[發明專利]一種用于檢測ALK融合斷裂點的探針組及試劑盒

在審

• 申請號: 201610151448.2
• 申請日: 2016-03-16
• 公開（公告）號: CN105671176A
• 公開（公告）日: 2016-06-15
• 發明（設計）人: 伍建;林朋
• 申請（專利權）人: 北京邁基諾基因科技有限責任公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/11
• 代理公司: 北京國坤專利代理事務所(普通合伙) 11491
• 代理人: 姜彥

技術領域

本發明屬于基因檢測及分子遺傳學領域，具體涉及一種用于檢測ALK融合斷裂點的探針組及試劑盒。

背景技術

ALK融合基因是非小細胞肺癌(NSCLC)患者接受靶向治療中重要的依據。ALK陽性的NSCLC雖然僅占全部NSCLC的5％，但是每年新發病例數在中國仍接近30,000例。同時，ALK融合基因可發生多個位點的斷裂，同時其可以和多種基因發生融合，根據斷裂點的不同可區分為許多種，為檢測帶來了極大的困難。為了準確檢測ALK融合基因以及利用基因捕獲加二代測序技術，檢測ALK融合基因。綜上所述，本發明提供了一種檢測ALK融合的捕獲探針組及試劑盒。

發明內容

本發明的目的在于提供一種用于檢測ALK融合斷裂的捕獲探針組及其試劑盒，所述探針組包含能特異性捕獲ALK全外顯子的探針。可以全面、快速、準確的檢測ALK融合及斷裂。

一方面，本發明提供一種用于檢測ALK融合斷裂的探針組，所述探針組包含230個寡核苷酸探針，所述230個寡核苷酸探針的堿基序列如SEQIDNo.1-230所示。

另一方面，本發明提供一種用于一種檢測ALK融合斷裂的試劑盒。所述試劑盒包括：本發明所述的用于ALK融合斷裂檢測的探針組、富集緩沖液BL、富集緩沖液HY、文庫富集結合緩沖液、洗滌緩沖液WB1、洗滌緩沖液WB2、文庫富集洗脫液、緩沖液NE、PCR反應液、產物純化洗脫液。

本發明所提供的檢測ALK融合斷裂序列的操作過程，包括以下幾個步驟：

(1)設計相應的捕獲探針

(2)DNA提取、片段化及構建DNA文庫

(3)文庫目標區域捕獲及定量

(4)新一代基因測序

(5)基因序列的生物信息分析

(6)腫瘤基因的突變信息分析

優選的，本發明提供一種對ALK融合基因進行全基因深度捕獲并高通量測序，找到斷裂點的方法。進一步針對斷裂點設計個性化引物進而對預后進行監測。具體為：從待測樣本中提取DNA進行ALK基因的捕獲，進行新一代測序分析，序列分析ALK基因，找出ALK融合基因以及斷裂點的位置；設計個性化的引物去擴增ALK基因融合位置，檢測樣本血液中的融合基因所占比例，對預后進行監測。

更優選的，本發明提供一種對ALK融合基因進行捕獲的方法，具體捕獲過程包括：對待檢測DNA全基因組進行隨機打斷成200-300bp大小的片段后，部分片段同時含有ALK和其融合基因的序列；邁基諾公司擁有ALK外顯子的捕獲探針SEQIDNo.1-230，該探針進一步修飾后攜帶生物素標記，并能特異性雜交ALK相關的序列，因此含有ALK和其融合基因的序列通過探針上生物素與磁珠的結合，被特異性雜交下來；將不含ALK的序列洗滌除去后；通過對融合片段進行左端100bp，右端100bp測序可以發現，如果右邊是ALK序列，而左端序列為于其他基因上，則能夠判斷出ALK融合的基因類型。

本發明具有以下有益效果：

1、本發明涉及了可進行快速準確捕獲ALK融合基因序列的探針組，能夠提高檢測特異性，對捕獲出目標區域的文庫標本利用高通量測序技術使用HiSeq2000測序，通量高、準確度高、成本低。

2、本發明靈敏度高，并由于該方法是以DNA文庫的方式進行捕獲測序，因此，樣品DNA的部分降解對最后的結果幾乎不會產生影響，而過量的探針，保證了對目標片段的完全捕獲，所以，即使可能出現的某些豐度較低的變異DNA也能被捕獲并檢測出來，其靈敏度相對于傳統的Sanger測序要高出許多。為全面檢測準確的進行ALK融合基因序列檢測提供了更好的平臺。

具體實施方式

以下通過實施案例對本發明作進一步闡述。

實施例1：本發明探針組的設計和制備