[發明專利]一種用于檢測ALK融合斷裂點的探針組及試劑盒

在審

• 申請號: 201610151448.2
• 申請日: 2016-03-16
• 公開（公告）號: CN105671176A
• 公開（公告）日: 2016-06-15
• 發明（設計）人: 伍建;林朋
• 申請（專利權）人: 北京邁基諾基因科技有限責任公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/11
• 代理公司: 北京國坤專利代理事務所(普通合伙) 11491
• 代理人: 姜彥

1.一種用于檢測ALK融合基因的探針組序列，其特征在于：所述探針為DNA序列，所述探針根據ALK基因的全外顯子區序列設計，所述具體探針序列為SEQID：1-230，每條探針長度為78bp的寡核苷酸。

2.根據權利要求1的探針序列，其特征在于：所述具體探針序列為SEQID：1-230。

3.一種檢測ALK融合基因的捕獲測序方法，其特征在于：利用權利要求2所述的探針進行雜交捕獲和測序分析。

4.根據權利要求3所述的方法，具體步驟為：

1)制備DNA全基因組文庫

2)捕獲目標基因區域；

3)基因測序：利用新一代測序儀進行高通量測序；

4)基因序列的生物信息分析。

5.根據權利要求4的方法，其特征在于：

其中步驟2)中的所述的捕獲目標基因區域具體步驟為：1)捕獲探針的設計與制備；2)目標基因的雜交捕獲；其中步驟3)中的基因測序具體為：采用第二代測序技術—如IlluminaNexseq500測序平臺，LifeTech公司的IonProton測序儀等平臺，從而獲得樣本中的核酸分子的核苷酸序列；其中步驟4)中所述的生物信息學分析具體為對ALK融合斷裂序列進行分析；其中步驟4)中所述的生物信息分析具體為：SNP分析流程；InDel分析流程；FusionGene分析流程。

6.根據權利要求4所述的方法，其特征在于：所述1)具體步驟為：

對待檢測DNA全基因組進行隨機打斷成200-300bp大小的片段后，部分片段同時含有ALK和其融合基因的序列；將所述ALK外顯子的捕獲探針SEQIDNo.1-230，該探針進一步修飾后攜帶生物素標記，并能特異性雜交ALK相關的序列，因此含有ALK和其融合基因的序列通過探針上生物素與磁珠的結合，被特異性雜交下來；將不含ALK的序列洗滌除去后；通過對融合片段進行左端100bp，右端100bp測序可以發現，如果右邊是ALK序列，而左端序列為于其他基因上，則能夠判斷出ALK融合的基因類型。

7.一種用于檢測ALK融合斷裂點的試劑盒，其特征在于：所述試劑盒含有所述ALK基因的全外顯子捕獲探針組、富集緩沖液BL、富集緩沖液HY、文庫富集結合緩沖液、洗滌緩沖液WB1、洗滌緩沖液WB2、文庫富集洗脫液、緩沖液NE、PCR反應液、產物純化洗脫液，用于對ALK基因捕獲產物進行檢測。

8.如權利要求6所述的探針在制備ALK融合基因檢測試劑盒中的應用。

9.一種如權利要求6所述的試劑盒，其特征在于：在檢測ALK融合斷裂序列中的應用。