[發明專利]用于普通野生稻遺傳完整性分析的引物組合及其應用

有效

• 申請號: 201610044938.2
• 申請日: 2016-01-22
• 公開（公告）號: CN105543377B
• 公開（公告）日: 2019-04-16
• 發明（設計）人: 黎毛毛;辛霞;吳錦文;尹廣鹍;余麗琴;張金梅;李慧;陳曉玲;熊玉珍;盧新雄
• 申請（專利權）人: 江西省農業科學院水稻研究所;中國農業科學院作物科學研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 北京路浩知識產權代理有限公司 11002
• 代理人: 王文君

本發明涉及遺傳完整性分析引物，具體公開了用于普通野生稻遺傳完整性分析的SSR分子標記核心引物及其應用。本發明以江西普通野生稻為材料，通過大量實驗研究，篩選出了一批可用于普通野生稻遺傳完整性分析的SSR核心引物，建立了用于普通野生稻遺傳完整性分析的引物組合，并基于此，建立了分析方法。本發明提供的分析方法適用于普通野生稻種質遺傳完整性的分析。所篩選的引物組合和最少90個單株的群體量，為準確分析普通野生稻種質保存和繁殖更新過程中遺傳完整性檢測提供了標準方法。

技術領域

本發明涉及遺傳完整性分析引物，具體地說，涉及用于普通野生稻遺傳完整性分析的SSR分子標記核心引物。

背景技術

普通野生稻是栽培稻的近緣祖先種，蘊藏著大量優良基因資源，其親和性好，雜交結實率高，是栽培稻育種的珍貴基因資源。普通野生稻是我國野生稻中分布最廣的一個種，然而，近幾十年來，由于環境破壞等原因，其分布面積極大退化。普通野生稻種質資源保護的主要方式包括：原生境保護、種質圃保護和種質庫保存種子。其保護保存的目標十分明確：保持其遺傳完整性和多樣性。

種質遺傳完整性是指種質原始遺傳組成狀態。種質資源保護和保存需要保證在保存和繁殖更新過程中群體的遺傳結構得到完全的保持，包括基因型頻率及等位基因頻率等與原始群體保持一致。因此準確評價種質的遺傳完整性具有重要的理論和實踐意義。

因此，亟需獲得可用于普通野生稻遺傳完整性分析的SSR核心引物，并建立普通野生稻遺傳完整性分析方法。

發明內容

為了解決現有技術中存在的問題，本發明的目的是提供一種用于普通野生稻遺傳完整性分析的引物組合及其應用。

為了實現本發明目的，本發明的技術方案如下：

本發明提供一套用于普通野生稻遺傳完整性分析的SSR核心引物組合與方法，所述方法是基于SSR分子標記原理，采用經過前期大量篩選工作所獲得的25對多態性核心引物，對90～160個單株的普通野生稻基因組DNA進行擴增，利用生物分析軟件統計分析群體的遺傳多樣性指數，反映群體的遺傳完整性保持情況。

第一方面，本發明提供用于普通野生稻遺傳完整性分析的引物組合，其由如下25個引物對組成：

SSR01：正向引物如SEQ ID NO.1所示；反向引物如SEQ ID NO.2所示；

SSR02：正向引物如SEQ ID NO.3所示；反向引物SEQ ID NO.4所示；

SSR03：正向引物如SEQ ID NO.5所示；反向引物如SEQ ID NO.6所示；

SSR04：正向引物如SEQ ID NO.7所示；反向引物如SEQ ID NO.8所示；

SSR05：正向引物如SEQ ID NO.9所示；反向引物如SEQ ID NO.10所示；

SSR06：正向引物如SEQ ID NO.11所示；反向引物如SEQ ID NO.12所示；

SSR07：正向引物如SEQ ID NO.13所示；反向引物如SEQ ID NO.14所示；

SSR08：正向引物如SEQ ID NO.15所示；反向引物如SEQ ID NO.16所示；

SSR09：正向引物如SEQ ID NO.17所示；反向引物如SEQ ID NO.18所示；

SSR10：正向引物如SEQ ID NO.19所示；反向引物如SEQ ID NO.20所示；

SSR11：正向引物如SEQ ID NO.21所示；反向引物如SEQ ID NO.22所示；