[發(fā)明專利]一種評(píng)價(jià)轉(zhuǎn)GmDREB1抗逆小麥非預(yù)期效應(yīng)的方法

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201610109125.7
• 申請(qǐng)日: 2016-02-26
• 公開（公告）號(hào): CN105543398B
• 公開（公告）日: 2019-01-25
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 姜奇彥;張輝;胡正;孫現(xiàn)軍;牛風(fēng)娟;李新海;馬有志
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物科學(xué)研究所
• 主分類號(hào): C12Q1/6809
• 分類號(hào): C12Q1/6809
• 代理公司: 北京紀(jì)凱知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11245
• 代理人: 關(guān)暢;白艷

1.一種評(píng)價(jià)抗逆性轉(zhuǎn)GmDREB1植物具有非預(yù)期效應(yīng)的方法，包括如下步驟：

1)、對(duì)正常條件下培養(yǎng)轉(zhuǎn)GmDREB1植物、逆境條件下培養(yǎng)轉(zhuǎn)GmDREB1植物、正常條件下培養(yǎng)受體植物和逆境條件下培養(yǎng)受體植物進(jìn)行RNA-seq測(cè)序分析，得到正常條件下培養(yǎng)轉(zhuǎn)GmDREB1植物表達(dá)基因譜、逆境條件下培養(yǎng)轉(zhuǎn)GmDREB1植物表達(dá)基因譜、正常條件下培養(yǎng)受體植物表達(dá)基因譜和逆境條件下培養(yǎng)受體植物表達(dá)基因譜；

2)、比較所述正常條件下培養(yǎng)轉(zhuǎn)GmDREB1植物表達(dá)基因譜和所述逆境條件下培養(yǎng)轉(zhuǎn)GmDREB1植物表達(dá)基因譜，有差異的表達(dá)基因，記作轉(zhuǎn)GmDREB1植物環(huán)境效應(yīng)引起的差異表達(dá)基因組；

比較所述正常條件下培養(yǎng)受體植物表達(dá)基因譜和所述逆境條件下培養(yǎng)受體植物表達(dá)基因譜，有差異的表達(dá)基因，記作受體植物環(huán)境效應(yīng)引起的差異表達(dá)基因組；

比較所述正常條件下培養(yǎng)轉(zhuǎn)GmDREB1植物表達(dá)基因譜和在所述正常條件下培養(yǎng)受體植物表達(dá)基因譜，有差異的表達(dá)基因，記作正常環(huán)境轉(zhuǎn)GmDREB1植物轉(zhuǎn)基因效應(yīng)差異表達(dá)基因組；

比較所述逆境條件下培養(yǎng)轉(zhuǎn)GmDREB1植物表達(dá)基因譜和所述逆境條件下培養(yǎng)受體植物表達(dá)基因譜，有差異的表達(dá)基因，記作逆境環(huán)境轉(zhuǎn)GmDREB1植物轉(zhuǎn)基因效應(yīng)差異表達(dá)基因組；

由所述轉(zhuǎn)GmDREB1植物環(huán)境效應(yīng)引起的差異表達(dá)基因組和所述受體植物環(huán)境效應(yīng)引起的差異表達(dá)基因組組成環(huán)境效應(yīng)引起的差異表達(dá)基因譜；

由所述正常環(huán)境轉(zhuǎn)GmDREB1植物轉(zhuǎn)基因效應(yīng)差異表達(dá)基因組和所述逆境環(huán)境轉(zhuǎn)GmDREB1植物轉(zhuǎn)基因效應(yīng)差異表達(dá)基因組組成轉(zhuǎn)基因效應(yīng)相關(guān)差異表達(dá)基因譜；

比對(duì)所述轉(zhuǎn)基因效應(yīng)相關(guān)差異表達(dá)基因譜和所述環(huán)境效應(yīng)引起的差異表達(dá)基因譜，選取二者的差異表達(dá)基因且隸屬于所述轉(zhuǎn)基因效應(yīng)相關(guān)差異表達(dá)基因譜的基因，記作轉(zhuǎn)基因效應(yīng)引起的特異差異表達(dá)基因；

比對(duì)所述轉(zhuǎn)GmDREB1植物環(huán)境效應(yīng)引起的差異表達(dá)基因組和所述受體植物環(huán)境效應(yīng)引起的差異表達(dá)基因組：將種類相同的差異表達(dá)基因記作逆境脅迫下所述轉(zhuǎn)GmDREB1植物和所述受體植物共同差異表達(dá)基因組；將種類不相同且隸屬于所述受體植物環(huán)境效應(yīng)引起的差異表達(dá)基因組的差異表達(dá)基因，記作逆境脅迫下所述受體植物單獨(dú)變化的環(huán)境效應(yīng)引起差異表達(dá)基因組；將種類不相同且隸屬于所述轉(zhuǎn)GmDREB1植物環(huán)境效應(yīng)引起的差異表達(dá)基因的差異表達(dá)基因，記作逆境脅迫下所述轉(zhuǎn)GmDREB1植物單獨(dú)變化的環(huán)境效應(yīng)引起差異表達(dá)基因組；

3)分析所述轉(zhuǎn)基因效應(yīng)引起的特異差異表達(dá)基因、所述逆境脅迫下轉(zhuǎn)GmDREB1植物和受體植物共同差異表達(dá)基因組、所逆境脅迫下受體植物單獨(dú)變化的環(huán)境效應(yīng)引起差異表達(dá)基因組、所述逆境脅迫下轉(zhuǎn)GmDREB1植物單獨(dú)變化的環(huán)境效應(yīng)引起差異表達(dá)基因組，

若滿足如下A或A+B+C，則所述轉(zhuǎn)GmDREB1植物存在非預(yù)期效應(yīng)；

若不滿足A或A+B+C，則所述轉(zhuǎn)GmDREB1植物不存在非預(yù)期效應(yīng)；

所述A為轉(zhuǎn)基因效應(yīng)引起的特異差異表達(dá)基因在轉(zhuǎn)GmDREB1植物和受體植物之間存在差異表達(dá)且該轉(zhuǎn)基因效應(yīng)引起的特異差異表達(dá)基因與致敏因子或毒性因子的產(chǎn)生相關(guān)：

所述B為從逆境脅迫下轉(zhuǎn)GmDREB1植物和受體植物共同差異表達(dá)基因組中選取在逆境脅迫下在轉(zhuǎn)GmDREB1植物和受體植物為同一表達(dá)模式且表達(dá)倍數(shù)不同的差異基因的功能與抗逆無關(guān)，且能引起致敏或毒性因子的產(chǎn)生；

所述C為所述逆境脅迫下轉(zhuǎn)GmDREB1植物單獨(dú)變化的差異表達(dá)基因組和所述逆境脅迫下所述受體植物單獨(dú)變化的差異表達(dá)基因組所有基因中至少一個(gè)基因的功能與抗逆無關(guān)，且能引起致敏或毒性因子的產(chǎn)生。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于：

步驟2)中，所述比較用火山圖展示或DESeq；

所述比對(duì)采用Ven圖分析；

步驟3)中，檢測(cè)所述差異基因是否與抗逆無關(guān)采用GO功能分析；

檢測(cè)所述差異基因是否能引起致敏或毒性因子的產(chǎn)生采用GO功能分析或比對(duì)致敏因子或毒性因子數(shù)據(jù)庫(kù)；

所述A中轉(zhuǎn)基因效應(yīng)引起的特異差異表達(dá)基因在轉(zhuǎn)GmDREB1植物和受體植物之間存在差異表達(dá)是通過熒光定量PCR和半定量PCR確定。

3.根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的方法，其特征在于：

所述抗逆性為抗鹽性；

所述逆境脅迫為鹽脅迫。