[發(fā)明專利]一種基于鄰接蛋白的蛋白功能注釋方法在審
| 申請?zhí)枺?/td> | 201610012805.7 | 申請日： | 2016-01-11 |
| 公開（公告）號： | CN105678109A | 公開（公告）日： | 2016-06-15 |
| 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人： | 郝彤;彭瑋;孫金生 | 申請（專利權(quán)）人： | 天津師范大學(xué) |
| 主分類號： | G06F19/18 | 分類號： | G06F19/18 |
| 代理公司： | 天津市杰盈專利代理有限公司 12207 | 代理人： | 朱紅星 |
| 地址： | 300387 *** | 國省代碼： | 天津;12 |
| 權(quán)利要求書： | 查看更多 | 說明書： | 查看更多 |
| 摘要： | |||
| 搜索關(guān)鍵詞： | 一種 基于 鄰接 蛋白 功能 注釋 方法 | ||
1.一種基于鄰接蛋白的蛋白功能注釋方法，其特征在于它是由確定未知功能蛋白、統(tǒng) 計(jì)未知功能蛋白鄰接節(jié)點(diǎn)注釋信息以及添加未知功能蛋白GO注釋組成，使用perl語言實(shí)現(xiàn) 該算法，具體步驟如下：
（1）確定未知功能蛋白:蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)中，相互作用的兩個蛋白稱之為節(jié)點(diǎn)，其相互 之間的作用稱之為邊,蛋白互作網(wǎng)絡(luò)中的已知蛋白是指在GeneOntology數(shù)據(jù)庫中能夠根 據(jù)蛋白編號找到相應(yīng)的GO功能注釋的蛋白，而相對的，無法找到GO功能注釋的蛋白即為未 知功能蛋白；
（2）統(tǒng)計(jì)未知功能蛋白鄰接節(jié)點(diǎn)注釋信息：尋找未知功能蛋白鄰接節(jié)點(diǎn)中有GO注釋的 蛋白，統(tǒng)計(jì)所有的GO注釋中，每一個GO注釋標(biāo)注的鄰接節(jié)點(diǎn)個數(shù)；
添加未知功能蛋白GO注釋,具體步驟如下：
1）若A為未知功能蛋白，且A僅有一個鄰接蛋白B，則將B的所有功能注釋賦給蛋白A；
2）若A有多于一個鄰接節(jié)點(diǎn)，此時需要確定一個合適的臨界值，當(dāng)被某個GO注釋的鄰接 節(jié)點(diǎn)個數(shù)與被GO注釋鄰接節(jié)點(diǎn)個數(shù)的百分比大于等于這個臨界值的時候，就將這個GO注釋 賦予A；
3）重復(fù)步驟（1）和（2），直到已添加注釋個數(shù)不再發(fā)生變化為止。
2.權(quán)利要求1所述基于鄰接蛋白的蛋白功能注釋方法在預(yù)測蛋白功能方面的應(yīng)用。
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G06F19-16 ..用于分子結(jié)構(gòu)的，例如：結(jié)構(gòu)排序，結(jié)構(gòu)或功能關(guān)系，蛋白質(zhì)折疊，結(jié)構(gòu)域拓?fù)洌媒Y(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)的藥靶，涉及二維或三維結(jié)構(gòu)的
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