斷胎兒染色體非整倍性(CN200680007354.2，2006.03.17)。然而對胎兒DNA的富集耗時耗力，且擴增技術要求序列的特異性或基因的雜合性，使其難以成為一種通用的技術。

2008年，Rossa W.K.Chiu等人提出測序手段可獲得外周血中核酸分子的大量信息(Rossa W.K.Chiu，et al.Noninvasive prenatal diagnosis of fetal chromosomal aneuploidy by massively parallel genomic sequencing of DNA in maternalplasma.PNAS，2008，105：20458-20463)，并發現，在臨床意義染色體上有異常的樣本中，其臨床意義染色體有異常的核酸分子的量與背景染色體的核酸分子的量的比值參數，與由正常樣本所建得的一個或多個正常對照值的參數存在差異。由此，基于高通量測序的方法可用來檢測染色體異常，并消除了對特異序列擴增的依賴。但現有的基因組測序檢測方法需要將待測樣本與多個樣本或標準正常樣本進行比對分析，耗時長，對樣本需求量大(如，申請號為CN200880108377.1的中國專利申請)，且對各批次樣本實驗條件的一致性有嚴格要求，制約了其便捷化與高通量的應用。

因此，仍需要對現有的處理測序數據的方法進行改進，以提高數據處理的準確性。

發明內容

本發明的主要目的在于提供一種測序數據的處理方法和處理裝置，以提高對測序數據處理的準確性。